日本の湖沼一覧（にほんのこしょういちらん）は、日本国内の天然水面からなる湖沼の一覧である。湖沼の名称や呼称は地域性や歴史的経緯により異なっており、「-湖」、「-池」、「-沼」、「-潟」、「-浦」、「-淵」、「-海」、「-トー」などがある。

ダムなどによる人造湖（ダム湖）は、「日本の人造湖一覧」を参照。

面積順に列挙した一覧については、「日本の湖沼の面積順の一覧」を参照。[1]

各都道府県ごとに五十音順に列挙している。

北海道地方

湖沼よみがな都道府県成因面積
（km2）最大水深
（m）貯水量
（km3）備考
阿寒湖あかんこ北海道火山13.2545.00.249二級河川・阿寒川水系。
厚岸湖あっけしこ北海道海跡32.3111.00.0486
網走湖あばしりこ北海道海跡32.2816.80.20一級河川・網走川水系。
育素多沼いくそたぬま北海道河跡0.18--
一菱内湖いちびしないこ北海道2.96北方領土・国後島にある。
ウトナイ湖うとないこ北海道海跡2.101.50.00154二級河川・安平川水系。
得茂別湖うるもんべつこ北海道5.80北方領土・択捉島にある。
生花苗沼おいかまないぬま北海道海跡1.543.60.0026
大沼おおぬま北海道海跡4.672.20.00778二級河川・声問川水系。稚内市にある。
大沼おおぬま北海道火山5.3113.60.03二級河川・折戸川水系。七飯町にある。
大湯沼おおゆぬま北海道火山0.1822-二級河川・登別川水系。登別温泉郷にある。
大湯沼おおゆぬま北海道火山0.0440-一級河川・尻別川水系。ニセコ湯本温泉郷にある。
オコタンペ湖おこたんぺこ北海道火山0.520-一級河川・石狩川水系。北海道三大秘湖。
温根沼おんねとう北海道海跡5.727.00.0066根室市、根室半島西部にある。
オンネトーおんねとー北海道火山0.239.80.0007一級河川・十勝川水系。足寄町にある。北海道三大秘湖。
オンネ沼おんねぬま
おんねとう北海道海跡0.47--根室市、根室半島中部にある。
カムイト沼かむいとぬま北海道海跡0.195.2-二級河川・猿払川水系。
キモントウ小沼きもんとうこぬま北海道その他0.04--
キモントウ沼きもんとうぬま北海道その他0.46--
キモン沼きもんぬま北海道1.01北方領土・択捉島にある。
キモンマ沼きもんまぬま北海道1.44北方領土・択捉島にある。
久種湖くしゅこ北海道堰止0.495.20.00172日本最北端の湖。
屈斜路湖くっしゃろこ北海道火山79.54117.02.25一級河川・釧路川水系。面積は日本で6番目に広い。周囲は日本で6番目に長い。
倶多楽湖くったらこ北海道火山4.701480.491日本で透明度は摩周湖に劣らず。
クッチャロ湖くっちゃろこ北海道海跡13.403.30.014大沼（おおぬま）と小沼（こぬま）の二水域からなる。二級河川・頓別川水系。
ケラムイ湖けらむいこ北海道1.67北方領土・国後島にある。
小沼こぬま北海道火山3.815.00.008二級河川・折戸川水系。七飯町にあり大沼に隣接する。
駒止湖こまどめこ北海道-0.025.00.00006
コムケ湖こむけこ北海道海跡4.843.80.007
佐々田沼ささだぬま北海道河跡0.8--北海道の形をした沼
サロマ湖さろまこ北海道海跡151.5919.61.3面積は日本で3番目に広い。周囲は日本で5番目に長い。二級河川・佐呂間別川水系。
然別湖しかりべつこ北海道火山3.591080.193北海道で最も標高が高い。一級河川・十勝川水系。
支笏湖しこつこ北海道火山78.48363.020.9一級河川・石狩川水系。

面積は日本で8番目に広く、水深・貯水量ともに2番目。
東雲湖しののめこ北海道火山0.042.0-別名「東小沼（ひがしこぬま）」。北海道三大秘湖。
シブノツナイ湖しぶのつないこ北海道海跡2.633.00.00276信部内湖とも。
蘂取沼しべとろぬま北海道2.83北方領土・択捉島にある。
紗那沼しゃなぬま北海道1.01北方領土・択捉島にある。
シュンクシタカラ湖しゅんくしたからこ北海道不明0.11--日本で最後に発見された湖。
蓴菜沼じゅんさいぬま北海道火山0.734.60.002二級河川・折戸川水系。七飯町、大沼の西方にある。
シラルトロ沼しらるとろぬま北海道海跡1.722.30.00267一級河川・釧路川水系。
知床五湖しれとこごこ北海道火山---一湖、二湖、三湖、四湖、五湖からなる湖沼群の総称。
知床沼しれとこぬま北海道-0.038--古くは知床池とも。
神仙沼しんせんぬま北海道高層湿原0.01192.0-数あるニセコ山系の沼の中で最も美しい沼と称される。
達古武湖たっこぶこ北海道海跡1.313.00.0026一級河川・釧路川水系。
チミケップ湖ちみけっぷこ北海道その他1.0521.30.0143崖崩れによる堰止湖。
長節湖ちょうぶしこ北海道海跡1.122.0-十勝総合振興局管内。
長節湖ちょうぼしこ[2]北海道海跡0.417.10.0011長節沼とも。根室振興局管内。
チョマトーちょまとー北海道----
濤沸湖とうふつこ北海道海跡8.192.50.00996二級河川・浦士別川水系。
東沸湖とうふつこ北海道8.13北方領土・国後島にある。
洞爺湖とうやこ北海道火山70.72180.08.19二級河川・長流川水系。面積は日本で9番目に広い。
塘路湖とうろこ北海道海跡6.277.00.02一級河川・釧路川水系。
トウロ沼とうろぬま北海道1.38北方領土・択捉島にある。
年萌湖としもいこ北海道4.36北方領土・択捉島にある。
豊似湖とよにこ北海道その他0.0318.60.0003日高山脈襟裳国定公園内で唯一の自然湖。堰止湖。流出入河川がない内陸湖。
内保沼ないぼぬま北海道2.55北方領土・択捉島にある。
ニキショロ湖にきしょろこ北海道3.44北方領土・国後島にある。
西ビロク湖にしびろくこ北海道2.40北方領土・国後島にある。
能取湖のとろこ
のとりこ北海道海跡58.2023.10.50
ノトロ湖のとろこ北海道1.00北方領土・色丹島にある。
馬主来沼ぱしくるぬま北海道海跡0.284.0-
春採湖はるとりこ北海道海跡0.388.50.0013
パンケ沼ぱんけとう北海道海跡3.553.60.0035幌延町にある。
パンケトーぱんけとー北海道火山2.8654.00.067二級河川・阿寒川水系。
東ビロク湖ひがしびろくこ北海道3.49北方領土・国後島にある。
火散布沼ひちりっぷぬま北海道海跡3.762.00.00353
風蓮湖ふうれんこ北海道海跡59.0111.00.0563
ペケレット湖ぺけれっとこ北海道河跡0.121.20.000096
ペンケ沼ぺんけとう北海道海跡1.272.90.0012豊富町、幌延町にある。
ペンケトーぺんけとー北海道火山0.339.40.006二級河川・阿寒川水系。
幌岡大沼ほろおかおおぬま北海道河跡---
ポロト湖ぽろとこ北海道海跡0.328.6-
ポロ沼ぽろぬま北海道海跡1.974.00.00293
ホロカヤントウ沼ほろかやんとうぬま北海道海跡0.654.7-
摩周湖ましゅうこ北海道火山19.22211.52.75日本で最も透明度が高い。
宮島沼みやじまぬま北海道不明0.362.4-
モエレ沼もえれぬま北海道河跡0.242.0-一級河川・石狩川水系。
モケウニ沼もけうにぬま北海道海跡0.4940.0147二級河川・猿払川水系。
藻琴湖もことこ北海道海跡1.125.8-二級河川・藻琴川水系。
藻散布沼もちりっぷぬま
もちりっぷとう北海道海跡0.623.00.00031
湧洞沼ゆうどうぬま北海道海跡4.433.50.005
羅臼湖らうすこ北海道火山0.422.1-
ラウス沼らうすぬま北海道1.35北方領土・択捉島にある。

東北地方

湖沼よみがな都道府県成因面積
（km2）最大水深
（m）貯水量
（km3）備考
姉沼あねぬま青森県その他1.574.3-一級河川・高瀬川水系。