発酵(はっこう、?酵とも表記、英: fermentation)は、生物が栄養素として取り込んだ有機物を嫌気的に(酸素を使わずに)代謝してエネルギーを得る過程である。より科学的には、栄養素から放出された電子が、最終的に同じ栄養素の分解から得られる分子に移動する代謝プロセスと定義される。
発酵とは、次のことを指す場合もある。生化学微生物が発酵食品など人間に有益な有機物を生成する過程全般を指す好気発酵(英語版