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第一種感染症指定医療機関（だいいっしゅかんせんしょうしていいりょうきかん）とは、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律で定められた一類感染症（エボラ出血熱、天然痘、ペスト等）、および二類感染症（結核、SARS、MERS等）の患者に対する日本の医療機関。都道府県知事が指定する。
日本全国に計56医療機関（計112床）ある[1]。
一覧以下、2021年（令和3年）10月1日現在[1]
北海道
市立札幌病院 2床
東北
青森県
青森県立中央病院 1床
岩手県
盛岡市立病院 2床
宮城県
東北大学病院 2床
秋田県
秋田大学医学部附属病院 2床
山形県
山形県立中央病院 2床
福島県
福島県立医科大学附属病院 2床
関東
茨城県
JAとりで総合医療センター 2床
栃木県
自治医科大学附属病院 1床
群馬県
群馬大学医学部附属病院 2床
埼玉県
埼玉医科大学病院 2床
防衛医科大学校病院 9床
千葉県
成田赤十字病院 1床
国際医療福祉大学成田病院 2床
東京都
東京都立駒込病院 2床
東京都立墨東病院 2床
東京都保健医療公社荏原病院 2床
自衛隊中央病院 2床
神奈川県
横浜市立市民病院 2床
中部
新潟県
新潟市民病院 2床
富山県
富山県立中央病院 2床
石川県
石川県立中央病院 2床
福井県
福井県立病院 2床
山梨県
山梨県立中央病院 2床
長野県
長野県立信州医療センター 2床
岐阜県
岐阜赤十字病院 2床
静岡県
静岡市立静岡病院 2床
愛知県
名古屋第二赤十字病院 2床
近畿
三重県
伊勢赤十字病院 2床
滋賀県
市立大津市民病院 2床
京都府
京都府立医科大学附属病院 2床
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