日本のプロテスタント教派一覧（にっぽんのプロテスタントきょうはいちらん）は、日本にあるプロテスタント（キリスト教）の教団・教派・宣教団体・単立教会等を系列別に分類して一覧にする。合同によって消滅した団体も含める。
教団・教派
聖公会系

日本聖公会

ルーテル派

日本福音ルーテル教会（1893年、東京都新宿区）

日本ルーテル教団(1948年、東京都千代田区)

西日本福音ルーテル教会(1962年、兵庫県神戸市)

近畿福音ルーテル教会(1961年創設、大阪府大阪市)

フェローシップ・ディコンリー福音教団（1979年、兵庫県神戸市）

日本ルーテル同胞教団(1951年創立、宮城県仙台市)

ルーテル福音キリスト教会（1963年創立、茨城県水戸市）

ノルウェー・ルーテル伝道会（1949年創立、兵庫県神戸市）

改革派・長老派　（カルヴァン派）

日本基督公会（横浜公会、1872年3月10日創立。日本で最初のプロテスタント教会）

日本基督一致教会（1875年成立）

日本基督教会（日本基督教団第一部。三派に分裂）

日本基督会（1941年創立）

日本基督改革派教会（1946年4月創立,現在は日本キリスト改革派教会）

在日大韓基督教会総会（1947年創立）

カンバーランド長老キリスト教会（1950年創立）

日本キリスト改革派長老教会（1950年創立）

日本キリスト教会（1951年創立）

聖書キリスト教会（1953年開始）

大韓イエス教長老会・大韓イエス教長老会 (統合)（オンヌリ教会）

バイブル・プロテスタント基督教会（1953年）

国際福音キリスト教会（1986年3月）

日本長老教会（1993年創立）

在日大韓基督教会

イエス教日本世界宣教会（1995年4月）

御国教会（1988年創立）

キリスト改革長老教会日本中会

正統長老教会日本ミッション

バプテスト派

日本バプテスト連盟

日本バプテスト同盟

沖縄バプテスト連盟

日本基督教団新生会（日本基督教団のグループ）

日本バプテスト教会連合

日本バプテスト宣教団

福音バプテスト宣教団

保守バプテスト同盟（1964年創立）

山形福音伝道隊(1952年設立、1964年の保守バプテスト成立以降も、現在も同盟内部で活動中。)

福音バプテスト連合

カルバリー・バプテスト教会

万国バプテスト福音伝道協会

万国デフ・バプテスト福音伝道協会

日本福音教会

日本バプテスト・ミド・ミッション（1989年創立）

会衆派教会

神戸公会（1874年4月19日創立）

日本クリスチャン教会（1930年に日本組合基督教会に合同し消滅）

日本組合基督教会（1941年に日本基督教団に合同し消滅）

メソジスト

日本自由メソヂスト教団

日本フリーメソジスト教団

東京フリー・メソジスト教会

救世軍

日本ナザレン教団（1953年創立）

在日基督教大韓監理会

世界宣教団（1941年日本基督教団に加入し消滅）

日本福音教会

ホーリネス

イムマヌエル綜合伝道団（神学的、実践的には「メソジスト」系でもある。）

ウェスレアン・ホーリネス教団

基督兄弟団（きょうだい団）

基督聖協団

東洋宣教団きよめキリスト教会

日本基督教団ホーリネスの群

日本宣教会

日本福音教会連合

日本福音教団

日本ホーリネス教団

日本聖泉基督教会連合（1969年創立）

チャーチ・オブ・ゴッド

日本キリスト宣教団

東洋福音教団

栄光の福音キリスト教団

エバンジェリカル・コングリゲーショナル・チャーチ日本教区

東京中央教会（1990年創立）

シオン・キリスト教団

コイノニア福音グループ

聖公会系きよめ派

日本イエス・キリスト教団

日本伝道隊

キリスト伝道隊

基督伝道隊

活水基督教団

復活之キリスト教団

萬国福音教団

メノナイト教会

日本メノナイト・ブレザレン教団

日本メノナイト・キリスト教会協議会

日本メノナイト・教会会議

東京地区メノナイト教会連合

日本キリスト兄弟団（けいてい団）

メイノナイト・ブラザレン・フェローシップ（1994年創立）

アドベント教会

セブンスデー・アドベンチスト教団（SDAキリスト教会）