この項目では、殺菌の一般的概念について説明しています。抗生物質の殺菌作用については「抗生物質」をご覧ください。
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出典検索?: "殺菌" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2020年6月）

殺菌（さっきん、英: sterilization）とは、病原性や有害性を有する糸状菌、細菌などの微生物を殺し減少させる操作のことである。滅菌と異なるのは具体的な程度は定義されておらず、滅菌のような完全な効果は保証されていない。電磁波、温度、圧力、薬理作用などを用いて細菌などの組織を破壊するか、生存が不可能な環境を生成することで行われる。すべての種類の菌を殺さなくても、生物に悪影響を及ぼす細菌などの微生物が減少すれば殺菌とみなされる。主に病原体の除去（感染症の予防）、食品の鮮度保持などが目的で実行される。対象とする細菌などによっては効果が期待できない方法もある。人体や有益な生物への障害、高熱や腐食による装置の破損、食品の風味の変質などを引き起こすことがあるため、対象の細菌などの微生物に合わせて適切な方法を選択することが重要である。低温殺菌法のパスチャライゼーション（英語名: pasteurization）はルイ・パスツールからきている。
類似概念との違い

一般に「殺菌」は、消毒のことを言い、効能などを表記する際、殺菌と消毒をまとめて殺菌消毒などと言われたりするなど、ほぼ同じ概念として扱われてしまっていることが多いが、専門的には異なる概念である。その他、類似する概念として、除菌、抗菌などもあるが、これらも微生物学や医学、食品科学の分野において、意味が異なる概念である。この項目ではこの概念の違いにつき解説する。また、抗生物質の作用機序を表す言葉として殺菌や静菌という用語を用いることがある。市販の洗剤や消臭剤などにおいて、「殺菌」、「除菌」、「抗菌」を謳った製品が存在するが、滅菌のような完全な効果は保証されていない（商品の説明欄に「全ての菌・ウイルスに効果があるわけではありません」などと書かれているのはそのため）。
専門的な概念

具体量が定義されているのは「滅菌」のみである。
滅菌

滅菌（sterilization 英語の語源は不妊手術のように、不妊化すること）は、有害・無害を問わず、対象物に存在しているすべての微生物およびウイルスを死滅させるか除去することである。実際には菌数が完全にゼロとすることは現実的ではないため、無菌性保証レベル（sterility assurance level, SAL）を満たすことをもって『滅菌した』とする。SAL≦10-6（滅菌操作後、被滅菌物に微生物の生存する確率が100万分の1以下であること）が国際的に採用されている。同じ概念が、日本薬局方においても「最終滅菌法」として採用されている。本記事で扱う殺菌、消毒、除菌、等の用語の中で、滅菌がもっとも厳重な方法であり、その用途は限定される。手洗いの際「ヒトの手指を消毒する」ことはできるが、ヒトの手指を滅菌しようとすれば、手指の細胞ごと全部殺すことになり、手指の滅菌は事実上不可能である。また、対象物をたとえ滅菌できても、一般的な外気に触れれば、再び菌が繁殖することになる。例えばカビの除去で、カビを滅菌した状態（俗に言う「カビの根」が残らない状態）にしたとしても、空気中に漂う胞子が再着落すれば、カビが再び増殖することになる。
殺菌

殺菌 (microbiocidal effect, bacteriocidal-) は文字通り菌を殺すことである。極端な話、1%の菌を殺し、まだ他の菌が99%残っている状態でも「殺菌」を達成したと言える。このため、滅菌のような完全な効果は保証されない。
消毒

消毒 (disinfection) は、対象物を使用しても害のない程度まで対象物に存在している病原性のある微生物を、減らすことである。この手段として殺菌が行われることもあるが、殺菌せずに病原性を消失させることにより消毒が達成されることもあるので、殺菌や滅菌とは少し意味合いが異なる。
その他の概念

以下は学術的な専門用語としてはあまり使われず、より噛み砕いた、あるいは曖昧な意味で用いられることがある。
除菌

除菌は、対象物から菌を除いて減らすことである。手を水で洗うことから、ろ過などにより菌を取り除くなど、様々な程度の範囲がある。対象や程度を含まない概念である。
抗菌

抗菌 (antimicrobial effect, antiseptic, antibacterial-) は、（細）菌の増殖を阻止することである。繁殖を阻止する対象や程度を含まない概念。経済産業省の定義では、対象を細菌のみとしている。そのため日本工業規格の抗菌仕様製品では、かび、黒ずみ、ヌメリは、効果の対象外になっている。JIS Z 2801
防カビ

防カビ (antimicrobial effect, anti-mould) は、真菌の増殖を阻止することである。繁殖を阻止する対象や程度を含まない概念であり、対象を真菌のみとしている点が異なる。数菌にのみ効果があるものから、数百種類に効果のあるものもあり、持続期間もメカニズムもまちまちである。ぎりぎりJIS規格（JIS Z 2911）レベルの数菌にのみ効果がある防カビ剤を一般住宅で用いても、発生するかびの種類が多いため、防止効果は期待できない。防カビ表示があってもカビが発生するのはこのためである。少なくとも建築物に発生する恐れのあるカビ全てに対応できるタイプでなければ、カビを防止することは出来ない。殺菌や除菌に用いる次亜塩素酸ナトリウムや消毒用エタノールは、直ちに殺菌効果がなくなるため、塗布しても継続的な防カビ効果は無い。
殺菌と相対する概念
静菌

静菌 (microbiostatic effect, bacteriostatic-) は、菌を殺さないがその増殖を止めること（低温保存、乾燥など）である。対象や程度を含まない概念である。
方法による分類

この項目では、殺菌の方法について解説する。ただし、消毒法・滅菌法などが混在して書かれているので注意が必要。上述したように殺菌と消毒は意味合いが異なるため、消毒法に限定した方法は消毒剤に別記している。該当項目を参照のこと。

殺菌する方法には、大きく分けて、物理的な方法によるものと、化学的な方法によるものがある。
物理的な方法
高温処理

高温処理することによって殺菌が可能である。微生物は有機物から構成されるため、特に水分存在下で加熱（湿熱）すると死滅しやすい。ただし、一部の細菌が作る芽胞は極めて耐熱性が高く、100℃で沸騰させても死なないため、滅菌する際には、100℃より高い温度を用いる必要がある。
焼却
（滅菌）有機物を完全に燃焼させる。最も確実な方法ではあるが、対象物も同時に喪失してしまうため、実用的とは言い難い。通常では伝染病の発生時に、病原微生物で汚染されたもの（衣服や紙や遺体など）を処分する目的で用いる。
火炎滅菌
ライター、ブンゼンバーナー、アルコールランプの火炎で対象物を直接加熱して滅菌する方法。微生物培養時の柄付きバリ、ピンセットなどに用いる。
乾熱滅菌
滅菌用のオーブンで180℃30分あるいは160℃2時間[1]加熱する。水分を含まない耐熱性の器具（金属製のメスやピンセット、ガラス製品）に対して用いる。
高温高圧滅菌（オートクレーブ）
オートクレーブと呼ばれる装置を用いて、飽和水蒸気中で121℃2気圧15分以上（通常20分）加熱する。湿熱で芽胞を死滅させるため、圧力を上げて100℃以上の温度にする。乾熱滅菌の高温には耐えられない樹脂製品器具やろ紙、本や書類、水分を含む培地などの滅菌に最も適している。逆に、濡れると都合の悪い器具には不向きである。また、対象物によっては、115℃1.7気圧30分以上の加熱でよい場合や、非常に病原性の高いもの（異常プリオン）に対しては、133℃3気圧で1時間も加熱する場合もある。
間欠滅菌
煮沸したあと一晩室温で放置して再び煮沸、さらにもう一晩放置後煮沸する方式。細菌の芽胞が、増殖に適した環境になると通常の菌体に戻ることを利用したもの。オートクレーブできない培地などに用いる。実施するには単純計算で3日かかるため、最近はあまり用いられていない。
水の煮沸
汚物などに接した水は、コレラ・腸チフス・赤痢などを引き起こす。また寄生虫の問題も引き起こす。それらを防ぐために、古代から水を一旦沸騰させてから飲む、ということが行われている。現代でも多くの地域で安全な飲料水が確保しづらく、そのような地域では飲用水は飲む前に一旦沸かすことが重要である。