特別研究員（とくべつけんきゅういん）は、以下のことを指す。
職務、待遇などが特別な研究員のこと。またその役職、職位、称号のこと。フェロー。

特に、日本学術振興会の特別研究員のこと。一般に、日本学術振興会特別研究員と呼ばれる。

本項では、2.について詳述する。
日本学術振興会特別研究員

日本学術振興会特別研究員（にほんがくじゅつしんこうかいとくべつけんきゅういん）は、文部科学省所管の独立行政法人日本学術振興会が、大学院博士課程在学者および大学院博士課程修了者等で、優れた研究能力を有し、大学その他の研究機関で研究に専念することを希望する者を「特別研究員」として採用し、研究奨励金および研究費を支給する制度である。優れた若手研究者に、その研究生活の初期において、自由な発想のもとに主体的に研究課題等を選びながら研究に専念する機会を与えることにより、日本の学術研究の将来を担う創造性に富んだ研究者の養成・確保に資することを目的とする[1]。

特別研究員は、生活費に充当可能で給与相当の研究奨励金が月額20?44.6万円が支給され、加えて1年あたり最大150万円（SPDおよびCPDは300万円）の科研費（特別研究員奨励費）がそれぞれ支給される。特別研究員奨励費は、他の競争的資金と同様に所属する研究機関が管理を行う。

特別研究員に採用された者の常勤研究職への就職率は抜群に良く、同制度は日本における研究者の養成・確保の中核的な役割を果たしている[注 1]。多くの若手研究者が特別研究員に申請しており、非常に狭き門として知られている。

DCの待遇は、2015年時点の大学院修了者の平均初任給である22万8千円よりも少なく[4]、副業禁止規定の法的根拠、社会保険への加入不可など、技術立国を目指す国の方針と矛盾していることが文部科学省内部の検討会でも認知されている[5]。

2020年度から、PDおよびSPDを対象にしたCPD（国際競争力強化研究員）の採用が開始された。海外の大学等研究機関で長期間研究に専念することが前提となるCPDは、採用決定日以降に3年以上の海外渡航が義務づけられており、往復の渡航費および月額44.6万円の研究奨励金が支給される[6]。
種類

区分申請資格採用期間採用者数研究奨励金科研費
特別研究員-DC1博士課程[注 2]に在学する学生（採用年の4月1日現在、博士後期課程1年次相当に在学する者[注 3]）3年691?731人[7]月20万円最大計
450万円
特別研究員-DC2博士課程[注 2]に在学する学生（採用年の4月1日現在、博士後期課程2年次以上の年次相当に在学する者[注 4]）2年1,086?1,132人[7]月20万円最大計
300万円
特別研究員-PD博士学位取得後5年未満の者（申請時に取得見込みの者を含む）3年344?363人[7]月36.2万円最大計
450万円
特別研究員-RPD博士の学位取得者で、過去5年以内に出産又は子の養育のため、研究活動を一定期間中断していた者2年69?75人[7]月36.2万円最大計
300万円
特別研究員-SPD[注 5]特別研究員-PD採用者のうち、特に優れている者3年15人[7]月44.6万円最大計
900万円
特別研究員-CPD[注 6]
（国際競争力強化研究員）特別研究員-PD・SPD採用者のうち、特に優れている者5年13?15人[8]月44.6万円最大計
1500万円

背景

大学院重点化に伴い、博士課程に在学中の学生と、博士号を取得したポスドクの人数は飛躍的に増えている。しかしながら、博士課程の学生に対する生活資金補助は、政府による補助、大学による補助を合わせても充実しているとは言えない。ポスドクを雇用する資金の多くは国のプロジェクト予算であるが、これは政策目的に沿った国家プロジェクトの成果を出すことが求められるため、若手研究者が自由な発想で研究を進めるのにふさわしい制度とは言えず、将来日本の学術を担う層を育成するために、より自由な研究を可能とする制度が求められていた。
制度

特別研究員制度は、最も研究意欲が充実した伸び盛りの時期の研究者に生活費と研究費を支給することにより、研究に専念できる環境を用意することを制度の目的としている。研究に専念することを重視しているため、博士課程の学生や大学・研究機関と雇用関係がなく報酬を受けない無給研究員としての身分を除き、同時に他の身分を持つことは許されない。研究テーマは本人の独自のテーマであることが重視され、独自のテーマを進めるために科研費の補助が受けられる。
審査

若手研究者のポテンシャルを評価する観点から、所属大学や所属研究室は一切考慮せず、申請書の内容および面接の内容などから評価する。