日本基督教会同盟（にほんきりすときょうかいどうめい）は、1912年(明治45年)に福音同盟に代わって結成されたプロテスタントの超教派組織である。
1909年(明治42年)の宣教開始50年記念会の祝賀感謝会を通して各教派の協調機運が盛り上がってきたので、日本基督教会同盟が結成された。この同盟の創設には、諸教派の交流、協同事業の経営、全キリスト教の関心事を代表して処置にあたるという三つの明確な目的があった。
1910年(明治43年)にエキュメニカル運動の出発点になった英国のエディンバラの世界宣教大会に日本基督教会代表で本多庸一と井深梶之助らが出席した。大会の議長であった、J・R・モットが1913年(大正2年)来日して、世界宣教大会の日本継続委員会を形成して、ミッション(外国の宣教団体)と日本基督教会同盟の包括的連絡機関が形作られた。
このような、国際的な支援の下に井深梶之助、植村正久、宮川経輝らを指導者として1913年(大正2年)から1916年(大正5年)まで全国協同伝道が行われた。
1922年(大正11年)5月に日本基督教連盟設立が宣言され、人材と組織は後身の日本基督教連盟に引き継がれる。この日本基督教連盟が1941年(昭和16年)6月の日本基督教団設立に大きく関わっていく。
加盟団体
日本基督教会
日本組合基督教会
日本メソヂスト教会
日本福音教会
日本クリスチャン教会
日本美普教会
日本同胞教会
ヤジロウ - ザビエル来日（1549年）- 鹿児島のベルナルド- 籠手田安経 - ロレンソ了斎 - 大内義隆 - キリシタン大名 - 大村純忠 - 有馬晴信 - 高山右近 - 大友義鎮 - 細川ガラシャ - 天正遣欧少年使節（1582年） - バテレン追放令（1587年） - サン＝フェリペ号事件（1596年） - 日本二十六聖人（1597年） - キリシタン版 - ドチリナ・キリシタン
江戸時代
慶長遣欧使節（1613年） - 禁教令（1612年・1613年） - 元和の大殉教（1622年） - 聖トマス西と15殉教者（1633年 - 1637年） - 八重山キリシタン事件（1634年） - 島原の乱（1637年） - 郡崩れ（1657年） - 豊後崩れ（1660年） - 濃尾崩れ（1661年） - 浦上一番崩れ（1790年） - 天草崩れ（1805年） - 浦上二番崩れ（1842年） - 浦上三番崩れ（1856年） - 隠れキリシタン - 転びキリシタン - 踏み絵 - 宗門改
幕末・明治時代
ベルナール・プティジャン - 大浦天主堂 - 浦上四番崩れ（1867年） - 津和野・乙女峠の殉教者 - 高木仙右衛門 - 五島崩れ（1868年）
大正・昭和初期
上智大生靖国神社参拝拒否事件（1932年） - 奄美カトリック迫害（1933年） - 祖国に対する信者のつとめ（1936年）
戦後
ヨハネ・パウロ2世来日（1981年） - フランシスコ来日（2019年）
プロテスタント
（主流派）
横浜バンド（1859年） - 日本基督公会（1872年） - 横浜宣教師会議（1872年） - 熊本バンド（1876年） - 札幌バンド（1876年） - 日本基督一致教会（1877年） - 第一回大親睦会（1878年） - 東京青年会（1880年） - リバイバル（1883年） - 大阪宣教師会議（1883年） - 第三回大親睦会（1883年） - 福音同盟会（1885年） - 明治元訳聖書（1887年） - インブリー事件（1890年） - 内村鑑三不敬事件（1891年） - 日本の花嫁事件（1893年） - 東京宣教師会議（1900年） - 二十世紀大挙伝道（1901年） - 共通讃美歌（1903年） - 宣教開始50年記念会（1909年） - エディンバラ会議（1910年）
大正・昭和初期
三教会同（1912年） - 日本基督教会同盟（1912年） - 全国協同伝道（1914年 - 1917年） - 日本基督教連盟（1923年） - 神の国運動（1930年 - 1935年） - 神棚事件（1935年） - 基督教信徒大会（1940年） - 日本基督教団（1941年） - 感謝状（1941年） - 大東亜共栄圏への書翰（1944年）
戦後
NCC（1948年） - ラクーア伝道（1954年 - 1960年） - 戦責告白（1967年） - 反万博闘争（1970年） - 日本プロテスタント宣教150周年（2009年）
プロテスタント
（福音派）