第29回日本アカデミー賞は、2006年3月3日に発表・授賞式が行われた。司会は関口宏と鈴木京香。
最優秀作品賞

ALWAYS 三丁目の夕日

優秀作品賞

北の零年

?しぐれ

パッチギ!

亡国のイージス

最優秀監督賞

山崎貴（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀監督賞

井筒和幸（パッチギ!）

黒土三男（?しぐれ）

阪本順治（亡国のイージス）

行定勲（北の零年）

最優秀脚本賞

山崎貴・古沢良太（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀脚本賞

黒土三男（?しぐれ）

那須真知子（北の零年）

長谷川康夫・飯田健三郎（亡国のイージス）

羽原大介・井筒和幸（パッチギ!）

最優秀主演男優賞

吉岡秀隆（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀主演男優賞

市川染五郎（?しぐれ）

真田広之（亡国のイージス）

妻夫木聡（春の雪）

ユースケ・サンタマリア（交渉人 真下正義）

最優秀主演女優賞

吉永小百合（北の零年）

優秀主演女優賞

木村佳乃（?しぐれ）

小雪（ALWAYS 三丁目の夕日）

竹内結子（春の雪）

中島美嘉（NANA）

最優秀助演男優賞

堤真一（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀助演男優賞

香川照之（北の零年）

寺島進（交渉人 真下正義）

豊川悦司（北の零年）

中井貴一（亡国のイージス）

最優秀助演女優賞

薬師丸ひろ子（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀助演女優賞

石田ゆり子（北の零年）

石原さとみ（北の零年）

大楠道代（春の雪）

寺島しのぶ（東京タワー）

話題賞
俳優部門

沢尻エリカ（パッチギ!）

作品部門

NANA

新人俳優賞

勝地涼（亡国のイージス）

神木隆之介（妖怪大戦争）

塩谷瞬（パッチギ!）

沢尻エリカ（パッチギ!）

中島美嘉（NANA）

堀北真希（ALWAYS 三丁目の夕日）

最優秀音楽賞

佐藤直紀（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀音楽賞

岩代太郎（?しぐれ）

岩代太郎（春の雪）

大島ミチル（北の零年）

トレヴァー・ジョーンズ（亡国のイージス）

最優秀撮影賞

柴崎幸三（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀撮影賞

笠松則通（亡国のイージス）

北信康（北の零年）

釘宮慎治（?しぐれ）

李屏賓（春の雪）

最優秀照明賞

水野研一（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀照明賞

石田健司（亡国のイージス）

中村裕樹（北の零年）

吉角荘介（?しぐれ）

中村裕樹（春の雪）

最優秀美術賞

上條安里（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀美術賞

櫻木晶（?しぐれ）

原田満生（亡国のイージス）

部谷京子（北の零年）

山口修（春の雪）

最優秀録音賞

鶴巻仁（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀録音賞

伊藤裕規（北の零年）

伊藤裕規（春の雪）

橋本文雄（亡国のイージス）

橋本泰夫（?しぐれ）

最優秀編集賞

宮島竜治（ALWAYS 三丁目の夕日）

優秀編集賞

今井剛（北の零年）

今井剛（春の雪）

ウィリアム・アンダーソン（亡国のイージス）

奥田浩史（?しぐれ）

最優秀外国作品賞

ミリオンダラー・ベイビー

優秀外国作品賞

オペラ座の怪人

シンデレラマン

スター・ウォーズ エピソード3/シスの復讐

チャーリーとチョコレート工場

協会栄誉賞

森光子（俳優）

会長特別賞

石井輝男（監督）

岡本喜八（監督）

高村倉太郎（撮影）

野村芳太郎（監督）

松村達雄（俳優）

協会特別賞

円谷プロダクション

東映テレビ・プロダクション