第三回在日宣教師会議（だいさんかいざいにちせんきょうしかいぎ）は、1900年（明治33年）10月に東京市で開催された在日プロテスタント宣教師のミッションの大会である。東京宣教師会議とも呼ばれる。
1900年4月に開かれた福音同盟会大会に呼応して開催された。
1900年10月24日から31日まで東京YMCAの東京基督教青年会会館（神田YMCA)で、在日プロテスタントの各派のミッションによる大会が開催された。横浜宣教師会議（1872年（明治5年））、大阪宣教師会議（1873年（明治16年））から通算で3回目の宣教師の会議になる。50のミッションから379名が参加した。さらに日本の教会の指導者20名に中国（清）などの宣教師たち50名を客員に加えた。
日本宣教の諸問題を発題し、討論の形式で意見を交換した。二十世紀大挙伝道、共通讃美歌編纂などについての協力について話し合われた。
この会議の結果、各ミッションの協力態勢が進んで、駐日外国宣教師団
の形成につながった。ヤジロウ - ザビエル来日（1549年）- 鹿児島のベルナルド- 籠手田安経 - ロレンソ了斎 - 大内義隆 - キリシタン大名 - 大村純忠 - 有馬晴信 - 高山右近 - 大友義鎮 - 細川ガラシャ - 天正遣欧少年使節（1582年） - バテレン追放令（1587年） - サン＝フェリペ号事件（1596年） - 日本二十六聖人（1597年） - キリシタン版 - ドチリナ・キリシタン
江戸時代
慶長遣欧使節（1613年） - 禁教令（1612年・1613年） - 元和の大殉教（1622年） - 聖トマス西と15殉教者（1633年 - 1637年） - 八重山キリシタン事件（1634年） - 島原の乱（1637年） - 郡崩れ（1657年） - 豊後崩れ（1660年） - 濃尾崩れ（1661年） - 浦上一番崩れ（1790年） - 天草崩れ（1805年） - 浦上二番崩れ（1842年） - 浦上三番崩れ（1856年） - 隠れキリシタン - 転びキリシタン - 踏み絵 - 宗門改
幕末・明治時代
ベルナール・プティジャン - 大浦天主堂 - 浦上四番崩れ（1867年） - 津和野・乙女峠の殉教者 - 高木仙右衛門 - 五島崩れ（1868年）
大正・昭和初期
上智大生靖国神社参拝拒否事件（1932年） - 奄美カトリック迫害（1933年） - 祖国に対する信者のつとめ（1936年）
戦後
ヨハネ・パウロ2世来日（1981年） - フランシスコ来日（2019年）
プロテスタント
（主流派）
横浜バンド（1859年） - 日本基督公会（1872年） - 横浜宣教師会議（1872年） - 熊本バンド（1876年） - 札幌バンド（1876年） - 日本基督一致教会（1877年） - 第一回大親睦会（1878年） - 東京青年会（1880年） - リバイバル（1883年） - 大阪宣教師会議（1883年） - 第三回大親睦会（1883年） - 福音同盟会（1885年） - 明治元訳聖書（1887年） - インブリー事件（1890年） - 内村鑑三不敬事件（1891年） - 日本の花嫁事件（1893年） - 東京宣教師会議（1900年） - 二十世紀大挙伝道（1901年） - 共通讃美歌（1903年） - 宣教開始50年記念会（1909年） - エディンバラ会議（1910年）
大正・昭和初期
三教会同（1912年） - 日本基督教会同盟（1912年） - 全国協同伝道（1914年 - 1917年） - 日本基督教連盟（1923年） - 神の国運動（1930年 - 1935年） - 神棚事件（1935年） - 基督教信徒大会（1940年） - 日本基督教団（1941年） - 感謝状（1941年） - 大東亜共栄圏への書翰（1944年）
戦後
NCC（1948年） - ラクーア伝道（1954年 - 1960年） - 戦責告白（1967年） - 反万博闘争（1970年） - 日本プロテスタント宣教150周年（2009年）
プロテスタント
（福音派）
明治時代
バックストン来日（1890年） - 松江バンド(1891年) - ちいさき群（1896年） - 中央福音伝道館（1901年） - 福音主義論争（1901年 - 1902年）
大正・昭和初期
再臨運動（1918年） - ホーリネス・リバイバル（1919年・1930年） - 聖書信仰連盟（1933年） - ホーリネス分裂事件（1933年 - 1936年） - ホーリネス弾圧事件（1942年）
戦後
日本宣教百年記念聖書信仰運動（1959年） - 日本プロテスタント聖書信仰同盟（1960年） - 日本福音同盟（1968年） - 新改訳聖書（1970年） - 福音主義神学会（1970年） - ローザンヌ会議（1974年）日本伝道会議（1974年・1982年・1991年・2000年・2009年） - ビリー・グラハム国際大会（1980年） - マニラ会議（1989年） - 日本プロテスタント宣教150周年（2009年）