一般財団法人日本鯨類研究所（にほんげいるいけんきゅうしょ、略称：日鯨研）は、水産資源の適切な管理・利用を目的にクジラなどの国際調査を行う法人。1941年に民間研究機関、中部科学研究所として設立され、1987年に財団法人日本鯨類研究所となった。2013年には、一般財団法人日本鯨類研究所に移行した。旧所管官庁は、水産庁。南極海や北西太平洋で調査捕鯨を実施している。2010年9月末時点の職員数は34人。本部は東京都中央区。
概要
設立目的

鯨類を主とした海産哺乳類の調査研究と鯨類を主とした海産哺乳類に係る国際情勢に関する調査などを行うことにより、水産資源の適切な管理・利用に寄与すること。
事業

鯨類その他の海産哺乳類に関する調査及び研究

鯨類その他の海産哺乳類に関する資料の収集及び提供

鯨類その他の海産哺乳類に係る国際情勢に関する調査及び情報収集並びに提供

捕鯨に関する社会経済及び法学的研究

その他、本研究所の目的を達成するために必要な事業

所在地

本所 : 東京都中央区豊海町4番5号 豊海振興ビル5階

図書室 : 本所に併設　現在資料整理の為無期限休館中

鮎川実験場 : 宮城県石巻市鮎川浜字南68番地　　2011/3/11の東日本大震災において高さ7メートル以上の津波に襲われ施設及び保管されていたDNA資料他を喪失し機能停止中

2021年までにグリーンピア南紀跡地に移転予定
沿革

1942年（昭和17年）4月 - 中部幾次郎（林兼商店・マルハ創業者）が鯨油の化学研究を行う中部科学研究所（中央区月島西河岸通12丁目4）を設立。所長・丸山勉。[1]

1945年10月1日 - 林兼水産工業株式会社の研究部門となる。[1]

1947年（昭和22年）9月1日 - 財団法人鯨類研究所の設立。[1]

1959年（昭和34年）12月 財団法人日本捕鯨協会・鯨類研究所となる。[1]

1965年8月 - 江東区深川越中島1丁目3-1に移転。[1]

1982年11月 - 江東区大島3丁目32-11に移転。[2]

1987年（昭和62年）10月 - 財団法人日本捕鯨協会の解散に伴い財団法人日本鯨類研究所設立。[1]

1989年 - 中央区豊海町4-18に移転。

2001年10月 - 中央区豊海町4-5に移転。[3]

2013年（平成25年）- 一般財団法人日本鯨類研究所へ移行。

歴代所長・理事長
丸山勉(1942-)

大村秀雄(1954-)

池田郁夫(1987-)

長崎福三(1991-)

大隅清治(1995-)

畑中寛(2004-)

藤瀬良弘(2010-)

調査捕鯨「捕鯨#調査捕鯨」も参照

国際捕鯨取締条約（昭和26年条約第2号）第8条第1項には、締約政府が適当と認める制限・条件に従って、自国民が科学的研究目的で鯨を捕殺・処理することを認可する特別許可書を与えることができる旨の規定がある。日本はこの条約の規定に従い、政府が一般財団法人日本鯨類研究所に特別許可書を与え、水産庁委託事業として調査捕鯨を行なっている。実際には、科学調査は一般財団法人日本鯨類研究所が行い、捕鯨業務は共同船舶株式会社が行なっている。

調査対象は、南極海ではクロミンククジラ、ナガスクジラ、ザトウクジラ、北西太平洋ではミンククジラ、イワシクジラ、ニタリクジラ、マッコウクジラとなっている[4]。
反捕鯨団体との対立

反捕鯨団体は、日本鯨類研究所および共同船舶の調査捕鯨に対し、様々な方法で批判・妨害を繰り返している。当初はグリーンピース、近年ではより過激なシー・シェパードによる妨害行為への対策には、数億円規模での費用が計上され、2012年には震災復興費用から5億円が割り当てられている（後述）。
シー・シェパード

2007年（平成19年）2月9日に、日本鯨類研究所が派遣した日本の調査捕鯨母船「日新丸」に対して船2隻で接近し化学薬品（酪酸）入りの瓶を投げ付け船員を負傷させるなどの妨害行為を行なった環境保護団体シー・シェパードに対して、「環境保護団体ではなくテロリストだ」と激しく非難した。

2010年3月12日、海上保安庁はシー・シェパードの抗議船アディ・ギル号の元船長を艦船侵入罪・傷害罪・威力業務妨害罪・器物損壊罪・銃砲刀剣類所持等取締法（銃刀法）違反の容疑で逮捕、同年4月2日、東京地方検察庁が東京地方裁判所に起訴した。

また、この妨害の様子は同研究所の公式サイトより、条件付きコピーレフトで報道機関向けに一般公開されている[5]。
グリーンピース

2008年5月15日、環境保護団体・グリーンピース・ジャパンが調査捕鯨船乗組員を業務上横領の疑いで東京地検に告発し、農林水産省などに対して日本鯨類研究所や共同船舶による調査捕鯨の停止を求めた。