未来に残したい漁業漁村の歴史文化財産百選（みらいにのこしたいぎょぎょうぎょそんのれきしぶんかざいさんひゃくせん、漁村歴史文化財産百選）とは、水産庁が2006年（平成18年）2月17日に発表した百選。

全国の漁村に残る歴史的・文化的に価値の高い施設や史跡などの文化遺産を公募により募集し、応募のあった350件から、地域固有の漁業文化や珍しい建築工法や形状などを基準として選定委員会により選定したもの。

以下にその百選を列記する。
北海道

鰊漁場建築

旧花田家番屋（留萌郡小平町）

旧留萌佐賀家漁場（留萌市）

石狩市はまます郷土資料館（石狩市）

小樽市鰊御殿（旧田中家番屋）（小樽市）

旧余市福原漁場（余市郡余市町）

鰊御殿とまり（旧川村家番屋、旧武井邸客殿）（古宇郡泊村）

鰊御殿（寿都郡寿都町）


旧下ヨイチ運上家（余市町）

袋澗（島牧郡島牧村）

横山家（檜山郡江差町）

石崎漁港トンネル航路（檜山郡上ノ国町）

函館漁港船入澗防波堤（函館市）

東北

津軽海峡及び周辺地域のムダマハギ型漁船コレクション67隻（青森県青森市）

漁撈用具と浜小屋（青森県八戸市）

机浜漁村番屋群（岩手県下閉伊郡田野畑村）

三陸津波伝承施設

田老防潮堤（岩手県宮古市）

両石津波記念碑（岩手県釜石市）


根岬はしご虎舞と黒崎神社（岩手県陸前高田市）

みなと祭りと御座船（宮城県塩竈市）

由利海岸波除石垣（秋田県にかほ市）

十六羅漢岩（山形県飽海郡遊佐町）

松川浦の浦口（福島県相馬市）

関東

常陸大津の常陸大津の御船祭と祭事船（茨城県北茨城市）

帆びき船（茨城県土浦市、かすみがうら市、行方市、潮来市）

山本家住宅（茨城県神栖市）

銚子漁業開拓の歴史

川口神社（千葉県銚子市）

千人塚（千葉県銚子市）

外川漁村（千葉県銚子市）


岩船地蔵尊（千葉県いすみ市）

南房総捕鯨伝承施設

和田浦捕鯨体処理場（千葉県安房郡和田町）

長性寺ほか（千葉県安房郡千倉町）

醍醐新兵衛墓所、鯨塚ほか（千葉県安房郡鋸南町）


船橋大神宮灯明台（千葉県船橋市）

江戸東京漁業ゆかりの地、佃島・日本橋・築地（東京都中央区）