総合科学技術・イノベーション会議（そうごうかがくぎじゅつ・イノベーションかいぎ、英語: Council for Science, Technology and Innovation[1]、略称: CSTI）は、内閣府に設置される「重要政策に関する会議」のひとつである。内閣総理大臣、科学技術政策担当大臣のリーダーシップの下、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術・イノベーション政策の企画立案及び総合調整を行う役目を担っている。
概要

内閣総理大臣及び国務大臣と有識者の議場として、日本全体の科学技術を俯瞰し、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術政策の企画立案及び総合調整を行うことを目的とする。会議の議長は内閣総理大臣。会議の議員定数（議長を除く）は14人以内で関係閣僚・官吏のほか民間の有識者から内閣総理大臣が任命（有識者議員）するが、当該民間からの任命には衆議院・参議院両方の同意を必要とする（国会同意人事）。

総合科学技術・イノベーション会議のロゴには、日本政府の紋章でもある桐紋のひとつ、五三桐が用いられている。
所掌事務

内閣府設置法第26条において、以下の所掌事務が定められている[2]。

内閣総理大臣の諮問に応じて科学技術の総合的かつ計画的な振興を図るための基本的な政策について調査審議すること。

内閣総理大臣又は関係各大臣の諮問に応じて科学技術に関する予算、人材その他の科学技術の振興に必要な資源の配分の方針その他科学技術の振興に関する重要事項について調査審議すること。

科学技術に関する大規模な研究開発その他の国家的に重要な研究開発について評価を行うこと。

内閣総理大臣の諮問に応じて研究開発の成果の実用化によるイノベーションの創出の促進を図るための環境の総合的な整備に関する重要事項について調査審議すること。

関係各大臣に意見を述べること。

主な答申・決定・意見具申
答申

諮問第1号「科学技術に関する総合戦略について」に対する答申　2001年（平成13年）3月22日

諮問第2号「国の研究開発評価に関する大綱的指針について」に対する答申　2001年（平成13年）11月28日

諮問第3号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針について」に対する答申　2001年（平成13年）8月30日

諮問第4号「特定胚の取扱いに関する指針について」に対する答申　2001年（平成13年）11月28日

諮問第5号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申　2005年（平成17年）12月27日

諮問第6号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申　2006年（平成18年）11月12日

諮問第7号「特定胚の取扱いに関する指針の改正について」に対する答申　2009年（平成21年）4月21日

諮問第8号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申　2009年（平成21年）4月21日

諮問第9号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針について」に対する答申　2009年（平成21年）7月24日

諮問第10号「ヒトES細胞の使用に関する指針について」に対する答申　2009年（平成21年）7月24日

諮問第11号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申　2010年（平成22年）12月24日

諮問第12号「ヒトES細胞の使用に関する指針の改正について」に対する答申　2010年（平成22年）4月27日

諮問第13号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針の改正について」に対する答申　2010年（平成22年）4月27日

諮問第14号「科学技術イノベーション総合戦略について」に対する答申　2013年（平成25年）6月6日

以下は科学技術・イノベーション基本計画に関連した（改組後の）答申である：

諮問第５号「科学技術基本計画について」に対する答申　2015年12月

諮問第８号「科学技術イノベーション総合戦略2016について」に対する答申　2016年5月

諮問第15号「科学技術イノベーション総合戦略2017について」に対する答申　2017年6月

諮問第17号「統合イノベーション戦略について」 に対する答申　2018年6月


諮問第21号「科学技術基本計画について」に対する答申　2021年3月16日（※諮問は2019年）