この項目では、動物の免疫系について説明しています。植物における相同の免疫については「全身獲得抵抗性」をご覧ください。
自然免疫系

自然免疫系（しぜんめんえきけい、innate immune system）または非特異的免疫系（ひとくいてきめんえきけい、nonspecific immune system）[1]は、脊椎動物における2つの主要な免疫戦略の1つである（もう1つは獲得免疫系）。自然免疫系は、比較的古い進化を遂げた防御戦略であり、植物、菌類、昆虫、および原始的な多細胞生物に見られる支配的な免疫系反応である[2]。

自然免疫系の主な機能は以下の通りである。

サイトカインと呼ばれるケミカルメディエーターを含む化学的因子を産生することにより、感染部位に免疫細胞を呼び込む

補体カスケードを活性化して細菌を識別し、細胞を活性化し、免疫複合体（英語版）や死細胞の除去を促進する

臓器、組織、血液、リンパなどに存在する異物を、特殊な白血球によって識別、除去する

抗原提示により獲得免疫系を活性化する

第一次の物理的バリア（既に宿主に侵入した病原体から神経系を保護する血液脳関門などの第二次の物理的・化学的バリアと混同してはならない）を突破した挫傷などの傷害後に放出される皮膚などの物理的手段や血液中の凝固因子などの化学的手段を介して、感染物質に対する物理的・化学的バリアとして機能する
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解剖学的障壁

解剖学的バリアには、物理的、化学的、生物学的バリアがある。上皮表面は、ほとんどの感染性物質に対して不透過性の物理的バリアを形成し、侵入生物に対する最初の防御線として機能する[3]。また、皮膚上皮の落屑（脱落）は、上皮表面に付着した細菌やその他の感染性物質を除去するのに役立つ。血管がないこと、表皮が水分を保持できないこと、真皮に皮脂腺があることなどから、微生物の生存には適していない環境である[3]。消化管や呼吸器では、それぞれ蠕動や繊毛による動きが感染物質の除去に役立っている[3]。また、粘液は感染物質を閉じ込める働きがある[3]。腸内細菌叢は、有害物質を分泌したり、栄養分や細胞表面の付着場所を巡って病原菌と競合することで、病原菌の定着を防ぐ[3]。涙や唾液の洗浄作用は、目や口の中の感染を防ぐのに役立つ[3]。

解剖学的バリア追加防御機構
皮膚発汗、落屑、紅潮[3]、有機酸[3]
消化管蠕動運動、胃酸、胆汁酸、消化酵素、紅潮、

チオシアン酸塩[3]、ディフェンシン[3]、腸内細菌叢[3]
気道および肺粘膜毛様体輸送[4]、界面活性剤[3]、ディフェンシン[3]
鼻咽頭粘液、唾液、リゾチーム[3]
眼涙[3]
血液脳関門内皮細胞（受動的拡散／浸透／能動的選択を経由）

P糖タンパク質（能動輸送を媒介）

炎症詳細は「炎症」を参照

炎症は、感染や刺激に対する免疫系の最初の反応の一つである。炎症は、損傷を受けた細胞から放出される化学因子によって刺激される。炎症は、感染の拡大に対する物理的バリアを確立し、病原体の除去後に損傷した組織の治癒を促進する[5]。

急性炎症のプロセスは、すべての組織にすでに存在する細胞、主に常駐するマクロファージ、樹状細胞、組織球、クッパー細胞、肥満細胞によって開始される。これらの細胞は、パターン認識受容体（PRR）と呼ばれる細胞表面や細胞内に含まれる受容体を提示し、病原体に広く共通するが宿主の分子とは区別される分子（病原体関連分子パターン；PAMP）を認識する。感染症や火傷などの受傷時に、これらの細胞は活性化され（PRRの1つがPAMPを認識）、炎症の臨床症状を引き起こす炎症性メディエーターを放出する。

炎症時に産生される化学因子（ヒスタミン、ブラジキニン、セロトニン、ロイコトリエン、プロスタグランジン）は、侵害受容器（英語版）を感作し、血管の局所的な拡張を引き起こし、食細胞、特に好中球を引き寄せる[5]。