この項目では、日本国内で常用的にJR貨物が鉄道輸送を担っている公認登録のコンテナ輸送のみについて説明しています。

輸送の都度に臨時のコンテナ形式が付与されるJR貨物非公認の「国際的なISOコンテナ」については「日本のコンテナ輸送#鉄道輸送」をご覧ください。

世界を基準とした国際貨物輸送用については「海上コンテナ」をご覧ください。

JR貨物公認の民間登録用コンテナについては「鉄道私有コンテナ」をご覧ください。

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日本フレートライナーの30ftコンテナ日本の鉄道コンテナで一般的な 12 ftコンテナと、20 ft形ISOタンクコンテナとの積み合わせ輸送風景。　（東海道本線・大磯 ? 二宮間）貨物ターミナルで荷卸しされる宅配小荷物用、31 ft形通風コンテナ。　（西岡山駅にて撮影）

日本の鉄道コンテナ（にほんのてつどうコンテナ）は、大きく分けていわゆる国際海上コンテナ輸送用の「ISOコンテナ」、内航コンテナ輸送用の「JIS Z1610 国内貨物用コンテナ」、および鉄道コンテナ登録の大多数を占める「JR貨物独自のサイズ」とに分けられる。これらは鉄道貨物輸送を担うJR貨物が全てのコンテナ個々に、専用形式 ＋ 本体番号からなる「管理番号」を付して登録管理[注 1]している（#所有者を参照）。

大きさは、国鉄時代より長らく荷主の扱いやすいサイズとして主に長さ12 ft・5 t積みのコンテナが継続して使用されてきたが、輸送実態や荷主の要望・JR貨物自ら輸送改善を図る目的で種々のサイズのほか、積荷の荷役効率化に合わせた特殊な構造などを有した、多種多彩なコンテナが開発された。また一部では20 ftのISOコンテナのみならず、40 ftサイズの海上コンテナを直接運ぶケースもある（ISOコンテナの国内輸送を参照）。さらに従来からのタンク車輸送から移行した20 ftのISOコンテナ輸送は（#歴史）を参照。

特記事項として、試験的にJR貨物独自の特別なサイズのコンテナをコンテナ車とセットで製作した例もある（JR貨物15 ftコンテナおよび、30 ftカーラック・コンテナなど）。ただし、既存のコンテナ流通との連帯性（JR貨物15 ftコンテナ例）や、一度は数年間に渡り安定輸送の軌道に乗ったもののその後の需要激減（30 ftカーラック・コンテナ例）など、諸事情により中止されてしまった。

なお、本文中で使用する空バン（からバン）および空コンテナ、空コンの表記は、コンテナの中には貨物など内容物が一切無い、文字通り空っぽのコンテナのことを指し、また廃バン（はいバン）および廃コンテナ、廃コンの表記は、経年劣化で耐用年数が過ぎたり、風雨や塩害・事故等、何らかの理由で物理的にコンテナが使用不能となり、廃棄されるまたは、廃棄されたコンテナを指す略語である。.mw-parser-output .toclimit-2 .toclevel-1 ul,.mw-parser-output .toclimit-3 .toclevel-2 ul,.mw-parser-output .toclimit-4 .toclevel-3 ul,.mw-parser-output .toclimit-5 .toclevel-4 ul,.mw-parser-output .toclimit-6 .toclevel-5 ul,.mw-parser-output .toclimit-7 .toclevel-6 ul{display:none}
統計鉄道会社別の輸送トン数については「鉄道貨物輸送#日本」を参照

国交省が2021年（令和3）に行なった出荷事業所への調査によれば、貨物輸送における鉄道コンテナのシェアは、0.56 %（2021年。トン単位）であった[1]。なお車両扱鉄道輸送では0.76 %（2021年）である[1]。また鉄道コンテナにおける平均流動ロットは4.1トン/件であった（12 ft鉄道コンテナの積載量は5トン）[1]。

輸送単価[注 2]については、鉄道コンテナはほとんどの場合、航空運送、宅配便などの混載便、一車貸切・トレーラより輸送単価が低いものであった[1]。
歴史日本で最初に登場したコンテナ列車、特急貨物列車たから号（1960年ごろ）国鉄コンテナ列車（1966年ごろ）

日本の鉄道コンテナは、戦前の1931年に試作された1 t積みの｢イ号コンテナ｣に始まるが、戦時中の金属供出によって全廃された[2]。そして戦後、トラック輸送に対抗すべく3 t積み3000形コンテナ、5 t積み5000形コンテナの試作・試験輸送を経て1959年11月から、正式にコンテナ専用列車「たから号」として汐留 - 梅田間で、5000形など数種類の10 ft形、5 t積みコンテナを積載して運用を開始した[3]。この10 ftの5 t積みコンテナが荷主にとって、取引単位や大きさなどからも非常に扱いやすいサイズであったため、このサイズをもとに日本のコンテナ貨物は、現在の主流である12 ftサイズへと拡充していくこととなる。

一方で、鉄道貨物輸送開始当初より伝統的に続けられていた「ヤード集結型輸送[注 3]」の貨車輸送は戦後、日本の高度成長時代に伸び続けた。しかし、現代では当たり前の『荷物がいつごろ届く』という予定が、輸送途中での貨車を何度も切り離しては組み替えて、再輸送するヤード集結輸送方式ではほぼ掴めず、到着間際にやっとわかる程度の致命的な欠陥を抱えていた[4]。このような輸送効率の悪い状況下でも国鉄貨物の輸送量が増え続けて、ついに1964年をピークに輸送限界に達し、その影響によりさらに輸送遅延がひどくなった。また当時はトラックなどのほかの輸送方法も手薄だった事もかさなり、国鉄は抜本的な輸送改革を求められ続けた。しかし1964年度に赤字に転落した後、累積赤字や度重なる労働争議の影響で輸送改革は思うように進まず、その後の日本初の高速道路として名神高速道路が1965年（昭和40年）7月1日付けで全線開通を皮切りに、相次ぐ高速道路の開通や地方までの主要道路網の整備が進み、急速に輸送日数も早くまた配達日程が分りやすいトラックに輸送シェアを奪われていった。一方で国鉄という特殊な法人体質による危機管理意識の希薄な体質も相まり、これらの致命的な物流環境の激変に対応しきれず、鉄道での貨物輸送量は年々激減し、一方で固定費の削減できないヤード式輸送の赤字は膨らむ一方の悪循環に陥っていた[4]。

その結果、ついに抜本的な対策として貨物列車の大整理にあわせて「ヤード集結型輸送」を廃止し、多くの貨物駅を拠点となる大型貨物駅に集約してコンテナ貨物列車や、一部の物資別適合輸送[注 4]による発送から到着までを、途中で貨車の組み替えする事無く「直行型輸送[注 5]」に一斉に切り替えた[4]。「日本の貨車操車場#ヤード継走式輸送の衰退」も参照