熊本藩（くまもとはん）は、1600年から1871年まで存在した藩。52万石（細川家の時代に、八代領と両支藩を分封ののち高直しで54万石）。1871年肥後国（熊本県）の球磨郡・天草郡を除く地域と豊後国（大分県）の一部（鶴崎・佐賀関など）を知行した。肥後藩（ひごはん）とも呼ばれる。藩庁は熊本城（熊本市）に置かれた。熊本藩細川家は肥後一円を領有していないが、国持ち大名（大身国持）とされた。
歴史加藤清正公像。熊本城の入口の一つである御幸橋のそばにある。
前史
戦国期：菊池氏、阿蘇氏、相良氏の分割統治

戦国大名となった各氏（菊池氏、阿蘇氏、相良氏）は、北部、中部、南部と各々に拠点を構えて、ほぼ平穏な戦国前期を送っていた。

やがて菊池氏は阿蘇氏に飲み込まれる形となったが、阿蘇氏も身内の後継争い・内紛を繰り返し、最終的には豊後国の大友氏によって旧菊池領は平定され、阿蘇氏もその影響下に入った。

南で鹿児島・島津などの盾となっていた相良氏だったが、鉄砲伝来後、近代兵器を持った島津軍になすすべなく降伏した。阿蘇氏も島津軍に次々と城を落とされ滅亡した（島津氏の九州平定）。九州平定の寸前で島津軍は、大分・大友の要請により挙兵した豊臣秀吉の大軍に敗れ、肥後を放棄した（秀吉の九州平定）。
豊臣政権期：佐々成政の統治、加藤・小西の二分統治

豊臣秀吉より富山城を召し上げられ、大坂に留めおかれていた佐々成政に、九州国分で肥後の統治が命じられた。しかし佐々は改革を急ぐあまり反感を買い、肥後国人一揆が起きた。秀吉は、加藤清正・小西行長に鎮圧を命じ、一揆は終息した。佐々は責任を取らされて自害させられた。肥後を平定した両者は、肥後の所領を与えられ、加藤は主に北部、小西は中南部を所領にした。

慶長5年（1600年）、肥後南部24万石を領していた宇土城主小西行長は西軍につき、関ヶ原の戦いで西軍の敗将となり斬首、改易となった。
加藤家の統治

肥後北部25万石を領有していた隈本城主加藤清正は、関ヶ原の戦いの戦功により小西行長の旧領を獲得し、また豊後国内にも鶴崎など2万石を加増され、52万石を領したことにより熊本藩が成立した。

清正は日本三名城に数えられる熊本城を築いた。ちなみに「隈本」を「熊本」と改めたのも清正である。また、城下町や道路網を整備し、新田開発、灌漑用水の整備により治水を図り、統治を安定させた。土木建設に力を注ぎ、領内基盤整備の礎を築いた「清正公さん」（きよまさこう）の人気は、今日の熊本においても非常に高い。

その一方で、近年の加藤清正研究では、朝鮮出兵に対応するために作られた動員・徴税体制や、重臣たちを支城主にして大きな権限を与える仕組みが百姓に重みになってのしかかり、さらに関ヶ原の戦いやその後の天下普請などに備えるためこの体制が解消されることなく継承され、農村の疲弊や重臣たちの権力争いの原因となったことなど、清正治世の問題点も指摘し始めている[1]。

加藤家2代・忠広は、寛永9年（1632年）、駿河大納言事件に連座したとされる罪で改易され出羽国庄内に配流となり、加藤家は断絶した[2]。
細川家の統治