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朱印船（しゅいんせん）は朱印状（徳川将軍の朱印の押した渡航許可状）を外交・携えて貿易を行った船のこと。

その始まりは豊臣秀吉からとされているが、制度が義務付けられていたという確証はなく、制度化されたのは徳川家康の時代からとされる。朱印船（荒木船）
朱印船制度の創設

関ヶ原の戦いで全国統一した徳川家康は海外交易に熱心な人物で、関ヶ原の戦いから約半年前の1600年4月に豊後の海岸に漂着したオランダ船の航海士ウィリアム・アダムスやヤン・ヨーステンらを外交顧問として採用し、ガレオン船を建造させたほどである。1601年以降、安南、スペイン領マニラ、カンボジア、シャム、パタニなどの東南アジア諸国に使者を派遣して外交関係を樹立し、1604年に朱印船制度を実施した。これ以後、1635年まで350隻以上の日本船が朱印状を得て海外に渡航した。

朱印船は必ず長崎から出航し、帰港するのも長崎であった。なお、明は日本船の来航を禁止していたので、（ポルトガル居留地マカオを除けば）朱印船渡航先とはならず、朝鮮との交易も対馬藩に一任されていたので、朱印状は発行されなかった。

家康の主目的は薫物（香道）の用材に使用する伽羅（奇楠香）の入手で、特に極上とされた伽羅の買い付けに絞っていた（『異国近年御書草案』）[1]。
朱印船渡航先17世紀初頭の朱印船貿易のルート[2]
安南
当時のベトナムの正統な王朝・黎朝を擁立していたハノイの鄭氏政権である。東京（トンキン）ともいう。
交趾
当時実質的に中部ベトナムを領有していたフエの阮氏政権（広南国）のこと。その主な交易港はホイアン（會安）及びダナンであった。
占城
ベトナム人勢力によって、現在のベトナム南部の一隅に押し込められていたチャンパ王国である。
暹羅
タイのアユタヤ王朝である。アユタヤには大きな日本人町が形成され、山田長政が活躍する。アユタヤからも交易船が長崎に来た。
柬埔寨
メコン河流域のウドンを首府とするカンボジア王国である。
太泥
マレー半島中部東海岸のマレー系パタニ王国である。当時は女王が支配し、南シナ海交易の要港であった。
呂宋
スペインの植民地ルソン島である。首府マニラが新大陸とのガレオン船貿易の要港で、中国船の来航も多かった。
高砂
当時ゼーランディア城を拠点にオランダが支配していた台湾である。台湾も中国商船との出会いの場であった。

いずれも赤道以北に限られていた。渡航先集計によると交趾（73回）で最も多く、暹羅（55回）、呂宋（54回）、安南（47回）と続く。
朱印船貿易家
商人
最も数が多く、記録に残る限り65名、さらに婦人2名、琉球出身者1名を数える。代表的な人物は京都の豪商である角倉了以、茶屋四郎次郎、大坂の末吉孫左衛門、長崎の末次平蔵らである。
大名
九州（亀井のみ山陰）の大名ら10名を数える。島津忠恒、松浦鎮信、有馬晴信、細川忠興、鍋島勝茂、加藤清正、亀井茲矩、五島玄雅、竹中重利、松倉重政らである。