学会認定専門医（がっかいにんていせんもんい、英語: medical specialist）とは、医学・歯学の高度化・専門化に伴い、その診療科や分野において高度な知識や技量、経験を持つ医師・歯科医師のこと。

登録医、認定医、専門医、指導医など細分化された区分が設けられているのが一般であり、各医歯学系学会が認定・付与し、現在約50の学会が本制度を設け、のべ2万4千人ほどの医師・歯科医師が認定を受けている。なお、医療法上広告が可能な医師等の専門性に関する資格として医師は55、歯科医師は5の資格名が厚生労働省により認められている[1]。
主な種類（登録医・認定医・専門医・指導医）
学会登録医
学会に登録している医師・歯科医師でまだ認定を受けていない医師・歯科医師。認定制度のない学会ではすべてこれに当てはまる。
学会認定医
高度な知識や技量、経験を持つ医師・歯科医師として学会が認定した医師・歯科医師。多くの学会では、認定医となるための条件を定めている。条件としては、研修指定病院での勤務期間や学会、講演会の出席回数を指定したうえで試験を行う場合が多い。以前は、筆記試験がほとんどであったが、最近実技試験を行う学会も増えている。
学会専門医
認定医よりさらに高度な知識や技量、経験を持つ医師・歯科医師として学会が認定した医師・歯科医師。まず、医師では日本医学会加盟学会で組織した専門医認定制協議会（有限責任中間法人日本専門医認定機構の前身）において、「5年間以上の専門研修を受け、資格審査ならびに試験に合格して、学会等によって認定された医師」と規定されている。各専門医認定を受けるためにはその専門医資格認定団体で各々の試験を受ける必要があり、通常は学会が認定団体を兼任している。内科、外科、小児科、産婦人科、眼科、泌尿器科、形成外科などの各科ごとの専門医の他に、血液、消化器、腎臓、肝臓などの臓器、部位ごとの専門医、臨床遺伝、漢方、レーザーなどの専門医まで、2005年8月の時点で42の専門医の呼称がある。2002年から、各学会での所定の手続きを経れば、専門医の資格を開業医は広告に掲載してもよいことになった。歯科医師の場合は、5つの歯学系学会が設ける規定に基づき専門医資格を付与しており、歯科放射線専門医、小児歯科専門医、日本歯周病学会認定歯周病専門医、口腔外科専門医、歯科麻酔科専門医などの専門医制度が設けられている。標榜制度以外は基本的に医師と同じである。
学会指導医
高度な知識や技量、経験を持ち、認定医や専門医などを指導する立場にある医師・歯科医師として学会が認定した医師・歯科医師。

これらが必ずしも存在するわけではなく、学会によっては、まとめて「学会認定専門医」として認定している場合などもあり、呼称が一致しているわけではない。
認定の方法

学会登録医として登録し、学会認定教育施設等で一定年数研修を行い（研修年限は各学会によって異なる）、その分野についての実習や講義を受け所定の単位を取得し、試験（筆記や実技）に合格することで、認定をする学会が多い。

また、認定から一定年数経ったところで、更新を義務付けている学会も多い。
不正取得問題

日本内科学会は2013年9月、提出書類の教授の署名捺印を偽造するなど悪質な不正行為を行っていた、札幌市内の40歳代の女性医師の総合内科専門医資格を（認定内科医と共に）取り消し、永久に再受験を認めない処分を行ったほか、日本肝臓学会が「肝臓専門医」取り消し処分を、日本消化器病学会が「消化器病専門医」取り消し処分を行った。詳しくは女性医師専門医不正取得事件。
学会認定専門医制度を導入している学会

日本内科学会 ……総合内科専門医

日本小児科学会 ……小児科専門医

日本皮膚科学会 ……皮膚科専門医

日本外科学会 ……外科専門医

日本整形外科学会 ……整形外科専門医

日本産科婦人科学会 ……産婦人科専門医

日本眼科学会 ……眼科専門医

日本耳鼻咽喉科学会 ……耳鼻咽喉科専門医

日本泌尿器科学会 ……泌尿器科専門医

日本脳神経外科学会 ……脳神経外科専門医

日本医学放射線学会 ……放射線科専門医

日本麻酔科学会 ……麻酔科専門医

日本病理学会 ……病理専門医

日本臨床検査医学会 ……臨床検査専門医

日本消化器病学会 ……消化器病専門医

日本消化器内視鏡学会 ……消化器内視鏡専門医

日本循環器学会 ……循環器専門医

日本呼吸器学会 ……呼吸器専門医

日本呼吸器内視鏡学会 ……気管支鏡専門医

日本血液学会 ……血液専門医

日本内分泌学会 ……内分泌代謝科専門医

日本糖尿病学会 ……糖尿病専門医

日本腎臓学会 ……腎臓専門医

日本肝臓学会 ……肝臓専門医

日本アレルギー学会 ……アレルギー専門医

日本感染症学会 ……感染症専門医