本州アイヌ（ほんしゅうアイヌ）とは、かつて17世紀から19世紀頃の間に北海道から渡海し本州北部に居住していたアイヌ民族を指す。弘前藩（津軽藩）や盛岡藩（南部藩）などの文書から、江戸時代の時点で本州北端（現在の青森県）での居住が確認できる（文書には「狄」や「夷」[1]として登場する）。
前史「日本の古代東北経営」および「擦文時代」も参照
古代東国（東北地方・関東地方）の蝦夷（えみし）をアイヌまたはその祖先とする説があるが、「蝦夷」の定義が時代によって変動しているため断定できない[2]。現在の研究では、馬を飼う習慣の有無や言語間の大きな違いなどから「古代の蝦夷がアイヌそのものである」または「蝦夷の全てがアイヌの祖先である」とする説はほぼ否定されつつあり[3] [4]、蝦夷（えみし）はヤマトや現代の日本人に近かったとのDNA調査結果も出ている[5][6]。
山田秀三らによれば、仙台市付近以北（太平洋側）・秋田県以北（日本海側）には明らかにアイヌ語と解釈できる地名が分布し（アイヌ語#本州島の地名参照）、この地域については続縄文文化の後北式土器の分布と重なるとの指摘もある[7]。しかし八木光則氏は「後北C2・D式の分布とぺつ系地名を比較すると、強い相関関係は認められない。「続縄文」文化の濃密下北ー盛岡はとくにアイヌ語系地名の濃密な地域とはなっていない。またナイ地名が濃密な秋田県南部では後北C2・D式は出土していない。」と記している[8]。
東北縄文人の遺伝子は関東縄文人に比して北海道縄文人に近縁であるというデータもあるが[9]、ミトコンドリアDNAでは日本列島現代人の中でアイヌが最も高い頻度で表れるハプログループ Y1 の遺伝子型が北海道、東北の縄文人には全然見られないことと、縄文人とアイヌとの間に1500年間の空白期間があることから本州北部の先住民とアイヌの関連性は殆どない[10]。さらにそれを裏付けるようにY染色体ハプログループにおいてもニヴフ、ウィルタなど北方民族グループに多く含まれアイヌの特徴をも代表するC3(現在はC2-M217)がアイヌ自身に１３%あるのに対して、アイヌ地名が少ない九州がアイヌに次いで８%、徳島は３%、静岡と東京は２%、アイヌ語地名が多いとされる青森は０％となっている[11]。
アイヌ式遺跡・遺構は13世紀の鎌倉時代後期（北海道のアイヌ文化期）から北海道の北部から東部、そして道央に現れはじめ、元朝の衰退に伴って14世紀には再び南樺太まで進出していくが、和人地を含む道南に見られるようになるのは15世紀のコシャマインの戦い以降であり、本州にまでアイヌ式遺跡・遺構は至っていない。室町時代の日本の城跡からまれにアイヌが所有していた陶磁器などの遺物はでることはあるが、基本的に本州においては今現在までアイヌの遺跡・遺構は出土していない[12][13]。
中世「渡党」も参照
中世においては、津軽海峡を挟んだ蝦夷地と津軽半島・下北半島の間で交流が盛んに行われ、特に津軽半島北西部の十三湊は交易拠点として栄えた。海峡を挟んでの交易はその後も松前藩が商場知行制で自由交易を制限するまで活発であったと推定され、『津軽一統志』によると石狩アイヌの首長ハウカセが「我々先祖は高岡（弘前の旧称）へ参、商仕候」（我々の先祖は高岡へ参って商いをしていた）と述べたという[14]。
南部町にある三戸南部氏の居館聖寿寺館跡からは、「シロシ」と呼ばれる刻印の入った陶磁器やクマの犬歯を加工した装飾品など、様々な中世アイヌ文化特有の出土品が見つかっており、居館内で和人と交易相手（もしくは傭兵や使用人）[15] のアイヌが長期間共生していた可能性が指摘されている[16]。 戦国時代末期、鼻和郡各地で大浦氏（のちの津軽氏）とアイヌの間で「蝦夷荒（えぞあれ）」と呼ばれる抗争があった（『津軽?覧日記』）ほか、1581年（天正9年）に中村（現・鯵ヶ沢町）で「狄蜂起」を鎮圧し（『由緒書抜 上』）、同時期に喜良市村（現・金木町）で「狄之酋長」を討ち取った（『由緒書抜御目見以下之面々』）との記録がある[17]。この「狄之酋長」らは浪岡北畠氏の配下にあった飯詰朝日氏が北海道から招き雇い入れたアイヌ傭兵であり、これらアイヌ傭兵は朝日氏の家臣として他の和人の家臣と同等の扱いだったとされている[18]。
近世津軽