生物学の哲学または生物哲学（英: Philosophy of biology、稀にバイオ・フィロソフィ）は、科学哲学の分野の一つであり、生物学や医学における、認識論的・形而上学的・倫理的な問題を取り扱うものである。
概要

長い時代に渡って多くの哲学者、および知の哲学をする者たちが生物学に関心を抱き続けてきたが（例えば古くはアリストテレス、それにデカルトやカントも関心を抱いていた）、生物学の哲学が、哲学の独立した部門として登場したのは、ようやく1960年代から1970年代になってからに過ぎない。

科学哲学者は、ネオダーウィニズムが興った1930年代から1940年代から、1953年にデオキシリボ核酸の構造の発見や、より最近の遺伝子工学の発展に至るまで、生物学の発展に注意を払ってきた。

生物学の哲学は、今日では、広く普及し、よく組織された（独自の学術誌、会議、学会をもつ）専門分野となっている。当該分野のうちで最大の学会組織であるInternational Society for the History, Philosophy, and Social Studies of Biology (ISHPSSB) ( ⇒http://www.ishpssb.org/ )の名称には、この分野の学際的な性格が良く表れている。

現在の生物学の哲学者の多くは概して、生命と非生命とを区別するという伝統的な問いを避けてきた。そうするかわりに、科学的研究分野としての生物学のよりよい理解に向けて、生物学者の実践、理論、およびそこで用いられる概念を研究している。科学的思考は、哲学的に分析され、その帰結が探求される。生物学の哲学を、理論生物学から純然と区別することは、しばしば困難である。生物学の哲学が答えようとする問いには、例えば以下のようなものが含まれる。

生物学的種とは何か？

我々の生物学的起源のもとで、合理性はいかにして可能か？

我々の人種やセクシャリティやジェンダーについての生物学的理解は、いかに社会的価値を反映しているか？

自然選択とは何か？それは一体どのように働くのか？

医者はどのように病気について説明するのか？

言語や論理はどこから生じてきたのか？

生態学は医学とどんな関係があるのか？

生物の哲学者の中でも、より哲学志向の強く経験的志向の弱い哲学者たちは、認識論や倫理学、美学や人類学、それに形而上学についてさえも、これらの抱える根本的な問題が、生物学によって自然科学的な解答を与えられることを望んでいる。その上、生物学の進歩は社会に人間の生命のあらゆる側面に係わる伝統的価値について再考をせまっている。たとえば人間の幹細胞に遺伝子操作を行う可能性が生まれたことで、特定の生物学的技術が倫理的な合意をどのように侵害し得るのかについて、長い論争が生じた（生命倫理の項を参照）。もっと明確な哲学的問いが存在するが、生物学の哲学者たちが取り組んでいるものには次のような問いがある。

「生命とは、何か？」

「人間を、その独特な人間なるものにしているのは、何か？」

「道徳的思考の基礎は、何か？」

「審美的判断に私たちが用いている要因は、何か？」

「進化は、キリスト教やその他の宗教体系と両立するか」

形而上学と哲学分野における理論から得られる見解が、バイオインフォマティックスの分野で活躍する生物学者によりだんだんと使われ始めている。推測や調査をするのに論理的で使いやすいデータの体系を作るために、遺伝子オントロジーといったオントロジーの分野は、モデル生物を用いた生物実験の根拠を得るために用いられている。遺伝子オントロジー自体は、種間の関係を論理的に分類するものである。
バイタリズム、機械論、還元主義、全体論、有機体論

生物学の論点の1つとして、バイタリズム（活力論、生気論）、還元主義、全体論、機械論、有機体論など、認識論や方法論が関わる論争がある。

バイタリズム、機械論（や唯物論）、還元主義、全体論、と呼ばれる考え方の状況について説明すると、「生気論者」と「唯物論者」と呼ばれる人たち、また「還元主義者」と「全体論者」と呼ばれる人たちは、それぞれ、自分の用いる用語をあまりに明確に定義しないままに用いており、同じ陣営だと思われている人たちも、ひとりひとり用語を異なった用法・意味で用いていて、かなり混乱している[1]。このような用語の混乱があるため、それぞれの陣営は、相手の陣営の考えをわざと戯画化してからかった上で、自分たちの考えについては「誤解された」と声高に憤るようなことを繰り返してきた[1]。さらに、自分は正しい意見を述べているなどと述べつつ、自分自身に「有機体論者」や「還元主義者」と銘を打つと、とたんに反対陣営から公然と非難を浴びる事態に陥り、しかも　名目上は自陣営のはずの人々からも慇懃無礼な沈黙で迎えられる[1]と、D.L.ハルはこの論争の状況を解説している。この論争の性格というのは、科学的なものというよりも、まるで政治上の論争や教義上の論争を思い出させるような（たちの悪い）ものである、ということをD.L.ハルは指摘した[1]。これだけでまだ理解できない人のために、この論争の　“たちの悪さ”についてもう少し具体的に説明する。科学に関する議論の場合は、一般には経験や議論でその議論に決着がつきそうなものだと思われているのだが、この議論では、経験を持ち出しても、理論を持ち出しても、議論に決着がつかないのである[1]。歴史の一時期には、あたかもこの論争が経験的事実を根拠として決着がつけられるかのように議論が進められていた時期もあったが、現実にはそうはいかなかった[1]。たとえば、実験をすすめ有機物質を人工的に合成したが、それはこの議論の解決には役立たなかった[1]。また、理論的な点を根拠に勝負が決められることもなかった。例えば、かつては機械論は「全ての科学は力学という物理学の特定の分野に帰着させられる」などと解釈しつつ（と空想しつつ）論陣を張っていた。だがやがて力学というものは物理学の基礎として適切でない、と（物理学の変化・進歩とともに）判明したわけなのだが、かつての力学を絶対視することで主張を展開していた機械論者は、その力学の科学内での位置づけがすっかり変わってしまって自説の根拠を失っても、自分たちが間違っていたとは認めなかった[1]。またさらに、人によっては「19世紀における進化論の導入と、20世紀における遺伝における分子的根拠の発見がこの論争に ある特定の方向での決定的な影響を与えたはずだ」などと考えるかも知れないが、実際に論争の領域で起きた事実というのはその逆のことで、例えば、Marjorie Greneやマイケル・ポラニーのような反還元論者は、むしろ進化の総合説に対して、「生物をただの多数の分子の集まりであるかのように考える還元論者の独断だ」と批判したのである。それだけではない。（単純な人は意外に思うかも知れないが）G.G.シンプソンやエルンスト・マイヤーのような有機体論者は、進化論というのを、機械論的な還元主義に対する主要な防壁だ、と考えているのである[1]。よって結局、この論争の歴史を丹念に学べば学ぶほど、たとえ経験的な事実であろうとも理論的なものであろうとも、この議論を一方向に落着させることはとてもできない、ということに気づかされることになる[1]。ヒルデ・ハイン Hilde Heinは、この論争の長さ、討論の険悪な雰囲気、さらに、新たな科学的な成果がどちら側の陣営にも安易に利用される様子などを観察して、結局この論争というのはメタ科学的あるいはメタ理論的な考察によって動いている、と指摘した[1]。

還元主義は、低次のプロセスを理解することにより、高次のプロセスをより深く理解した、と見なすこと、である。たとえば、循環系全体の運動を観察するよりも、心臓が拍動することにより血液が流れていくことを理解することで、循環系をより深く理解することができる、と考える。

全体論とは、高次プロセス（システム内の要素間で起こる相互作用により、上位レベルで起こる現象）に重点を置く観点をさす。 たとえば、他の種が滅びたにもかかわらず、フィンチの1種のみがなぜ生き残ったかを説明するとき、全体論の手法としては生態系全体を考える。生態系の下位だけを見ることでは、全体的なふるまい（この場合、生物多様性の減少）を効果的に説明できない、と考えるのである。

生物学の哲学の自立

生物のなかで生じている過程は、すべて物理法則に従っている。非生命的過程との違いは、それが組織化され、コードされた情報に統制されていることにある。このため、生物学者や哲学者のなかには（たとえばエルンスト・マイヤーやデイヴィド・ハル）、ふたたびチャールズ・ダーウィンを厳密に哲学的に考えようとするものもいる。