種痘（しゅとう）とは、天然痘の予防接種のことである。ワクチンを皮内に接種する。今日ではY字型の器具（二又針）に付着させて人の上腕部に刺し、傷を付けて皮内に接種する手法が一般的である。1980年に天然痘ウイルスは撲滅され、自然界に存在しないものとされているため、1976年を境に日本では実施されていない。
ワクチン

古くから西アジアや中国では、天然痘患者の膿を健康人に接種して軽度の天然痘を起こさせて免疫を得る人痘法が行なわれていた。中国清代の乾隆帝時代刊行された『医宗金鑑』（1742年）に様々な人痘法が記されており、これが長崎へ伝わり、秋月藩医緒方春朔による人痘法の実践（後述）につながった[1]。だが数%の重症化する例もあり、安全性は充分でなかった。1796年にイングランドの医師エドワード・ジェンナーは、ウシが飼育されている家や地域では牛痘にかかると天然痘にならないという伝聞に着目した。これの膿を用いた安全な牛痘法を考案し、これが世界中に広まり、天然痘の流行の抑制に効果を発揮した。ワクチンという言葉もこの時用いられたものである。

「Vaccinia virus、ワクチニアウイルス（ワクシニアウイルス）」と呼ばれ、ラテン語のVacca（ワッカ = 雌牛）が名の由来であり、ワクチン（vaccine）、ワクチン接種（vaccination）の語源になっている[2]。

しかし、のちの研究で牛痘ウイルスと天然痘ウイルスには免疫交差の作用がないことが判明した。実際には牛痘の膿に混じっていた別のウイルスによるものであり、したがってジェンナーが天然痘ワクチンを生み出せたのは偶然によるものだった。由来については長年不明だった。しかし、1902年の天然痘ワクチン試料のDNA分析によって、馬痘ウイルス (horsepox virus) と99.7%類似していることが示され、馬痘ウイルスもしくはその近縁種であったことが判明している[3]。ワクチニアウイルス研究の第一人者であるデリック・バックスビー（Derrick Baxby）は、馬痘ウイルス由来を支持し、馬痘ウイルスに感染し馬の踵の部分にできる炎症で脂肪の「馬のグリース」が由来だとした。馬のグリースに接触し感染した人に免疫ができていることを、実際に天然痘を接種し証明した。しかし、馬痘ウイルスが馬を自然宿主としているのか、他の動物から馬に感染したのかは未だに不明である[4]。
日本への伝来と普及

日本では江戸時代後期の1789年、長崎で医術を学んだ秋月藩医の緒方春朔が大庄屋・天野甚左衛門の子供たちに人痘法で接種して成功させた。これはジェンナーが考案した牛痘を用いる方法ではなく、天然痘の瘡蓋（かさぶた）の粉末にして鼻孔に吹き入れる方法に、緒方自身が改良を加えたものだった[5]。1810年にはロシアに拉致された中川五郎治が、帰国後に牛痘を用いた種痘法を伝えた。文政7年（1824年）、田中正右偉門の娘イクに施したのが日本初の種痘術である。この頃、蝦夷地（現在の北海道）では天然痘の大流行が3度起っており、このとき彼が種痘を施したとみられる。しかし五郎治は種痘法を秘術とし、ほとんど伝えなかったために、知る者は少数であった。彼の入手した種痘書は江戸幕府の訳官・馬場佐十郎によって文政3年（1820年）に和訳されている。

その後、種痘の技術は箱館（現在の北海道函館市）の医師、高木啓蔵、白鳥雄蔵などにより、秋田、さらには京都に伝達された。これとは別に1813年に同じくロシアから帰国した安芸国の漂流民・久蔵が種痘法を覚え、種痘苗をガラスの器に入れて持ち帰った。彼は、その効果を広島藩や藩主の浅野斉賢に進言しているが一笑され、接種に至らなかった。

また、1831年には柴田方庵が長崎で、フィリップ・フランツ・フォン・シーボルトの門人たちやオランダ軍医オットー・モーニッケに最新の西洋医学を学び、各地に広めた。