専門図書館（せんもんとしょかん、英：Special library[1]）は、図書館を設立主体によって分類した時の分類の1つで、大学図書館・学校図書館・公共図書館・国立図書館以外の図書館である。官庁や議会等の公的機関、研究所や美術館・博物館等の調査研究機関、企業、団体等が設置・運営する図書館が専門図書館に含まれる。また、特定分野の資料（公文書・新聞・雑誌・書籍など）を収集管理する図書館、あるいは例えば点字図書の提供等、特定の目的に特化した図書館も専門図書館であり、このような観点から見た場合には、国立図書館や大学図書館でありつつ専門図書館である場合もある。専門が指す意味は、設置目的でも利用者でも情報資源でも分野でも機能でもサービスその他でも構わない[2]。特殊図書館（とくしゅとしょかん）と呼ばれるものもある[3]。組織の名称を、「図書館」ではなく、資料センター・資料室等とするものも少なくない。
日本の専門図書館

日本国内の専門図書館の連携をはかる団体に、1952年設立の専門図書館協議会があり、2014年時点の加盟機関は約460機関を数える[4]。専門図書館協議会は3年毎に『専門情報機関総覧』を刊行しており、2009年版では1761機関、2012年版では約1700機関、2015年版では1660機関が掲載されている。

愛知芸術文化センターアートライブラリー

アジア経済研究所図書館 The Institute of Developing Economies Library

アジア太平洋資料センター（PARC）

足利学校遺蹟図書館

石川近代文学館

NHKアーカイブス

江戸東京博物館図書室

大阪産業労働資料館（エル・ライブラリー） Osaka Labor Archive

大阪府立国際児童文学館 International Institute for Children's Literature,Osaka

大原社会問題研究所

大宅壮一文庫

各務原市歴史民俗資料館

神奈川県立川崎図書館（産業関係中心に所蔵）

京都国際マンガミュージアム

経団連レファレンスライブラリー

建設産業図書館

現代マンガ図書館

国際子ども図書館

国際文化会館図書室

国文学研究資料館

国立公文書館

三康図書館

ジェトロ・ビジネスライブラリー

社会経済生産性本部総合企画部資料室

社史研究センター

松竹大谷図書館

食の文化ライブラリー 味の素食の文化センター

昭和館

静嘉堂文庫

体育とスポーツの図書館

鉄道博物館図書室

天理大学附属天理図書館

東京ゲーテ記念館

東京大学史料編纂所図書室

東京大学東洋文化研究所

東京ドイツ文化センター図書館

同志社社史資料センター

東書文庫

東洋文庫

内閣文庫

名古屋市蓬左文庫

名古屋都市センターまちづくりライブラリー

成田山仏教図書館

日本近代音楽館

日本近代文学館

日本財団図書館

BIZCOLI 九州経済調査協会

BICライブラリ（旧機械工業図書館）