日本の独立行政法人一覧（にほんのどくりつぎょうせいほうじんいちらん）は、日本の独立行政法人を列挙した一覧である。

日本の独立行政法人には、中期目標管理法人、国立研究開発法人、行政執行法人の3種類がある。行政執行法人の役員・職員は国家公務員である。
一覧

以下は、2020年4月1日現在で存在する、87の独立行政法人の一覧である。このうち、53は中期目標管理法人、27は国立研究開発法人、7は行政執行法人である。

名称冒頭の「独立行政法人」、「国立研究開発法人」は省略している。なお、末尾に法人格のつく年金積立金管理運用独立行政法人は省略していない。

種別の欄は、記載なしが中期目標管理法人、「国」が国立研究開発法人、「行」が行政執行法人である。

国庫からの運営交付金欄に金額が書かれていないものは、国から運営費として資金の交付を受けていない。これら独法は各組織独自の収入源を元に資金運営がなされている（いわゆる独立採算制）。ただし、この場合でも、国が業務を発注することにより支出がされる場合がある。例えば造幣局に対する貨幣の製造依頼などである。また予算において、運営費として計上されているほかに、施設整備費が計上される場合、大学入試センターは、運営費としては予算計上がないが、大学改革等推進補助金を受けている場合や住宅金融支援機構に対し業務に対する補助金支出があるがこれらは含めていない。なお、日本医療研究開発機構は、内閣府所管であるが、運営費は文部科学省予算に計上されている。多くは一般会計予算[注釈 1]であるが、特別会計予算に計上されているもの[注釈 2]もある。データ出所　令和2年度一般会計予算[1]令和2年度特別会計予算[2]

所管名称種別国庫からの運営交付金
（2020年当初予算）公式サイト
内閣府国立公文書館行23億6,501万9千円https://www.archives.go.jp/
内閣府北方領土問題対策協会-13億3,312万9千円https://www.hoppou.go.jp/
内閣府日本医療研究開発機構国59億2,493万1千円https://www.amed.go.jp/
消費者庁国民生活センター-31億2,034万3千円https://www.kokusen.go.jp/
総務省情報通信研究機構国279億4,000万円https://www.nict.go.jp/
総務省統計センター行86億3,651万3千円https://www.nstac.go.jp/
総務省郵便貯金簡易生命保険管理・郵便局ネットワーク支援機構--https://www.yuchokampo.go.jp/
外務省国際協力機構-1510億6,481万6千円https://www.jica.go.jp/
外務省国際交流基金-126億7,219万2千円https://www.jpf.go.jp/
財務省酒類総合研究所-9億6,499万6千円https://www.nrib.go.jp/
財務省造幣局行-https://www.mint.go.jp/
財務省国立印刷局行- ⇒http://www.npb.go.jp/
文部科学省国立特別支援教育総合研究所-11億279万6千円https://www.nise.go.jp/
文部科学省大学入試センター--https://www.dnc.ac.jp/
文部科学省国立青少年教育振興機構-85億7,107万9千円https://www.niye.go.jp/
文部科学省国立女性教育会館-5億2,534万円https://www.nwec.jp/
文部科学省国立科学博物館-27億3,175万9千円https://www.kahaku.go.jp/
文部科学省物質・材料研究機構国137億8,727万2千円https://www.nims.go.jp/
文部科学省防災科学技術研究所国76億897万6千円https://www.bosai.go.jp/
文部科学省量子科学技術研究開発機構国218億7,005万2千円 ⇒http://www.qst.go.jp/