この項目では、主にJR各社の境界駅について説明しています。JR支社境界については「JR支社境」をご覧ください。
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やノートページでの議論にご協力ください。境界駅（きょうかいえき）とは、何らかの異なる区域間の境界となる鉄道の駅である。鉄道事業者間の境界駅では乗務員の交代が行われることが多い。
日本国内における代表的な境界駅の定義としては、以下のものが挙げられる。
JR各社の営業エリアの境界となる駅
JRと私鉄、公営交通と私鉄、私鉄同士など、異なる鉄道事業者間の境界となる駅
鉄道路線間の境界となる駅
電化、非電化区間の境界となる駅
単線と複線の境界となる駅。同時に閉塞区間の境界となることもある
ICカード乗車券の各エリア間
JR旅客各社間の境界駅.mw-parser-output .locmap .od{position:absolute}.mw-parser-output .locmap .id{position:absolute;line-height:0}.mw-parser-output .locmap .l0{font-size:0;position:absolute}.mw-parser-output .locmap .pv{line-height:110%;position:absolute;text-align:center}.mw-parser-output .locmap .pl{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:right}.mw-parser-output .locmap .pr{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:left}.mw-parser-output .locmap .pv>div{display:inline;padding:1px}.mw-parser-output .locmap .pl>div{display:inline;padding:1px;float:right}.mw-parser-output .locmap .pr>div{display:inline;padding:1px;float:left}中小国駅 JR北海道とJR東日本の在来線の境界駅国府津駅熱海駅甲府駅辰野駅塩尻駅南小谷駅米原駅猪谷駅亀山駅新宮駅 JR東日本、JR東海、JR西日本の在来線の境界駅児島駅 JR西日本とJR四国の境界駅下関駅 JR西日本とJR九州の在来線の境界駅
在来線
2022年（令和4年）現在、境界駅を跨がって運行される（会社間にわたり直通運転される）列車がある駅は太字
JR北海道とJR東日本
中小国駅（海峡線：奥津軽いまべつ駅との間にある新中小国信号場が線路上の境界）
※JR東日本の管轄駅。ただし、2016年（平成28年）3月26日のダイヤ改正で海峡線を通る定期の在来線旅客列車は廃止され、現在はTRAIN SUITE 四季島等の団体・不定期旅客列車及び貨物列車のみが運行されている
JR東日本とJR東海
国府津駅（御殿場線：下曽我駅との間にある国府津駅上り第一場内信号機が線路上の境界）
熱海駅（東海道本線：函南駅との間にある伊東線来宮駅上り場内信号機が線路上の境界）
甲府駅（身延線：金手駅との間にある甲府駅下り第一場内信号機が線路上の境界）
辰野駅（飯田線：宮木駅との間にある辰野駅上り場内信号機が線路上の境界）
塩尻駅（中央本線：洗馬駅との間にある塩尻駅上り場内信号機が線路上の境界）
※国府津駅・甲府駅・辰野駅・塩尻駅はJR東日本の管轄駅
※熱海駅のうち在来線部分をJR東日本が、東海道新幹線をJR東海が管轄する
JR東日本とJR西日本
南小谷駅（大糸線：中土駅との間にある南小谷駅上り場内信号機が線路上の境界）
※JR東日本の管轄駅
JR東海とJR西日本
米原駅（東海道本線：醒ケ井駅との間にある下り第一閉塞信号機が線路上の境界）
猪谷駅（高山本線：杉原駅との間にある猪谷駅下り場内信号機が線路上の境界）
亀山駅（関西本線：関駅との間にある亀山駅上り場内信号機が線路上の境界）
新宮駅（紀勢本線：鵜殿駅との間にある新宮駅下り場内信号機が線路上の境界）
※亀山駅はJR東海の管轄駅。猪谷駅・新宮駅はJR西日本の管轄駅
※米原駅のうち在来線部分をJR西日本が、東海道新幹線をJR東海が管轄する
JR西日本とJR四国
児島駅（本四備讃線（瀬戸大橋線）：宇多津駅との間にある児島駅上り場内信号機が線路上の境界）
※JR西日本の管轄駅
JR西日本とJR九州
下関駅（山陽本線：下関駅 - 門司駅間にある関門トンネル下関側入口付近に設置された、下関駅上り第一場内信号機が線路上の境界）
※JR西日本の管轄駅
新幹線
2022年（令和4年）現在、東京駅以外は境界駅を跨がって運行される（会社間にわたり直通運転される）列車がある。
（新幹線と在来線のみの管轄境界はここでは記載しない）新青森駅東京駅上越妙高駅新大阪駅博多駅 新幹線の境界駅
