外来種（がいらいしゅ）とは、もともとその地域にいなかったのに、人為的に他の地域から入ってきた生物のこと[1]。アレロパシーが強い植物、など、その一部は生態系や経済に重大な影響を与える際には、環境問題のひとつとして扱われる[2]。

類義語に移入種、帰化種、侵入種、外来生物がある。英語では「introduced species」や「alien species」や「invasive species」という。ただし「invasive species」については、在来種（後述）でありながら、人為的な影響によって分布域の爆発的な拡大や生息（生育）数（個体群）が激増し、生物多様性および生態系サービスへ悪影響を及ぼしている種に対して「native invasive」という呼び方もする場合もある。英語表記において最も誤解が少ないのは「Invasive Alien Species」（侵略あるいは浸潤的外来種）である。

外来種に対し、従来からその地域で生息・生育するものは在来種と呼ばれる。@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}在来種は、環境に害を与えていない場合が多い。[要出典]。

また、近年は外来種であっても保護をするべきだという主張や、人類によって破壊された生態系の機能を復元するために外来種を積極的に導入するべきだという主張への支持が拡大している。#外来種の是非を参照。
概要
背景

人類は15世紀中期の大航海時代以降、世界を自由に行き来するようになり、その過程で多種多様な生物を移動させてきた。こうした人間活動によって新たに分布を拡大させた生物に対し、イギリスの生態学者チャールズ・エルトン（Charles S. Elton）は1958年に著書『The Ecology of Invasions by Animals and Plants（侵略の生態学）』のなかで学問のテーマとして外来種問題を大きく取り上げた[3]。

今や外来種は地球上のありとあらゆる環境に侵入している。ハワイでは生息している生物のうち外来種が25 %を占める[4]。また、モーリシャス島では植物について在来種よりも外来種のほうが種類が多く、ロドリゲス島にいたっては在来種の約2.3倍もの種類の外来種が生息している[4]。ニュージーランドでは在来の陸生哺乳類は2種しかおらず、一方で外来の陸生哺乳類は34種も定着している[4]。アメリカ合衆国における外来種に関する経済費用（防除などの活動も含む）は1,370億USドルと算出されている[5]。

日本に定着している外来種は2,000種を超えるといわれており、そのうち4分の3は植物が占める[6]。17水系19河川で実施された植生調査では、確認された全植物種数のうちの13.6 %にのぼる280種の外来植物の分布が明らかとなった[7]。

こうした外来種の拡大が進むにつれ、学術誌に発表された外来種に関する論文は1990年代後半以降に急増するようになった[8]。現在では外来種の問題は環境問題のひとつとして認識されており、さまざまな取り組みや研究が世界中で行われている。
定義

外来種をより正確に定義すると、「人間活動の影響で入り込んだ生物」である。人為的、意図的に持ち込まれた生物でなくても、人間活動に随伴して流入した生物も含む。たとえば木材や船などに入り込んだり、付着したりして入り込んだ生物も外来種である。持ち込まれた時代や国境は関係がない。

外来種という用語の指す内容については、国や研究分野によってその定義が微妙に異なり、世界的に統一した見解はない。日本でも外来種のほかに移入種・帰化種といった言葉が混在して使われてきた[9]。例えば行政においては、環境省は「移入種」を、国土交通省は「外来種」を用いてきた経緯があり、いずれも主に日本国外から移入されたものを対象としていた。植物学者は帰化種（とくに帰化植物）という用語を用いている[9]。2000年代からは多くの分野で外来種と呼ぶのが一般的になってきている[4][10]。