『手塚治虫文庫全集』（てづかおさむぶんこぜんしゅう）は、手塚治虫の文庫版漫画全集。講談社刊。全200巻。手塚治虫生誕80周年を記念して、2009年10月から2012年5月にかけて刊行された。
手塚治虫漫画全集との違い

『手塚治虫漫画全集』に対して、文庫全集では収録作品には下記のような違いがある。

エッセイ・講演原稿等（手塚治虫漫画全集別巻MT-383〜400）は未収録。

『鉄腕アトム』はサンコミックス・サンデーコミックス版収録の解説漫画が追加されている。

『ブラック・ジャック』は未収録作品が収録されている。

「ふたりの修二」「パク船長」「ドラキュラに捧ぐ」「デカの心臓」「三度目の正直」「きみのミスだ！」「金！金！金！」「失われた青春」「不死鳥」「おとずれた思い出」「信号」「キモダメシ」「落下物」


『ミッドナイト』は全集版未収録の最終回が追加収録されている。

『三つ目がとおる』は下記の未収録作品が収録されている。

「分福登場」「給食」「猪鹿中学」「長耳族」「舌をだすな！」「七蛇寺の七ふしぎ」「カオスの壺」「メダルの謎」「スキャンダル」


未収録の中・短編が収録されている（BT-194〜196、200）、「あとがきにかえて(BT-139)」、「火の鳥 漫画少年版(BT-166)」（角川文庫『火の鳥　ギリシャ・ローマ編』収録版とは終盤等で構成や文字のフォントが異なるものになっている）

作品

通し番号は本文庫全集の「BT-番号」を示す。

収録・併録作品欄は文庫タイトル以外の作品が収められている場合に記載した。なお、タイトル自体が複数併記されている場合も記載した。

2巻以上の作品で、最終巻に併録されている作品には通し番号を( )内にを記載した。

太字は『手塚治虫漫画全集』未収録作品。（その巻すべてが未収録作品の場合はタイトルのみ太字とした）

通し番号タイトル巻数収録・併録作品
001-009鉄腕アトム9
010ジャングル大帝(1)レオ編、ライヤ編
011ジャングル大帝(2)ムーン山編、ジャングル大帝〈小学三年生版〉、レオちゃん
012ピノキオ
013-014リボンの騎士2リボンの騎士、野バラの精、虹のプレリュード(014)
015-016W3（ワンダースリー）2W3（ワンダースリー）、W3（ワンダースリー）（少年マガジン版）(016)
017-018どろろ2
019漫画大学漫画大学、珍アラビアンナイト、化石島、罪と罰
020ユニコ
021ユフラテの樹日本発狂
022ロストワールド メトロポリスロストワールド、メトロポリス
023-024海のトリトン2
025-026シュマリ2
027新選組新選組、鉄の道
028ライオンブックス(1)安達が原、荒野の七ひき、はるかなる星、あかずの教室、白縫、コラープス、奇動館
029ライオンブックス(2)マンションOBA、ミューズとドン、おふくろの河
030ライオンブックス(3)百物語、ブタのヘソのセレナーデ、月と狼たち、モモンガのムサ
031アトムキャットアトムキャット、ユニコ 小学一年生版
032アトム今昔物語
033鉄腕アトム別巻アトム誕生、アトム二世、アトム還る、爆弾列車、偏差値王国との対決、アトムの初恋、ひょうたんなまず危機一発、わが名は百科、おまえが犯人だ!!、シルバー・タワー、アトムの最後、鉄腕アトム 小学二年生版
034ジャングル魔境ジャングル魔境、シャリ河の秘密基地、有尾人、拳銃天使
035-041三つ目がとおる7
042来るべき世界 ファウスト来るべき世界、ファウスト
043-044きりひと讃歌2
045ザ・クレーター鈴が鳴った、溶けた男、雪野郎、紫のベムたち、生けにえ、双頭の蛇、オクチンの奇怪な体験、大あたりの季節、オクチンの大いなる怪盗、二つのドラマ、巴の面、三人の侵略者、八角形の館、風穴、ブルンネンの謎、墜落機、クレーターの男
046新宝島新宝島、ぼくのデビュー日記、マアチャンの日記帳、珍念と京ちゃん、AチャンB子チャン探検記、あんてな一家、ぐっちゃん、電子夫人
047地球の悪魔地球の悪魔、大洪水時代、太平洋Xポイント、世界を滅ぼす男
048人間ども集まれ!
049-051ミッドナイト3
052やけっぱちのマリア
053ロック冒険記ロック冒険記、摩天樓小僧、火山島少年、13の秘密、まぼろしの円盤、フォード32年型、少年探偵ロック・ホーム
054双子の騎士双子の騎士、舞踏会へきた悪魔、ミニヨン、白いくびの子がも、金のうろこ、おかあさんの足、ベニスの商人、孔雀貝、虹のとりで
055バンビバンビ、バンビ（漫画少年版）、ウォルト・ディズニー物語
056-057魔神ガロン2
058-069ブラック・ジャック12
070-072アドルフに告ぐ3
073-074フライングベン2フライングベン、グランドール(074)
075地底国の怪人 魔法屋敷地底国の怪人、魔法屋敷、森の四剣士
076火星博士 一千年后の世界火星博士、假面の冒険兒、大空魔王、流線型事件、一千年后の世界
077ガラスの城の記録ガラスの城の記録、ショート・アラベスク（刑事もどき-エムレット-、刑事もどき-鹿の角-、苦情銀行、一族参上、角、ヒョーロク記、蛸の足、現地調査、声、反射、笑う男、夜の客、ゲーム、紐、成功のあまきかおり
078冒険放送局冒険放送局、ピロンの秘密、地球大戦、ワンダーくん
079ガムガムパンチガムガムパンチ、冒険ルビ〈小学一年生?小学二年生版〉、冒険ルビ〈小学二年生?小学三年生版〉
080ゴッドファーザーの息子ゴッドファーザーの息子、紙の砦、すきっ腹のブルース、がちゃぼい一代記、トキワ荘物語、という手紙がきた、動物つれづれ草、怪談雪隠館、マコとルミとチイ、うめぼし陰謀団、ぼくの少年時代、らくがき事典
081ロストワールド私家版
082-083バンパイヤ2
084漫画生物学漫画生物学、漫画天文学、宇宙狂想曲、チッポくんこんにちは、ピンピン生ちゃん、とべとべるんちゃん、らびちゃん
085あらしの妖精あらしの妖精、つるの泉、母の眼ばなし、こけし探偵局、ピンクの探偵、あけぼのさん、カーテンは今夜も青い、白くじゃくの歌、ヨッコちゃんがきたよ！