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調査中の九谷A遺跡（考古学調査）筒井城の発掘説明会

発掘調査（はっくつちょうさ、英語: excavation）とは、地中に埋没した学術的資料を調査・研究するため、地面や岩盤への掘削を行う学術調査手法の1つ。考古学では過去人類の活動痕跡=遺跡（埋蔵文化財）を検出するため遺跡のある土地の土層を掘削し、古生物学および地質学では化石を探す等の目的で特定の地層を掘削する調査のことをいう。
考古学における発掘調査岩宿遺跡にて旧石器時代の遺物を発見した考古学者・相沢忠洋（群馬県みどり市）
狭義の発掘調査

狭義には、考古学における遺跡（法律用語では埋蔵文化財包蔵地）調査のうち、調査区内の遺物包含層を掘り下げて遺構面を検出し、遺構覆土の掘削と遺物検出を行い、それらの検出状況・出土状況を実測図や写真などの記録資料としてまとめ、遺物を取り上げる調査を指す。
広義の発掘調査

広義には、地表面からは確認できない遺構の所在を確認するための試掘調査（しくつちょうさ、trial excavations）や遺構の性格の概要までを把握する確認調査（かくにんちょうさ）を含む遺跡の調査総体をいう。トレンチ（試掘坑、trial trench）とよばれる溝を、通常幅1m?2mくらいの任意の幅で、交差する二方向ないし平行に掘っていき、それによって遺構の広がりの確認を行い、10mの方眼（グリッド）を調査区全体に設定して、一定の間隔で短いトレンチを入れたり、2mの方眼を一区おきに表土をはがして、遺構の有無を確認する場合もある。

遺跡の有無を広域に渡って把握するための踏査を行って、遺物の表面採集を行うものを一般調査（general survey、遺跡分布調査、単に分布調査ともいう。）といい[1]、遺構や遺跡の有無を確認するために、1地点をスコップで掘り下げたり、ボーリング棒（検土杖）を突き刺すことがあるが、主として地表面から確認できる範囲で遺跡の所在を確認することが主体の調査であって、通常は発掘調査のカテゴリーには含まれない。森林の伐採や考古学的知見の増加といった客観的ないし主観的な条件が変化したことによって調査成果が大きく変わる可能性があり、水田遺跡などは遺物をほとんど伴わないので検出は一般に困難をともなう[1]。しかし、古墳や中世城館、窯跡、集落遺跡などは、全体の状況を把握するうえで分布調査は欠かせない[1]。

古墳や寺院跡、山城などについては、現状の測量だけでも形状や規模がある程度確認できるものについては、実測調査を行う必要がある[1]。前方後円墳などは、これだけでも編年や地域色、設計企画などといった研究に資するところが大きい[1]。
学術調査と土地開発行為にともなう調査（緊急調査）特別史跡藤原宮跡の発掘調査現場土地開発行為にともなう京都市内の調査（江戸時代の層の下に秀吉時代の盛土層、室町、平安、古墳、弥生などの文化層がつづく）

平城宮跡や藤原宮跡など、範囲が判明し、その重要性が指摘されている遺跡は、特別史跡や史跡などの文化財指定がなされ、学術調査がなされる[2]。学術調査は、通常、年度をまたぐ調査計画が立てられ、計画にもとづき、遺跡保存を前提にして行われる調査である。その多くは公有化が進められ、研究成果にもとづき往時の姿に復元される[2]。遺構や遺物には保存の措置が講じられ、史跡公園などとして国民にひろく公開されることが多い[2]。

いっぽう、建築物を建てる際や道路、鉄道などを通す際の土地の再利用の際に破壊が予測される遺跡を記録保存するために地方公共団体、財団法人の埋蔵文化財調査事業団もしくは埋蔵文化財センター、地方公共団体が大学教授などに依頼して組織された発掘調査団、遺跡調査会などを行う発掘調査を特に緊急発掘調査（あるいは単に緊急調査）[注釈 1]と呼ぶことがある[3]。学術目的の調査は、予算・期間・組織的な制約もあって小規模なものであったが、各種開発工事にともなう発掘調査は、場合によっては数万平方メートルにおよぶ大規模なものも稀ではなく、おびただしい数の考古資料が検出されたので、いきおい考古学のあり方そのものを変質させたし、調査方法や調査体制も変化した[3]。

埋蔵文化財包蔵地でなくても工事中に偶然遺跡が発見される（不時発見）ことがしばしばあるが、多くは発掘調査終了後に記録として保存されるのみで遺跡は破壊される場合が多い。しかしその中でも本来の計画を変更し、歴史公園などとして保存する例もある。そういった例では、工業団地造成のための発掘調査で大規模な集落跡が見つかった佐賀県の吉野ヶ里遺跡が特に有名である。同様に、青森市の三内丸山遺跡は野球場建設、大阪府藤井寺市のはさみ山遺跡（梨田地点）は住宅建設に伴う調査で、いずれも保護措置（現状保存）がとられた。

なお、団地造成により発掘調査が行われたあ遺跡には、鳥取県米子市の青木遺跡や福市遺跡、青森県八戸市の長七谷地貝塚[注釈 2]、茨城県つくば市の平沢官衙遺跡[注釈 3]、岩手県一戸町の御所野遺跡[注釈 4]、岡山県倉敷市の楯築遺跡ほかがあり、枚挙にいとまがない。これらは史跡などに指定され、保存と活用が図られている遺跡である。

一方で、2008年に古市古墳群内で新たに、前方後円墳が発見されたにもかかわらず、開発業者によって破壊されてしまった例がある[4]。
調査区の設定

分布調査や試掘調査から得られた資料をもとにして調査目的に沿った調査区が設定される。かつては、任意の基準点を設けて調査区を設定することがあり、そのため、現在ではその所在や広がりのわからなくなってしまった遺跡があるが、今日では国家座標を用いるため、そうした問題は解消した[5]。

調査区は方形のマス（方眼）を用いて区分する方法が一般的に採用されており、これをグリッド法と呼んでいる[5]。
発掘調査に用いる道具・機材油圧ショベル（ユンボ）手押し車