複対立遺伝子（ふくたいりついでんし, 英: multiple allelomorphs）とは、3 種類以上の対立遺伝子により形質が決まる遺伝現象のこと。あるいはそのような遺伝子のこと。
1 つの遺伝子座につき、2 種類の対立遺伝子が存在する場合、メンデルの法則が典型的に当てはまる。通常はこれらの遺伝子間に優劣関係があり、その力関係において個体の形質が現れる。しかし、1 つの遺伝子座あたり 3 種類以上の対立遺伝子が存在することも珍しくはない。そのような、互いに対立する遺伝子が 3 つ以上ある場合を複対立遺伝子という。個々の個体に関しては、2n の核相
を持つ生物であれば、個体の中に対立遺伝子は 2 つしか存在できないから、3 種類以上の対立遺伝子の中から選ばれた任意の 2 つの遺伝子の関係において個体の形質が決まる。