紀元前221年、秦国は最後に斉国を滅ぼして、中国史上最初の統一帝国、秦朝を打ち建てた。秦朝最初の皇帝始皇帝は丞相の李斯の建議に基づき、地方の支配を分封制による諸侯を通じての間接的統治から全国一律に単一の郡県を置いて中央集権的に支配する郡県制を導入、全国を36郡に分けた。五嶺の南、南越族を支配した領土には、南海・桂林及び象州の3郡（秦朝滅亡後に南越国となった地域）を、北に匈奴を攻めて陰山以南を切り取った地には九原郡（現在の内モンゴル自治区包頭市南西）を置いた。領土を広げるごとに、恒山・済北・膠東・河内・廬江・衡山などの郡を次々に置いた。

秦朝首都の咸陽とその付近の関中平原は内史が直接的に管理し、それぞれの郡には、民政を司る郡守、軍事・治安を司る郡尉、監察を司る郡監の三職と、郡守の下に補佐する郡丞を置いた。
史料

秦朝の唯一の正史ともいえる『史記』には秦の地誌を述べたものがないため、『史記』記載の36郡以外の郡についてはまとまった資料がなく、郡の数は40[1]とも48ともいわれる。『史記』記載の36郡であっても、郡治（郡都）の所在や領域は、今もって歴史学者や地理学者が引き続き研究する課題となっている。

2002年に里耶古城が発掘調査され、里耶秦簡が発見されたことで、秦代に洞庭郡があったのではないかと推定される一方、地域が重なる黔中郡の存在を疑問視する説も現れた。2008年に湖南大学付属岳麓書院は香港から購入した秦代の竹簡2098枚（岳麓書院蔵秦簡）の修復の過程で、従来からいわれていた48郡の外に新たに州陵郡と清河郡の2郡があったことを裏付ける証拠を発見したと発表した。修復した秦代の竹簡1枚に「丙辰朔己卯南郡?守賈報州陵郡」、「州陵守」、「州陵?守」と州陵郡の名が3箇所記されていた。また、岳麓書院副院長の陳松長によれば、別の竹簡には篆書で明瞭に「清河?守」と記されていて、清河が郡の名であることが推定されるという[2]。秦朝の行政区分
番号郡名治所（郡都）現比定地
内史直管咸陽陝西省咸陽市東
1隴西郡狄道県甘粛省臨?県南
2北地郡義渠県甘粛省寧県西北
3蜀郡成都県四川省成都市
4巴郡江州県重慶市渝中区
5漢中郡南鄭県陝西省漢中市漢台区東
6南郡江陵県湖北省荊州市東南
7洞庭郡*1臨?県湖南省常徳市西
8南陽郡宛県河南省南陽市
9蒼梧郡*2湘県湖南省長沙市
10淮陽郡*3陳県河南省周口市淮陽区
11九江郡寿春県安徽省寿県
12廬江郡番陽県江西省?陽県
13衡山郡?県湖北省黄岡市西北
14四川郡*4相県安徽省宿県西北
15薛郡魯県山東省曲阜市
16東晦郡?県山東省?城県西南
17会稽郡呉県江蘇省蘇州市
18故?郡故?県浙江省安吉県
19邯鄲郡邯鄲県河北省邯鄲市西南
20鉅鹿郡鉅鹿県河北省平郷県
21恒山郡東垣県河北省正定県
22太原郡晋陽県山西省太原市西南
23上党郡長子県山西省長子県
24雁門郡善無県山西省左雲県雲興鎮南
25代郡代県河北省蔚県西南