日本の哺乳類一覧（にほんのほにゅうるいいちらん、list of mammals in Japan）では、日本に生息する野生哺乳類について記す。 日本列島はアジア大陸に隣接した島嶼（とうしょ）群であり、氷期に大陸から移入した生物が孤立個体群として独自に進化を遂げてきた。また、南北に3,000kmと長く、3,000m以上の高山地帯をもつため、亜寒帯から亜熱帯までの多様な環境が含まれる。このような背景のもと、日本に生息する約130種の陸生哺乳類のうち3割を超える固有種、7属の固有属による、多様かつ独特の哺乳類相が存在している。その一方で、北海道や対馬などのユーラシア大陸に近い地域では、それら固有種に加え大陸系の種も生息している[1]。 日本の哺乳類相は、北海道と本州の間にあるブラキストン線、トカラ列島と奄美群島の間にある渡瀬線で区切られており、これらを境に異なる動物群が生息している。また、動物地理学的に見れば、渡瀬線以北に分布する旧北区系の動物群と、渡瀬線以南に分布する東南アジアを起源とする東洋区系の動物群の2群に構成される[2]。 この項では、竹島や尖閣諸島など領有権争いがある場所（詳しくは尖閣諸島問題、竹島を参照）にのみ生息する種も日本固有種とする。 〔在来2科・移入1科：計3科〕
概論
【凡例】
移：帰化・人為移入種
国内移入種：国内移入種
家：野生化した家畜種
地域
北：北海道
本：本州・四国・九州
島：島嶼部
(南)：南西諸島
(対)：対馬
(小)：小笠原諸島
(沖)：沖縄本島
(西)：西表島
(屋)：屋久島
(種)：種子島
(馬)：馬毛島
(佐)：佐渡島
(先)：先島諸島
(隠)：隠岐諸島
(慶)：慶良間列島
(尖)：尖閣諸島
(竹)：竹島
海：海洋
環境省によるレッドリスト(2012)での絶滅危惧種等のカテゴリー：
絶滅（環境省レッドリスト）：絶滅(EX)
絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）：絶滅危惧 I A類 (CR)
絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）：絶滅危惧 I B類 (EN)
絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）：絶滅危惧 I I 類 (VU)
準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）：準絶滅危惧 (NT)
情報不足（DD）（環境省レッドリスト）：情報不足 (DD)
絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：地域個体群 (LP)
※ ジュゴン以外の海棲哺乳類は対象外。
稀少性
固：日本の固有種・固有亜種
天然記念物・特別天然記念物：国が指定する天然記念物・特別天然記念物。（哺乳類天然記念物一覧も参照）
希少：「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」（種の保存法）に基づき、政令で定められた「国内希少野生動植物種」。
真無盲腸目
トガリネズミ科 Soricidae
（チビトガリネズミ Sorex minutissimus ）
トウキョウトガリネズミ（亜種） S. m. hawkeri 【北/絶滅危惧II類 (VU)（環境省レッドリスト）】 世界最小の哺乳類の1つ。
ヒメトガリネズミ
アズミトガリネズミ Sorex hosonoi 【本/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）/固】
（バイカルトガリネズミ（トガリネズミ） Sorex caecutiens ）
エゾトガリネズミ（亜種） S. c. saevus 【北】
（シントウトガリネズミ Sorex shinto） 【固】 バイカルトガリネズミ S. caecutiens の亜種とする説もある。
ホンシュウトガリネズミ（亜種） S. s. shinto 【本】
シコクトガリネズミ（亜種） S. s. shikokensis 【本/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）/固】
サドトガリネズミ（亜種） S. s. sadonis 【島(佐)/固】 独立種 S. sadonis とする説もある。
オオアシトガリネズミ Sorex unguiculatus 【北】
（ジャコウネズミ Suncus murinus ）
【移】 ジャコウネズミ Suncus murinus 【本】 長崎県・鹿児島県。15世紀以前の熱帯アジアからの移入種か。
リュウキュウジャコウネズミ（亜種） S. m. temmincki 【島(南)】
カワネズミ Chimarrogale platycephala 【本/絶滅のおそれのある地域個体群（環境省レッドリスト）：九州地方/固】 大陸に広く分布する C. himalayica と同種とする説もある。
（ジネズミ（ニホンジネズミ） Crocidura dsinezumi ほぼ【固】）
サイゴクジネズミ（亜種） C. d. dsinezumi 【本】
ホンシュウジネズミ（亜種） C. d. chisai 【本】
タネジネズミ（亜種） C. d. intermedia 【島(種)】
オキノシマジネズミ（亜種） C. d. okinoshimae 【島(西)】
ヤク（シマ）ジネズミ（亜種） C. d. umbrina 【島(屋)】
コジネズミ Crocidura shantungensis【島(対)/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）】 かつてはチョウセンコジネズミCrocidura suaveolens shantungensis とされた。
ワタセジネズミ Crocidura watasei 【島(南)/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）/固】 かつてはオナガジネズミ C. horsfieldii の亜種とされた（1998年版レッドリストでは C. h. watasei で掲載）。
オリイジネズミ Crocidura orii 【島(南)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固】 奄美群島（奄美大島、加計呂麻島及び徳之島）の固有種。
モグラ科 Talpidae
ヒメヒミズ Dymecodon pilirostris 【本/固】
ヒミズ Urotrichus talpoides 【本・島(対)/固】
ミズラモグラ Euroscaptor mizura 【本/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）/固】
アズマモグラ Mogera imaizumii 【本・島(対・種・屋)/固】
コウベモグラ Mogera wogura 【本】
（サドモグラ Mogera tokudae 【本・島(佐)/固】 佐渡島と越後平野。）
エチゴモグラ（亜種） M. t. etigo 【本(新潟県)/絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）/固】 越後平野。M. etigo として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは M. etigo で掲載）。
サドモグラ（亜種） M. t. tokudae 【島(佐)/準絶滅危惧（NT）（環境省レッドリスト）/固】
センカクモグラ M. uchidai 【島(尖)/絶滅危惧IA類 (CR)（環境省レッドリスト）/固】 1976年採取、1991年新種認定。標本は魚釣島で捕獲された1体のみ。