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生殖器（せいしょくき）とは、生物が有性生殖を行う際に用いる生殖活動に関与する器官の総称である。雄と雌とで異なる生殖器がある場合、それぞれを分けて雄性生殖器、雌性生殖器と呼ぶ。
一般的構造

どのような生物でも生殖は行われるので、そのための仕組みが存在するが、体細胞がそのまま生殖の役割を果たす場合、特に呼び変えることは少ない。多細胞生物では、特定の部位が生殖のために分化する場合にはこれを生殖器、あるいは生殖器官と呼ぶ。特に有性生殖に関わる部分をこう呼ぶ場合が多い。動物の場合、生殖細胞を形成する部分を生殖巣（せいしょくそう）という言い方をする場合もある。また、ほ乳類では生殖巣は内分泌腺の能力も持っているので、生殖腺ともいう。生殖細胞を形成する部分の周囲に、その役割を助ける構造が発達する場合、これも生殖器に含める。

形成される配偶子の大きさに差がある場合には、大きい方を形成する構造を雌性生殖器（しせいせいしょくき）、小さい方を形成する方を雄性生殖器（ゆうせいせいしょくき）と呼ぶ。動物のように卵と精子を形成する場合には、卵を形成する側が雌性、精子を形成する側が雄性である。これは個体の雌雄とは無関係である。

生殖器は有性生殖を可能にするための器官であることから、種内ではその形質は安定している。他方、生殖に関するしくみは一般的に通常の生活には利用しない部分であるから、その生物の生活活動での自然選択を受けにくいと考えられる[要出典]。そのため、その構造は基本的には変化しにくい。高等植物で、花の構造や雌しべの内部構造などが重要な分類上の特徴とされるのは、ここに理由がある。その意味では、リンネが雄しべの数などを用いて分類したのも、見当はずれではない。

それと同時に、種ごとの特異性を示しやすい。特に、昆虫など外骨格の発達した動物ではその部分がキチン質でできており、しかも雌雄の生殖器がうまくかみ合う形になっている。種が異なると細部の構造が異なるので、交尾が成立しないようになっており、種間交雑を妨げる物理的な障壁として働く。各分類群の分類で、種の区別にこの部分を利用する例は多い[要出典]。

このような部分は、環境との関連が薄く、つまり適応的には無意味である上、鍵と鍵穴のごとく、互いにかみ合わなければ機能として成立せず、しかも生殖に直接にかかわる。それだけに、種分化と大きくかかわることになるとも言われる[独自研究?]。
動物の場合（一般論）

動物の生殖器では、通常は両性の配偶子を形成する生殖腺と、そこから生殖細胞を体外へ導く管が1そろい、通常1個体に1対ある。雄性のものは精巣と輸精管、雌性のものは卵巣と輸卵管と呼ぶ。動物の生殖巣は、一般に体の内部にできる。体腔がある場合には、体腔内に生じる。生殖細胞が体外に出るには、体が裂けてそれらを放出するのでなければ、多くの場合、特に管が必要になる。生殖細胞の出口を生殖孔という。脊索動物では、このために排出系が流用されている。病院で泌尿生殖器系とまとめるのはこのためである。

体節制の発達した動物では、体節ごとに生殖器を有する例もある。特に環形動物ではその例が多い。

体外受精の動物では、卵も精子も体外へ放出するだけなので、これだけあれば一応は成立する。