日本の秘境100選（にほんのひきょうひゃくせん）は、1989年（平成元年）にJTBが雑誌「旅」の9月号が創刊750号目を迎えるのを記念して開いたシンポジウムにおいて、岡田喜秋、C・W・ニコル、立松和平、辺見じゅん、椎名誠、野田知佑によって、「いま 日本の秘境100選」として選定されたもの[1]。
日本の秘境100選一覧

002 大雪山006 細岡展望台から見た釧路湿原（2008年9月）018 雄国沼湿原022 白神山地028 秋山郷029 遠山郷
（日本のチロル・下栗の里）043 青ヶ島045 黒部峡谷047 白山054 旧板取宿・木ノ芽峠061 熊野古道 大門坂067 古座川（古座峡）072 国賀海岸摩天崖073 島根半島北岸079 大堂海岸084 厳島神社大鳥居085 高千穂峡 真名井の滝099 与那国島100 硫黄島硫黄岳

北海道エリア

No.地名県名
001礼文島北海道
002大雪山北海道
003北オホーツク海岸北海道
004知床北海道
005野付半島北海道
006釧路湿原北海道
007然別湖・東雲湖北海道
008渡島半島北西岸北海道
009サロベツ原野北海道
010オンネトー北海道
011積丹半島西岸北海道

東北エリア

No.地名県名
012八甲田山青森県
013下北半島/恐山・仏ヶ浦青森県
014津軽半島西岸青森県
015八幡平・乳頭温泉郷秋田県・岩手県
016出羽三山山形県
017檜枝岐・野岩鉄道沿線福島県・栃木県
018裏磐梯・雄国沼福島県
019遠野盆地岩手県
020内間木洞岩手県
021重茂半島岩手県
022十二湖・白神山地青森県
023飛島山形県
024笹谷峠宮城県・山形県

関東・甲信越エリア

No.地名県名
025小笠原東京都
026上高地長野県
027佐渡・外海府新潟県
028秋山郷長野県・新潟県
029遠山郷長野県
030青木ヶ原樹海山梨県
031尾瀬群馬県・新潟県・福島県
032奥鬼怒栃木県
033西沢渓谷山梨県
034大菩薩峠山梨県
035上路の里新潟県
036木曽路長野県
037奥裾花長野県
038鍋倉山長野県・新潟県
039奥日光栃木県・群馬県
040足尾銅山跡栃木県
041奥那須栃木県
042奥秩父/両神山埼玉県
043青ヶ島東京都
044奥久慈茨城県

東海・北陸エリア

No.地名県名
045黒部峡谷富山県
046能登外浦海岸石川県
047白山北麓石川県
048五箇山・白川郷富山県・岐阜県
049寸又峡・大井川源流静岡県