大本山寺院一覧（だいほんざんじいんいちらん）は、日本の仏教各宗派の大本山の一覧。

日本の伝統仏教宗派（近世以前に成立したもの）は、第二次世界大戦以前には13宗56派が公認されていた。ここで言う13宗とは、奈良仏教系の3宗（法相宗、華厳宗、律宗）、平安時代初期に成立した天台宗と真言宗、平安時代後期から鎌倉時代に成立した浄土教系4宗（融通念仏宗、浄土宗、浄土真宗、時宗）、禅宗系2宗（臨済宗、曹洞宗）および日蓮宗、近世初期に成立した禅宗系の黄檗宗を指す。宗教団体法（1939年公布、1940年施行）の施行により、宗祖を等しくする宗派の統合が進められ、従前の56派は28派に整理された。これは戦時体制下における宗教統制を意図したものだったとされている。1945年（昭和20年）に宗教団体法が廃止されて以後、従前の宗派の多くが復活するとともに、既成の宗派から分離して多くの教団が誕生した。
華厳宗

大本山東大寺（奈良県奈良市）-南都七大寺

法相宗

大本山薬師寺（奈良県奈良市）-南都七大寺

大本山興福寺（奈良県奈良市）-南都七大寺

法相宗から分離独立した新宗派


聖徳宗 総本山法隆寺（奈良県生駒郡）-南都七大寺

北法相宗 大本山清水寺（京都市東山区）

律宗

総本山唐招提寺（奈良県奈良市）

大本山壬生寺（京都府京都市中京区）

天台宗

総本山延暦寺（滋賀県大津市）

別格大本山(関東総本山)寛永寺（東京都台東区）

別格大本山笠森寺(笠森観音)（千葉県長生郡長南町）

別格本山深大寺（東京都調布市）

別格本山中院（埼玉県川越市）

別格本山子ノ権現天龍寺（埼玉県飯能市）

別格本山狭山山不動寺(狭山不動尊)（埼玉県所沢市）

別格本山大光普照寺（埼玉県児玉郡神川町）

別格本山常光院(熊谷厄除大師)（埼玉県熊谷市）

天台系の宗派および天台宗から分離独立した新宗派


天台寺門宗 総本山園城寺（滋賀県大津市）

天台真盛宗 総本山西教寺（滋賀県大津市）

本山修験宗 総本山聖護院（京都市左京区）

金峯山修験本宗 総本山金峯山寺（奈良県吉野郡）

羽黒山修験本宗 本山荒沢寺（山形県鶴岡市）

和宗 総本山四天王寺（大阪市天王寺区）

粉河観音宗 総本山粉河寺（和歌山県紀の川市）

鞍馬弘教 総本山鞍馬寺（京都市左京区）

聖観音宗 総本山浅草寺（東京都台東区）-日本三大観音

真言宗

高野山真言宗 総本山金剛峯寺（和歌山県伊都郡）

高野山真言宗 大本山寳壽院（和歌山県伊都郡）

高野山真言宗 遺跡本山観心寺（大阪府河内長野市）

高野山真言宗 準別格本山歓喜院（埼玉県熊谷市） - 日本三大聖天

高野山真言宗遺跡本山神護寺(京都府京都市右京区)

東寺真言宗 総本山東寺(教王護国寺)（京都府京都市南区）

真言宗東寺派 別格本山正法寺(京都府京都市西京区)

真言宗醍醐派 総本山醍醐寺（京都府京都市伏見区）

真言宗泉涌寺派 総本山泉涌寺（京都府京都市東山区）

真言宗山階派 大本山勧修寺（京都府京都市山科区）

真言宗御室派 総本山仁和寺（京都府京都市右京区）

真言宗御室派 大本山金剛寺（大阪府河内長野市）

真言宗御室派 大本山大聖院（広島県廿日市市）

真言宗大覚寺派 大本山大覚寺（京都府京都市右京区）

真言宗大覚寺派 準大本山大山寺（神奈川県伊勢原市） - 関東三大不動

真言宗善通寺派 総本山善通寺（香川県善通寺市）