微生物学（びせいぶつがく、英語: microbiology）は、微生物を対象とする生物学の一分野。

微生物とは（真正）細菌、古細菌、原生生物、真菌類など、顕微鏡的大きさ以下の生物を指す。主として原核生物（細菌、古細菌）を対象とし、ウイルスを対象に含める場合もある。
歴史「顕微鏡による細菌の発見」を参照

17-18世紀 - アントニ・ファン・レーウェンフックの顕微鏡観察により、微生物の概念が生まれる。この後、微生物学はその歩みをいったん止めることとなる。

1837年 - カニャール・ド・ラツール、シュワン、キュッツィンクによりアルコール発酵を行う生物である酵母が微生物であり、この反応は酵母の生理機能に基づくものであると発表した。

1840年ごろ - 手術による外科的敗血症を防ぐために消毒剤などの導入が進められた。

1857年 - ルイ・パスツールが「すべての発酵過程は微生物活動に基づくものである」ということを発表した。この後、20年間にわたってパスツールは多くの発酵反応を研究し続けた。

1860年 - ルイ・パスツールが白鳥の首フラスコを用いて、自然発生説を否定する。またチンダルも滅菌という概念を持って自然発生説を否定する実験を行っている。

1870年 - ド・バリーとブレフェルドによって純粋培養とは「ただ一種の微生物を含む培養である」と定義された。

1876年 - ロベルト・コッホによって炭疽の原因となる細菌（炭疽菌、Bacillus anthracis）が分離され、その病原性が証明された。

1892年 - イワノフスキーの実験により、細胞ろ過器を透過するウイルスの存在が示唆された。

20世紀以降 - 微生物学を通じて生化学の理解が深まる。また突然変異などの誘導を用いた遺伝学の実験が微生物において進行し、1945年以降は遺伝学と生化学が微生物学と融合し始めた。

手法
純粋培養「培養」を参照

微生物学の最も基本的な実験ないし手法としては、微生物の純粋培養技術（分離）がある。環境下では様々な種類の微生物同士が種間相互作用を行っており、これらの相互作用を除いて個々の種類の性質を探るには、微生物を純粋に培養する技術が最も基本的なところとなる。なお、純粋培養には器具の滅菌、ならびに培地の組成など微生物のみならず、細胞を扱う学問の基礎となる技術が伴う。

培地の組成や温度、培養時間などによって分離できる菌が異なる。
土からの分離
典型的な手法（希釈平板法）では環境から取得した土を滅菌水などに懸濁し、静置後上澄みを適当に希釈し寒天培地に塗布する。適温に保管し菌の生育を待つ。生育してきたコロニーをさらに白金耳などで寒天培地に塗布しシングルコロニー（単一菌体由来のコロニー）を取得する。
限外希釈法
寒天培地で生育させられない場合に行われる。菌を懸濁した培地を何倍にも希釈し培養することで単一菌体由来の培養液を得る。厳密には菌がからみあっていたり、ゴミに複数の菌が付着していたりする場合もあるので留意する。
難培養性微生物

純粋培養に基づく研究は微生物学の王道となってきたが、未知の因子を要求するものなど、純粋培養が不可能もしくはきわめて困難な微生物も多く、これらは難培養性微生物と呼ばれる。土壌など、自然界に存在する微生物の大半は、このような難培養性微生物であるといわれており、PCRやDNAマイクロアレイ、メタゲノム解析などの技術を用いた、純粋培養によらない研究手法も模索されている。
代謝

細胞の基礎代謝については、真核生物を用いたものよりも、個々の細胞クローンが得られる微生物から多くの知見が得られた。異化、同化をはじめ、タンパク質や脂質、核酸の生合成などの多くは、微生物学から研究が進められた。
増殖

微生物の増殖に関する実験からは、細胞の栄養要求性や、遺伝子発現の調節などといった事柄が理解されている。また、栄養要求性のみならず、環境因子の要求（温度、pH、酸素など）についてもその知見が得られている。
顕微鏡観察