この記事は特に記述がない限り、日本国内の法令について解説しています。また最新の法令改正を反映していない場合があります。ご自身が現実に遭遇した事件については法律関連の専門家にご相談ください。免責事項もお読みください。

通関（つうかん）とは、貿易において貨物を輸入および輸出しようとする者が、税関官署に対して、貨物の品名、種類、数量、価格などに関する事項を申告し、必要な検査を受けた後に、輸入の場合は関税など必要な税金を納付させ、税関から輸出入の許可を受ける手続き。この許可を得ないと、輸出入が完了したとはならず、輸出の場合は内国貨物から外国貨物にならず船積ができない。また、輸入の場合は外国貨物から内国貨物にならず、保税地域から国内に引き取ることはできない。

この通関に関する手続を行わず（手続きを怠ったり、虚偽の輸出入申告を行ったりして）輸出入を行った場合、それは密輸にあたる。

輸出入の申告は、輸出入をしようとする者（個人でも、企業や団体でも）が行える[1]。しかし、輸出入申告手続きは非常に煩雑で、法律等の専門的知識が必要なことから、通常は財務大臣の許可を受けた通関業者と呼ばれる税関への輸出入申告を代行する業者に手数料を支払い、通関業務を委託する場合が多い。業として通関業務を行うことが許されるのは通関業者のみである[2]。通関業者は、その業務を行う営業所毎に、通関士を置き、税関への輸出入申告に際し、通関書類の審査をし書類に記名をさせなければならない[3]。2021年9月の通関業法改正で、押印は不要になった。
意義

通関制度は、貨物が国境を出入りする際、関税徴収を確実にし、また出入りを監視するために創設された制度である。

輸入の際の関税を確実に徴収する

輸出・輸入をしてはならない品物が国外に持ち出されたり、国内に持ち込まれたりするのを防ぐ

輸出・輸入の実態を正確に把握し、統計や経済政策に役立てる

また、これらを確実・円滑・効率的に行うため、日本の場合港湾や空港には、輸出前の貨物や外国から到着した貨物を手続が終了するまで一時保管する場所として、保税地域が設けられている。（なお、通関しないまま貨物を国内の工場などに持ち込みそこで通関する便宜のため、保税運送や国内加工のための保税工場などの特別な保税地域の制度も設けられている。）
輸出申告

貨物を輸出するときは、輸出者はその貨物を入れようとする保税地域を管轄する税関官署に対して輸出申告を行い、貨物に対し、必要な審査・検査を経て、許可を受けなければならない。2011年の改正[4]までは、申告前に保税地域に貨物を搬入する必要があったが、「貿易円滑化のための税関手続の改善[5]」により、申告時点では保税地域に搬入されていなくてもよくなった。ただし輸出の許可を得ると外国貨物になり、保税地域以外には置けないため許可になるまでに搬入する必要はある。

輸出申告の手続は、輸出しようとする貨物の品名、数量、価格などを記載した所定の様式の「輸出申告書」が必要である。

また、輸出の許可の判断のために必要があるときは、契約書、仕入書、運賃明細書、包装明細書、包装明細書、価格表、製造者若しくは売渡人の作成した仕出人との間の取引についての書類またはそれに代わる書類の提出を求められる[6]ことがあり、貨物の種類によっては、法令の規定により必要な書類（輸出許可・承認書、関税の軽減・免除・払い戻しに関連する書類、内国消費税の免税を受ける貨物については輸出を証明する申請書、その他）があればそれらも添付して税関官署に提出することによっておこなわれる。

2012年の改正[7]によりそれまで仕入書は「提出しなければならない」となっていたものを、税関長が必要と認めた場合に「提出させることができる」ことになった。
輸入申告

外国から到着した貨物を国内に引取る（輸入する）ときは、輸入者はその貨物を保税地域に搬入した後に、その保税地域を管轄する税関官署に対して輸入申告を行い、貨物に対し、必要な審査・検査を経て、関税、内国消費税等を納付して、許可を受けなければならない。　

輸出申告の手続は、輸入しようとする貨物の品名、数量、価格、申告すべき関税等の額などを記載した所定の様式の「輸入（納税）申告書」が必要である。

輸入申告においては、関税法第67条に基づく輸入申告に合わせて関税法第7条に基づく関税の納付に関する申告を行う。また更に輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第6条に基づく消費税等の輸入時点で課される内国消費税の申告も合わせて行う。

また、輸入の許可の判断のために必要があるときは、契約書、仕入書、運賃明細書、包装明細書、包装明細書、価格表、製造者若しくは売渡人の作成した仕出人との間の取引についての書類またはそれに代わる書類の提出を求められる[6]ことがあり、貨物の種類によっては、法令の規定により必要な書類（輸入許可・承認書、特恵関税の適用を受けようとする場合は「特恵原産地証明書」、EPA関税の適用を受けようとする場合は「協定原産地証明書」又は「原産地申告書」、減免税の適用を受けようとする場合は「減免税明細書」、その他）があればそれらも添付して税関官署に提出することによっておこなわれる。

2012年の改正[7]によりそれまで仕入書は「提出しなければならない」となっていたものを｢税関長が必要と認めた場合に提出させることができる｣とされた。
特別な制度

輸出・輸入申告では、上記の原則的な方法のほか、輸出入の迅速化・簡便化などの便宜を図るために次のような諸制度がある。
通関手続に関する制度

輸出入の迅速化・簡便化などの便宜を図るためにある制度である。

包括事前審査制度(廃止)
輸出者が同一種類の貨物を継続して輸出する計画がある場合、事前に包括的な審査を行うことによって、その後の個々の輸出の際の審査を簡略化できる。サプライチェーン・マネジメントなど、計画的な物流により、コスト削減が実現できる（輸出通関の迅速化を図るため）。特定輸出申告制度の導入により該当者が特定輸出申告制度へ移行する[8]ため廃止された。

特例輸入申告制度
貨物のセキュリティ管理と法令遵守（コンプライアンス）の体制が整備されたとして税関長の承認を受けた輸入者については、輸入申告と納税申告を分離し、さきに貨物の引取申告を行い、その後納税申告することができる制度。税関による審査・検査が軽減されるほか、輸入申告官署の自由化を利用した輸入申告が可能。制度の創設時点では「継続的に輸入していると指定を受けた貨物」に限定されていたが、2007年度改正[9]でこの制限は廃止された。

予備審査制
輸入貨物が日本に到着する前に「予備申告書」を税関に提出して、事前に税関の書類審査を受けることができる制度。輸入貨物が保税地域に搬入された後、本申告（輸入申告）の意思表示を行えば直ちに許可される。生鮮食料品やジャスト・イン・タイムで納期の厳しい商品、特定の季節やイベント（クリスマスなど）のための商品など、国内搬入を急ぐ商品によく使われる。（輸入貨物引取りの迅速化を図るため。）輸出貨物についても同様な制度があったが、2011年度の関税法改正で、輸出貨物を保税地域に搬入することなく輸出申告が可能となったため、廃止された。

貨物到着即時輸入許可制度
輸入の際に予備申告が行われた貨物のうち、国内引取を急ぐ貨物の場合、税関の書類審査の結果「検査不要」とされた貨物については、貨物の到着が確認され次第、本申告（輸入申告）を行えば保税地域に搬入することなく直ちに輸入許可となる制度。（輸入貨物引取りの迅速化を図るため。）

特定輸出者制度
貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された輸出者については、税関による審査・検査が軽減され、輸出貨物の迅速かつ円滑な船積み（積込み）が可能となるほか、貨物を保税地域に搬入することなく、輸出申告を行い、自社の倉庫等で輸出の許可を受けることや輸出申告官署の自由化を利用した輸出申告が可能となる。
関税に関する制度

輸出入の際の関税に関して、申告の便宜のため情報を提供し、また納付の際の負担を減らす制度である。

事前教示制度
輸入を予定している貨物の関税分類、関税率、関税評価、原産地、減免税の適用について不明な点がある場合、税関に対し文書等による照会を行ない、回答を受けることができる制度。（事前に関税額が分かり販売計画などに役立つほか、輸入申告のミスを減らし円滑化を図るため。）

関税等の納期限延長制度
輸入貨物を国内に引取るためには関税を納付しないと輸入許可が出ないが、担保を提供することを条件として3か月以内の納期限延長が認められる制度。（関税の納付の際の負担を減らすため。）

特恵関税制度
開発途上国を原産地とする特定の種類の輸入品については、一般の関税率よりも低い税率を適用し、それらの国・地域の輸出所得の増大、工業化の促進、経済発展を推進する制度。（特定国の産品の関税を減らし、販売競争力が増し、よってその国の振興も図る。）

減免税制度（関税定率法）貨物が一定の条件に適合した場合には、関税の一部又は全部が免除される制度。

保税地域内蔵置中に変質・損傷等の場合の減税

再輸入免税

再輸入減税

再輸出免税

再輸出減税

生活関連物資の価格騰貴の際の減免税

飼料の原材料等、製造用原料品の減免税