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この項目では、京都府京都市山科区にあった山科本願寺について説明しています。その他の用法については「本願寺」をご覧ください。

logo山科本願寺
（京都府）
東側にある土塁跡
別名本願寺ノ城
城郭構造平城
天守構造なし
築城主蓮如
築城年文明15年（1483年）8月22日
主な改修者不明
主な城主蓮如、実如、証如
廃城年天文元年（1532年）8月24日
遺構土塁
指定文化財山科本願寺南殿跡（附:土塁跡）（国の史跡）
再建造物なし
位置.mw-parser-output .geo-default,.mw-parser-output .geo-dms,.mw-parser-output .geo-dec{display:inline}.mw-parser-output .geo-nondefault,.mw-parser-output .geo-multi-punct,.mw-parser-output .geo-inline-hidden{display:none}.mw-parser-output .longitude,.mw-parser-output .latitude{white-space:nowrap}北緯34度59分4.5秒 東経135度48分44.7秒 / 北緯34.984583度 東経135.812417度 / 34.984583; 135.812417
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山科本願寺（やましなほんがんじ）は、京都市山科区にあった浄土真宗の寺院。本願寺第8世法主蓮如により、文明15年8月22日（1483年9月23日）に完成・建立。南側には興正寺も建てられていた[1]。

周囲には堀と土塁を築いて、寺内町を形成していた。天文元年8月24日（1532年9月23日）、六角氏と法華宗徒により焼き討ちされた。

現在、跡地には浄土真宗本願寺派と真宗大谷派の山科別院（西別院と東別院とある）が建っており、南殿跡が大谷派の光照寺に、土塁跡が山科中央公園にある。南殿跡と土塁跡は2002年、国の史跡に指定されている。
概要「山科の御坊にて児達女房衆正信偈和讃習練の図」。蓮如が勤行として読誦するよう制定した正信偈和讃を、山科本願寺で練習する男女

文明10年（1478年）から造営され、約6年間で建設されたと言われている。山科盆地の中央より西側にあり、四ノ宮川と山科川(旧音羽川)の合流地点で、当時は山城宇治郡に属する。この地域は東海道から宇治街道へ抜ける分岐点、交通の要所であった。

天文元年（1532年）の『経厚法印日記』によると「山科本願寺ノ城ヲワルトテ」と記載が見受けられることから、当時より城として呼称されていた。寺院が城に変化できたのは加賀より城造り人夫を呼び寄せて本格的な城郭に仕上がったのでないかと思われている。山科本願寺の構造は「輪郭式」あるいは「回字式」と言われる近代城郭の縄張であり、この周辺、この時代の戦国大名ならびに国人の居城は山城であるのに対して、山科本願寺は平城で1世紀前に近代城郭の要素を含んでおり、『中世城郭辞典』には「城郭史上、特筆すべき城郭跡といえる」と解説されている。
山科本願寺建立以前

山科本願寺の跡地は20数回の発掘調査が行われているが、山科本願寺時代以前にも数多い遺構・遺物が発掘されており、山科本願寺やその周辺では古来より要所として発展していたようであるが、鎌倉時代以降は急速に遺跡が発見されなくなる。これは何らかの地形の変化があり、四ノ宮川と山科川によって形成された扇状地になり、水田開発が困難になったためとも推察されている。

山科本願寺以前時代主な遺構、遺物
縄文時代押型文土器
弥生時代方形周溝墓跡
古墳時代古墳時代の竪穴建物
飛鳥時代飛鳥時代の竪穴建物
奈良時代金堂、講堂などの大宅廃寺
平安時代多数の寺院が建立される