日本のフェリー会社一覧（にほんのフェリーがいしゃいちらん）では、日本でフェリーを運航する会社を羅列する。
地域間航路
商船三井グループ


商船三井さんふらわあ（旧：商船三井フェリー）

名門大洋フェリー

SHKライングループ


新日本海フェリー

阪九フェリー

東京九州フェリー

その他


太平洋フェリー

オーシャントランス（旧:オーシャン東九フェリー）

宮崎カーフェリー

マリックスライン

マルエーフェリー

各地域内および近距離航路

☆印は国道海上区間を受け持つ航路がある船舶会社

◎印は総トン数1千トン以上の船舶を保有する船舶会社
北海道地方

ハートランドフェリー（旧東日本海フェリー）◎

羽幌沿海フェリー

北海道・東北地方間

川崎近海汽船（シルバーフェリー）◎

津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）☆◎

青函フェリー◎

東北地方

むつ湾フェリー（旧：下北汽船）

大島汽船

網地島ライン

関東地方

東京湾フェリー◎

甲信越・北陸地方

佐渡汽船☆◎

粟島汽船

東海地方

神新汽船：フェリーあぜりあ 下田?伊豆諸島

エスパルスドリームフェリー（駿河湾フェリー）◎

伊勢湾フェリー☆◎

名鉄海上観光船

西尾市営渡船

近畿地方

南海フェリー◎

瀬戸内海

四国開発フェリー（四国オレンジフェリー）◎

ジャンボフェリー◎

四国フェリーグループ

小豆島フェリー☆◎ 国際両備フェリー（新岡山港?土庄港）との共同運航航路あり。

小豆島豊島フェリー


両備グループ

国際両備フェリー◎ ※四国フェリー（新岡山港?土庄港）との共同運航航路あり。


四国汽船◎

雌雄島海運

JR西日本宮島フェリー（JR宮島航路）

宮島松大汽船

芸予観光フェリー

日鮮海運グループ

協和汽船（今治港?下田水港）


石崎汽船グループ

石崎汽船

中島汽船


瀬戸内海汽船グループ

瀬戸内海汽船

防予フェリー

山陽商船

周防大島 松山フェリー☆（旧・岩国松山高速：2007年6月1日会社名変更）

安芸津フェリー


しまなみフェリー

大崎汽船

三光汽船

土生商船

大三島フェリー

大三島ブルーライン

山陰地方

隠岐汽船☆◎

中国・九州地方間

スオーナダフェリー（周防灘フェリー）

四国・九州地方間

宇和島運輸〈宇和島運輸フェリー〉◎

九四オレンジフェリー◎

国道九四フェリー☆

宿毛フェリー（旧・宿毛観光汽船：会社解散後に継承）

松山・小倉フェリー

九州地方

九州郵船☆◎

島原鉄道（島鉄フェリー、島鉄高速船）☆

有明フェリー☆

熊本フェリー◎

九州商船グループ

九州商船☆◎

甑島商船


野母商船◎

三和商船☆

鹿児島市船舶局（桜島フェリー）☆◎

いわさきグループ

鹿児島商船◎

垂水フェリー（旧:大隅交通ネットワーク）◎

鹿商海運◎


なんきゅうドック（2018年に南九船舶を合併） - 山川・根占フェリー

コスモライン◎

三島村営（フェリーみしま）◎

十島村営（フェリーとしま）◎

奄美海運◎

瀬戸内町営（フェリーかけろま）

沖縄県

座間味村営（フェリーざまみ3）

渡嘉敷村営（フェリーとかしき）

粟国村営（ニューフェリーあぐに）

久米商船◎（フェリー琉球・フェリー海邦）

大東海運（だいとう）

伊是名村営（フェリーいぜな尚円）

伊平屋村営（フェリーいへや3）

伊江村営（いえしま・ぐすく）

神谷観光（フェリーくがに）

久高海運（フェリーくだかIII）

多良間海運（フェリーたらまゆう）

八重山観光フェリー（かりゆし・ゆいまる）

安栄観光（フェリーはてるま2・ぱいかじ）