薬師寺（やくしじ）は、仏教寺院の名称である。奈良県奈良市にある法相宗の大本山である薬師寺が有名だが、他に同名の寺院は日本各地に存在する。薬師如来を本尊とすることから、この名が付けられている。
寺院一覧
現存する寺院
東北地方

薬師寺 (福島県会津美里町) - 福島県大沼郡会津美里町にある天台宗の寺院

関東地方

薬師寺 (茨城県城里町)

薬師寺東京別院 - 東京都品川区にある法相宗の寺院、奈良市の薬師寺の別院

薬師寺 (足立区伊興) - 東京都足立区にある寺院

薬師寺 (足立区綾瀬) - 東京都足立区にある寺院

中部地方

薬師寺 (各務原市) - 岐阜県各務原市にある法相宗の寺院、奈良市の薬師寺の別院

薬師寺 (岐阜市) - 岐阜県岐阜市にある寺院

薬師寺 (岐阜県垂井町) - 岐阜県不破郡垂井町にある曹洞宗の寺院

薬師寺 (名古屋市) - 愛知県名古屋市にある曹洞宗の寺院

薬師寺 (豊橋市牛川薬師町) - 愛知県豊橋市牛川薬師町にある天台宗の寺院

薬師寺 (豊橋市北島町) - 愛知県豊橋市北島町にある曹洞宗の寺院

一畑山薬師寺 - 愛知県岡崎市にある臨済宗妙心寺派の寺院

薬師寺 (犬山市) - 愛知県犬山市にある真言宗豊山派の寺院

薬師寺 (小牧市) - 愛知県小牧市北外山にある曹洞宗の寺院

薬師寺 (小牧市下末) - 愛知県小牧市下末にある臨済宗妙心寺派の寺院

薬師寺 (小牧市文津) - 愛知県小牧市文津にある曹洞宗の寺院

薬師寺 (清須市) - 愛知県清須市にある高野山真言宗の寺院

薬師寺 (北名古屋市) - 愛知県北名古屋市にある浄土宗の寺院

薬師寺 (弥富市) - 愛知県弥富市にある曹洞宗の寺院

近畿地方

薬師寺 (伊賀市伊予町) - 三重県伊賀市伊予町にある真言宗豊山派の寺院

薬師寺 (伊賀市治田) - 三重県伊賀市治田にある真言宗豊山派の寺院

薬師寺 (伊賀市鳳凰寺) - 三重県伊賀市鳳凰寺にある真言宗豊山派の寺院

薬師寺 (松阪市船江) - 三重県松阪市船江にある天台宗の寺院

薬師寺 (京都市右京区) - 京都府京都市右京区にある浄土宗の寺院

薬師寺 (京都市西京区) - 京都府京都市西京区にある臨済宗天龍寺派の寺院

薬師寺 (大阪市住吉区苅田) - 大阪府大阪市住吉区苅田にある高野山真言宗の寺院

薬師寺 (大阪市住吉区若江北町) - 大阪府大阪市住吉区若江北町にある浄土宗の寺院

薬師寺 (河内長野市) - 大阪府河内長野市にある融通念仏宗の寺院

薬師寺 - 奈良県奈良市にある法相宗の大本山寺院

薬師寺 (奈良県大淀町) - 奈良県吉野郡大淀町にある曹洞宗の寺院

中国地方

薬師寺 (尾道市) -広島県尾道市にある高野山真言宗の寺院

薬師寺 (福山市) - 広島県福山市にある真言宗御室派の寺院

四国地方

薬師寺 (徳島市) - 徳島県徳島市にある真言宗大覚寺派の寺院

薬師寺 (阿波市) - 徳島県阿波市にある真言宗御室派の寺院

薬師寺 (高知市) - 高知県高知市にある真言宗豊山派の寺院

九州地方

薬師寺 (宮崎県国富町) - 宮崎県東諸県郡国富町にある禅宗の寺院

廃寺

下野薬師寺跡 - 栃木県下野市にあった奈良時代の寺院

岩瀬薬師寺遺跡 - 大阪府河内長野市岩瀬にあった寺院

野作薬師寺 - 大阪府河内長野市野作町にあった寺院

本薬師寺跡 - 奈良県橿原市にあった藤原京時代の寺院跡

薬師寺 (因幡国) - 鳥取県鳥取市にあった寺院

地名

薬師寺 (下野市の大字) - 栃木県下野市