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門跡（もんぜき、もんせき）は、皇族・公家が住職を務める特定の寺院、あるいはその住職のことである。寺格の一つ。元来は、日本の仏教の開祖の正式な後継者のことで「門葉門流」の意であった（この場合は門主とも）。鎌倉時代以降は位階の高い寺院そのもの、つまり寺格を指すようになり、それらの寺院を門跡寺院と呼ぶようになった。また、御由緒寺院、尼門跡寺院（皇女や王女が務める寺院）ともいう[1]。寺格が高く、皇室から特別の礼遇と特権を与えられ、住職は各宗派の管長と同等の待遇を受ける[1]。
浄土真宗本願寺派の本願寺住職は門主（もんしゅ）、真宗大谷派の僧侶および門徒の代表者は門首（もんしゅ）と書き、いずれも親鸞の子孫の大谷家から出ている。 宇多天皇が出家して仁和寺に入室し御室御所と称し、御室門跡となったのが始まりである。仁和寺は当初は宇多天皇の子孫（宇多源氏）が住職である別当を務めていたが、三条天皇の皇子である性信入道親王が住職に就いた際に別当よりも上位である検校を称し、その後を白河天皇の皇子である覚行法親王が継いだことから皇族が住職を務める真言宗の寺院と認識され、後の門跡寺院のはしりとなった[3]。 一方、天台宗の総本山である延暦寺では、12世紀の初めに天台座主の仁豪（明快の弟子）と無動寺の寛慶（後に天台座主、行玄の師）が寺を2つに分ける内紛を起こし、その影響は後々にも及んだ（源平合戦の際にも仁豪の法流は平家支持を、寛慶の法流は中立の立場に立った）。前者は三千院（梨本・梶井）、後者は青蓮院を拠点とし、前者には堀河天皇の皇子である最雲法親王、後者には鳥羽天皇の皇子である覚快法親王、次いで摂関家出身の慈円が入ったことで格式を高めて門跡寺院となった。なお、一般には明快を梨本門跡の祖、行玄を青蓮院門跡の祖とみなされているが、梨本・青蓮院が「両門跡」と称されるようになったのは鎌倉時代に入った1220年代と推定されている。その後、後白河天皇ゆかりの妙法院が後高倉院皇子である尊性法親王を迎えたことで格式を高め、1260年代には両門跡と肩を並べるようになり、1280年代には「三門跡」と呼ばれるようになった[4]。 鎌倉時代初期頃からは皇族や摂家等の子弟が特定の寺院に出家するようになる（摂政九条道家の息法助が初めて皇族でない御室門跡となる[5]）。
概要・門徒（法流の構成員）の意味に用いられ、鎌倉時代になると院家（法流の拠点施設）・院主（院家の住持）の意味に転じ、南北朝時代以降になると特定の貴種がいる院家・院主の意味で定着したとしている。法流はその教えを維持するために有力な檀越である天皇家や摂関家などに出自を持つ貴種の出身者を後継者として遇し、法流の院家・経典（物質的）および教説・秘儀（教学的）を相承することで、排他的管理と内外に対する優位性を確立していったのである[2]。
沿革