この記事は特に記述がない限り、日本国内の法令について解説しています。また最新の法令改正を反映していない場合があります。ご自身が現実に遭遇した事件については法律関連の専門家にご相談ください。免責事項もお読みください。

登記の抹消（とうきのまっしょう）とは、登記記録又は登記簿上に現存する権利や登記事項が何らかの事情により消滅したか根本的に不存在だった場合において、それを登記記録等から削除して実体に合致させる手続きである。

本記事では商業登記と、不動産登記における権利に関する登記のうち所有権以外の登記の抹消について述べる。所有権の移転の登記の抹消については所有権の登記の抹消を、所有権保存登記の抹消については所有権の保存の登記を参照されたい。

また、債権譲渡登記制度と動産譲渡登記制度においても登記の抹消は存在するが、その解説は当該記事に譲り、ここでは述べない。

なお法令の条文においては「登記の抹消」と称しているが、以下の解説において、その通称である「抹消登記」として記述する。
商業登記

説明の便宜上、以下の通り略語を用いる。

商業登記準則 - 商業登記等事務取扱手続準則（昭和39年3月11日民甲472号通達）
通常の抹消登記
概要

以下の事由が存在する場合、当事者はその登記の抹消を申請できる（商業登記法134条1項本文）。

管轄違いの登記がされている場合（商業登記法134条1項1号・24条1号）

登記事項以外の事項が登記されている場合（同法134条1項1号・24条2号）

二重に登記がされている場合（同法134条1項1号・24条3号）

登記官が同時に受け取った申請書に基づく登記が、互いに矛盾している場合（同法134条1項1号・24条5号・21条3項）

登記された事項につき無効の原因がある場合で、訴えをもってのみ無効を主張できる場合（会社法828条1項各号）以外の場合（同法134条1項2号）

登記事項以外の事項を登記した場合の具体例としては、民法法人の仮理事（民法旧56条）の登記をした場合（昭和31年7月13日民甲1603号回答）や株式会社の目的に「税理士により税理士法2条の業務を実施する事業」と登記されている場合（昭和48年1月8日民四214号回答）などである。

なお、上記以外の事由によって抹消登記をすることはできないとされている。例えば、株式会社の取締役が任期満了により退任しても、抹消登記ではなく変更登記をすることになる（商業登記法54条4項参照）。また、手続きが違法であるというだけでは抹消できない。例えば、株式会社の清算人が、その就職の日から2か月を経過しない間に清算結了の登記を申請しても受理されない（会社法499条1項参照）が、誤ってその登記をしても職権で抹消することはできない（昭和33年3月18日民甲572号回答）。

一方、未成年者の登記（商業登記法35条1項）がされている場合において、未成年者が成年に達したことを登記官が発見した場合（出生の年月日が登記事項であるので発見し得る）、登記官が職権で抹消できるが、これは厳密には消滅の登記である（平成18年4月26日民商1110号依命通知第2節第1-4参照）。
添付書面（一部）

既述商業登記法134条1項2号の事由があるので抹消登記を申請する場合、申請書にはその事由を証する書面を添付しなければならない（商業登記法134条2項・132条2項）。ただし、その抹消すべき登記の申請書や添付書類からその事由の存在が明らかなときは添付は不要であるが、抹消の申請書にはその旨を記載しなければならない（商業登記規則100条3項・98条）。
登録免許税

通常の会社又は外国会社の場合、本店の所在地においてする場合は2万円であり、支店の所在地でする場合は6,000円である（登録免許税法別表第1-19(1)ラ・(2)ロ）。ただし、清算人（代表清算人及び職務執行者を含む）又は 清算結了の登記の抹消の場合は、本店・支店を問わず6,000円である（登録免許税法別表第1-19(4)ニ）。
商号の抹消登記
概要

以下に掲げる場合において、当該商号の登記をした者がおのおのに定める登記をしないときは、当該商号の登記に係る営業所（会社にあっては本店）の所在場所において同一の商号を使用しようとする者は、登記所に対し当該商号の抹消を申請できる（商業登記法33条1項）。

登記した商号を廃止したとき - 当該商号の廃止の登記

商号の登記をした者が、正当な理由なく2年間当該商号を使用しないとき - 当該商号の廃止の登記

登記した商号を変更したとき - 当該商号の変更登記

商号の登記に係る営業所又は本店を移転したとき - 当該営業所又は本店の移転の登記

商号の登記を抹消された会社は、商号の登記をしないと他の登記も申請できない（商業登記法24条15号参照）。

なお、この登記は抹消を命ずる判決によっても申請することができる（平成18年4月26日民商1110号依命通知第1節第1-7(1)）。一方、商号の抹消登記手続を命ずる仮処分に基づく商号の抹消登記申請は受理されない（昭和58年12月14日民四6946号回答）。
添付書面（一部）

商号の抹消登記を申請する者は、当該商号の登記に係る営業所又は本店の所在場所において同一の商号を使用しようとする者であることを証する書面を添付しなければならない（商業登記法33条2項）。

例えば、個人が申請する場合は上申書などであり、設立中の会社が申請する場合は公証人が認証した定款の謄本などである（昭和40年3月27日民甲656号回答）。
登録免許税