この記事には複数の問題があります。改善やノートページでの議論にご協力ください。

脚注による出典や参考文献の参照が不十分です。脚注を追加してください。（2020年1月）


独自研究が含まれているおそれがあります。（2017年9月）

底質汚染（ていしつおせん）とは底質が汚染されていることをいう。
概要

底質とは海域、港湾、河川、水路、湖沼などの水底の土砂やヘドロ等のことである。

底質は魚介類等の生息の場として水環境の重要な要素となっているが、水質汚濁が進むと化学物質等が蓄積・溶出する媒体となりうる[1]。
浚渫土問題

汚染された底質を浚渫等により除去する場合、工事の際の底質の撹乱・拡散、処分地からの有害物質の流出・浸出など二次汚染を防止する措置が必要となる[2]。

日本では底質暫定除去基準によりPCBや水銀が高濃度で含まれている水域の浚渫が過去に実施された。その浚渫土は無害化されずに仮置きされたり、埋立てに利用されている。

環境リスクや人の健康被害防止の観点から十分な検討が必要であり、例えば、兵庫県高砂市では学識経験者等による検討会を開催し議論が進んでいる。
水底ゴミ問題

水底には多くのゴミがあり、特に瀬戸内海や東京湾・大阪湾・伊勢湾等の閉鎖性海域には多く沈んでいる。水底ゴミは水底環境を悪化させるだけでなく底質汚染対策の妨げにもなっている。
アメリカ合衆国における底質汚染問題

アメリカ環境保護庁（EPA）は他の連邦機関や州機関とともに2010年に米国沿岸及び五大湖の1104か所で水質、生物学的水質、底質の調査を行った[3]。その結果、2005?2006年に実施された調査に比べて生物学的水質は17%改善されたが底質は22%悪化した[3]。
日本における底質汚染問題

日本では底質の環境基準はダイオキシン類のみ（150pg-TEQ/g）が定められておりこの基準を超過するもの（詳しくは底質の環境基準を参照）のこと。 なお、PCBや水銀には底質暫定除去基準が定められており、対策は一旦行われた水域もある。

環境白書に底質についての言及が現れたのは昭和46年版公害白書であり、それまでは典型公害として、大気汚染、水質汚濁、騒音、振動、地盤の沈下、悪臭の6種を公害の対象として捕らえていたが、冷却用水等による温排水問題やヘドロ問題に対処すれる為に「水底の底質の悪化」を公害の対象として認識するようになった。[4]ここで言う「ヘドロ問題」とは東京湾、大阪湾、田子の浦港、洞海湾、伊予三島港のヘドロである。問題にしているのはCOD（生物の大量死）や硫化物量（悪臭）が主であるが、東京湾と洞海湾ではカドミウム、クロム、水銀、鉛なども底質中に検出されているが、この頃は生物の大量死や藻類の異常繁茂が問題視されていた為、底質の多量の有機物に注目が集まっていた。

第2-2-11表ヘドロ問題発生主要水域のヘドロ状況（註昭和46年当時）[5]地域測定年度COD(mg/g)硫化物(mg/g)カドミウム(mg/g)クロム(mg/g)全水銀(mg/g)鉛(mg/g)
東京湾(鶴見付近)昭和456.2—0.0090.010.0180.25
東京湾(横浜本牧付近)昭和454.9—0.001mg/g0.0060.0230.03
大阪湾(大坂港口)昭和4218.91.3————
大阪湾(神戸港沖)昭和4225.20.3————
田子の浦港昭和4411.42.1————
洞海湾(湾口)昭和4416.4—0.0120.055——
洞海湾(湾奥)昭和4421.6—0.1220.051——
伊予三島港昭和3913.60.6————

1972年に初めて底質のPCB汚染の実態調査が全国1,445地点において実施されたその結果工場近接水域の4箇所については水質で0.011ppm以上底質で500ppm以上のPCBを検出し「PCB取扱い工場周辺の公共用水域の底質がかなり汚染されていることが明らかになった。