日本在来馬（にほんざいらいば）は、日本の在来馬、すなわち、洋種馬等の外来の馬種とほとんど交雑することなく残ってきた日本固有の馬、及び、その馬種の総称である。

日本では単に在来馬と言うことも多く、また、和種馬、在来和種（馬）とも呼ばれる。また、その馬種を日本在来種・日本在来馬種、その馬を日本在来種馬と言うこともある。

現存のものは8品種に分かれるが、その多くは個体数がたいへん少なく、絶滅が危ぶまれている。また、南部馬、三河馬等、中・大型日本在来馬の多くは近代化の過程で絶滅した。（日本）在来家畜の1つである。
起源・歴史北海道和種（道産子）

日本在来馬の起源は、古墳時代に、モンゴル高原から朝鮮半島を経由し国内へ導入された蒙古系家畜馬（モウコウマ）と考えられている[1][2]。国家方針として、朝鮮半島勢力の協力の下、軍馬・家畜馬として導入した。

朝鮮半島からの馬の移送は対馬海峡を渡って対馬へ船で運び、そこから玄界灘を渡って九州本土へ船で運んだ。馬の移送は難度が高く、対馬は重要な中継拠点だった。

競走馬理化学研究所とネブラスカ大学などのチームが日本在来馬8品種と世界の32品種のDNAを比較し、日本在来馬は、モンゴル在来馬の祖先が対馬を経由して輸入され、全国に広がった事がわかった。まず対州馬と野間馬が分岐し、ここから木曽馬や北海道和種馬の北上するグループと、御�ｱ馬やトカラ馬など南下するグループに分かれ、南下グループは南西諸島経由で与那国馬まで至ったという（2020年アニマル・ジェネティクス掲載）[3]。

福岡県の津屋崎町にある渡半島には「神代に放ち給うた馬の牧跡」の言い伝えがあり、現在でも牧の大明神の祠が残っている。半島や岬などの地形は、潮風により牧草に塩分が含まれ、馬の飼育に適しており、対馬より馬を陸揚げし、渡半島の山に放牧して調教し、日本各地に積み出した[4][5]。馬骨や馬歯、馬具が考古遺跡から出土するのが古墳時代以降であり、大陸から九州に移入されたものと思われる。

これが全国に拡散していき、現在の甲信越地方（山梨県の塩部遺跡からは日本最古級（古墳時代前期後半・4世紀後半・古墳時代前期第3四半世紀）のウマの馬歯が発見されている[6]）、関東地方、東北地方の蝦夷との交易などにより、急速に本州東北地方へまで広がり[7]、日本は産馬の地となった。

関東地方（現在の群馬県など）も放牧に適していたと思われ、同時代に渡来した牛と共に出土数が多い。出土骨の形態は、牛では在来牛である見島牛や口之島牛のものに似ており、また、馬では御崎馬やトカラ馬に類似し、推定体高は128cm前後で、中型馬に属するものが多いが、小型馬も含まれている。

馬具の出土数は九州地方が最多で、祭祀用に用いられたと思われる土馬は近畿地方に多く、埴輪馬では関東地方が最多となっている[8]。
文献上の記録

『日本書紀』雄略天皇13年(469年)九月の歌に「農播?磨能 柯彼能矩盧古磨 矩羅枳制播 伊能致志儺磨志 柯彼能倶盧古磨」(ぬばたまの かいのくろこま くらきせば いのちしなまし かいのくろこま=ぬばたまの(黒の枕詞)甲斐の黒駒に鞍を着せていたら、間に合わず命がなかっただろう あぁ甲斐の黒駒よ)とある。

流鏑馬の起源とされる、6世紀中頃(552年)に欽明天皇が国の内外の戦乱を治めるため、九州豊前の宇佐の地において、神功皇后・応神天皇を祀り「天下平定・五穀豊穣」を祈願し、最も騎射に長じた者に馬上から三つの的を射させた。という事から、この頃には騎馬技術や騎射技術が普及していたものと思われる。

『日本書紀』欽明天皇15年（554年）、百済が朝廷と会談して、援軍千人、馬百匹、船四十隻派遣の約束をした記事があり、6世紀中頃にもなると馬を軍事的に海外へ輸出する状況もあった。

『日本書紀』推古天皇20年(612年)正月7日条には、「宇摩奈羅麼 譬武伽能古摩」(うまならばひむかのこま=馬ならば日向(南九州地域)の馬)[9]とある。