海軍乙事件（かいぐんおつじけん）とは、太平洋戦争中の1944年（昭和19年）3月31日、連合艦隊司令長官 古賀峯一海軍大将が搭乗機の遭難により行方不明となりその後殉職扱いとなった事件および、古賀大将に随伴した参謀長福留繁中将が搭乗機（古賀大将搭乗機とは別機体）の不時着によりフィリピンゲリラの捕虜となった事件。この事件の際に福留中将が保持していた日本軍の最重要軍事機密文書がアメリカ軍に渡った。行方不明となった古賀大将搭乗機の残骸など手がかりは未だに発見されていない。
経緯

1944年2月のトラック島空襲の後、連合艦隊は新たな内南洋の拠点としてパラオを利用していたが、3月に連合軍の大空襲を受けた。そのため、連合艦隊司令長官古賀峯一海軍大将ら司令部要員はパラオからミンダナオ島のダバオへの退避を検討した。これは連合艦隊が陸上に司令部を置き、作戦にあわせて漸次各方面陸上基地を司令部が移動する事案の予行演習を兼ねたもので、連合艦隊司令部は戦艦「武蔵」と第十七駆逐隊を遊撃部隊に編入させた上で、31日乃至4月1日黎明にパラオ発、ダバオ経由サイパン進出の予定と電報で通知していた[1]。ところが、4月1日昼間の出発を予定していたが、31日に七六一航空隊の偵察機（陸攻）から「1730、ヤップの200度、163マイルに空母2隻を基幹とする大部隊、進行方向西18ノット」の報告があり、加えてアラカベサン飛行艇基地が空襲警報の誤報を発した[2]。これらの情報により、連合艦隊司令部は米軍がパラオに上陸すると判断した[3]。

そのため、司令部要員は3月31日夕刻にミンダナオ島のダバオへ飛行艇（二式大艇）3機での移動を急いだが、八五一航空隊の1機はエンジン不調によりスラバヤで修理したため遅れ、2機のみがパラオに到着し司令部要員を搭乗させ離水した。しかし途中で低気圧に遭遇し、古賀搭乗の一番機（八五一航空隊所属、機長：同隊分隊長、難波正忠大尉）が行方不明となったほか、二番機（八〇二航空隊所属、機長：岡村松太郎中尉）も後述のように不時着した。これは一番機と二番機が異なる航空隊に所属していたため、天候不順の場合に海面を這うか（一番機）、雲上に出るか（二番機）という違う教育を受けていたためだとされる[4]。なお、遅れた三番機（八五一航空隊所属、機長：安藤敏包中尉）はダバオで待機し、空襲が途絶えていることを確認して同地を離水、パラオ着水後、司令部の暗号士、暗号員を乗せて4月1日早朝にパラオを離水し、ダバオに無事着水した。[5]一番機（そして遅れた三番機）は、ラバウル残留のパイロットを救出するために、シンガポール→パラオ→サイパン→パラオ→シンガポールの飛行予定を、シンガポール→パラオ→サイパン→パラオ→遭難となった経緯であった[6]。行方不明となった一番機は残骸等発見されないまま古賀以下の司令部要員7人を含む全搭乗員は「戦死」でなく「殉職」とされたが、これは嶋田繁太郎海軍大臣が、古賀の行動を前線からの逃走と批判し、戦死ではなく「殉職」扱いにさせたためである[7]。古賀の殉職はすぐに国民には知らされず、同年の5月5日に発表され、古賀は元帥府に列せられ元帥の称号が与えられた。なお、嶋田は戦後になって「（古賀の殉職を）戦死に直せないか」と復員局に問い合わせたが、認められなかった[7]。

一方、二番機はセブ島沖に不時着し、搭乗していた連合艦隊参謀長福留繁中将以下の連合艦隊司令部要員3人（ほか、作戦参謀の山本祐二大佐、通信長の山形掌）を含む9人は泳いで上陸したが、ゲリラの捕虜となり、1944年（昭和19年）3月8日に作成されたばかりの新Z号作戦計画書、司令部用信号書、暗号書といった数々の最重要軍事機密を奪われた。ゲリラに対して警戒心を抱かなかった福留らは拘束時に抵抗や自決、機密書類の破棄もしなかった（鞄を川に投げ込んだが、すぐに回収されたという）。

元々フィリピンはアメリカの植民地であったが、戦前は独自の憲法・議会・裁判所を含めた大幅な自治が認められており（フィリピン・コモンウェルスを参照）、日本軍の軍政が上手く行かなかったこともあって、住民の感情は親米反日的であった。そのためアメリカ軍は日本の支配が続いていた間、潜水艦で連絡員を送り込むなどして現地のゲリラと連携し、その組織化に手を貸していた。日本側のセブ島守備隊長はゲリラのリーダーに対して「解放しなければ報復を加える」と、取引に応じるようにゲリラ側を脅したとされる[要出典]が、春名幹男は米軍の指揮官（クッシング陸軍中佐）の指示を受けたゲリラが乗組員の一人（岡村松太郎中尉）を伝令として守備隊（独立混成31旅団）に「ゲリラへの攻撃中止を条件に海軍軍人を引き渡す」と守備隊の大隊長（大西精一中佐）に伝えたと記している[8]。このことにより福留等は解放されたもののカバンはゲリラに没収され、作戦計画書等の機密文書はのちにゲリラからアメリカ軍の手に渡り、ブリスベーン郊外の連合国翻訳通訳課(Allied Translator and Interpreter Section: 略称ATIS)で、アメリカ陸軍情報部（Military Intelligence Service, MIS）の要員によって翻訳された[9]。

先の山本五十六長官搭乗機が撃墜された事件（1943年（昭和18年）4月18日）を「海軍甲事件」と呼ぶことから、本件は「海軍乙事件」と呼ばれた。
影響
機密文書の紛失

『太平洋暗号戦史』や『太平洋戦争暗号作戦（下）』のように、文書の入手や暗号解読に関わった関係者の回顧では、この計画書類は太平洋で日本軍と対峙する米太平洋艦隊やその指揮下の第3艦隊にも転送されて活用されたという。より詳しく述べると、マッカーサーの司令部の日本語専門家は海軍用語に十分通じておらず、要旨を訳した段階で、真珠湾の太平洋方面統合情報センター（JICPOA）に回送された。ミッドウェー海戦で情報戦にも勝利した後、太平洋方面ではアメリカ海軍を中心として情報組織の再編が行われた。このとき、太平洋艦隊情報参謀として数々の重要暗号解読に当たってきたエドウィン・T・レートンは太平洋艦隊司令長官チェスター・ニミッツに対して提案を行い、太平洋方面情報センター（ICPOA）が誕生した。JICPOAはその後、ICPOAを母体として既存の暗号解読組織などを統合して生まれ、太平洋方面司令官の任にもついたニミッツの指揮下にあった。これらの組織は、1943年2月に日本語翻訳の速成教育を受けた予備士官20人を受け入れてから、日々その規模を拡大し続けていた。第5艦隊および両用作戦部隊はマリアナ諸島を目標としてエニウェトク環礁に集結しており、この時もレートンがニミッツに文書回送を具申していた。文書はハワイでの徹夜の作業によって、その全体が翻訳され、コピーが飛行艇で前線の艦隊に送付された。

太平洋艦隊司令部の毎日の回報は、日本軍の行動と意図、特に「Z号作戦」を実施しようとしているあらゆる証拠についての情報摘要なるものを流していた。例えば、5月22日の回報では伊勢型戦艦からなる第四航空戦隊の新編などがマーシャルで回収された将校のノートなどと合わせて提示されている。5月30日の回報では、連合軍の大規模な作戦を予期し、これに対抗する艦隊戦闘の準備であったなどと述べている。実際、モルッカ諸島のバチャン泊地（ニューギニア島西部）に第一戦隊などが進出しており、日本国外の文献ではジョン・ウィントンがこれを「あ号作戦」の実施のためと書いているが、実際は「渾作戦」のためであった[10]。