熊本県の市町村旗一覧（くまもとけんのしちょうそんきいちらん）は、熊本県内の市町村に制定されている、あるいは制定されていた市町村旗の一覧である。なお、一覧の順序は全国地方公共団体コード順による。廃止された市町村章は廃止日から順に掲載している。
市部

市市旗制定有無制定日旗の色備考
熊本市あり[1][2]1969年8月1日[1][2]地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[2]
八代市あり[3]2005年8月1日[3]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[3]2代目の市旗である
人吉市あり[1][4]1972年10月7日[4]地色はジョンブリアン色であり、紋章は黒色が指定されている[4]
荒尾市
ロゴタイプあり

ロゴタイプなしあり[5]1996年4月1日[5]ロゴタイプありは地色は緑色であり、紋章は白色が指定され、その下部に「荒尾市」を付ける[5]
ロゴタイプなしでは地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[5]ロゴタイプありとロゴタイプなしがある[5]
水俣市あり[1]1949年4月1日[1]地色は水色であり、紋章は指定色が指定されている[1]
玉名市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[6]2代目の市旗である
山鹿市あり[7]2005年1月15日[7]地色はえんじ色であり、紋章は金色が指定されている[7]2代目の市旗である
菊池市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[8]2代目の市旗である
宇土市なし[1]地色は紫色であり、紋章は白色である[1]
上天草市
地色が白色

地色が青色あり[9]2004年3月31日[9]地色が白色の場合：地色が白色であり、紋章は指定色が指定されている[9]
地色が青色の場合：地色が青色であり、紋章は白色が指定されている[9]地色は白色と青色がある[9]
宇城市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[10]
阿蘇市あり[11]2005年2月11日[11]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[11]
天草市あり[12]2006年3月27日[12]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[12]
合志市なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[13]

町村部

郡町村町村旗制定有無制定日旗の色備考
下益城郡美里町あり[14]2004年11月1日[14]地色は白色で、紋章は緑色とオレンジが指定されている[14]
玉名郡玉東町なし地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている[15]
南関町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[16]
長洲町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[17]
和水町あり[18]2006年3月1日[18]地色は紺色で、紋章は白色が指定されている[18]
菊池郡大津町あり[19]1987年8月24日[19]地色は紺色で、紋章は「つ」が白色、「つつじ」の花柄は紺色が指定されている[19]
菊陽町あり[20]1986年3月31日[20]地色はえんじ色で、紋章は黄色が指定されている[20]
阿蘇郡南小国町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている[21]
小国町なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[22]
産山村なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[23]
高森町あり[24]1969年9月26日[24]地色は濃紫色で、紋章は白色が指定されている[24][25]
西原村あり[26]1977年8月27日[26]地色は緑色で、紋章は白色が指定されている[26]
南阿蘇村あり[27]2005年2月13日[27]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[28]
上益城郡御船町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている[29]
嘉島町なし地色は紫色であり、紋章は白色が指定されている[30]
益城町なし地色は臙脂色であり、紋章は白色が指定されている[31]
甲佐町なし地色は緑色であり、紋章は白色が指定されている[32]
山都町あり[33]2005年2月11日[33]地色は白緑色で、紋章はオレンジと緑色が指定されている[33]
八代郡氷川町なし地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[34]
葦北郡芦北町なし地色は藍色であり、紋章は白色が指定されている[35]