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出典検索?: "菌" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2020年1月）

菌 （きん） とは、元来、キノコを意味した。なお、漢字「菌」の訓は「きのこ」である。

近代には「菌類」、つまりキノコに似ていると考えられた生物の雑多なグループを指すようになった。この意味での「菌」は、学名の「‐mycota」「‐mycetes」など （ギリシア語で「キノコ」） の訳語であることが多い。

菌類には、互いに類縁関係の乏しい多くの系統が含まれる。その中で代表的なのはキノコ・カビ・酵母などを含む真菌で、菌・菌類という言葉で真菌を指すこともある。例えば、「菌界」は真菌の分類群である。

さらに、後になって発見された微小な生物であるBacteria（バクテリア）にも「細菌」という単語が当てられた。一般に耳にする○○菌（結核菌や乳酸菌など）の殆どは細菌に属する。菌という漢字が使われているが、狭義の菌類ではない。

また、1990年になってBacteriaから切り離されたArchaea（アーキア）にも「古細菌」という単語が当てられている。これも菌や細菌という漢字が使われているが、狭義の菌類でも細菌でもない。
「菌」と呼ばれる生物

真核生物

オピストコンタ

真菌

メソミセトゾア （偽粘菌・中動菌）


アメーボゾア

粘菌



変形菌（真正粘菌）

原生粘菌（プロトステリウム類）

タマホコリカビ類 （細胞性粘菌参照）



ストラメノパイル

卵菌

ラビリンチュラ類 （水生粘菌とも呼ばれた）


リザリア

ネコブカビ類 （寄生粘菌とも呼ばれた）



細菌

古細菌