国立病院（こくりつびょういん）とは、日本の厚生労働省が直接経営している施設等機関をいう。2004年（平成16年）以降には、その多くが独立行政法人国立病院機構に移行している。

太平洋戦争に敗戦した1945年（昭和20年）から、国立病院機構に引き継がれる2004年（平成16年）までの、約半世紀に渡って存在した（ただし、旧国立高度専門医療センターの施設については後に各組織ごとに法人化）。
成立

1945年（昭和20年）の第二次世界大戦終戦に伴い、それまで大日本帝国陸軍が運営していた陸軍病院、同海軍が運営していた海軍病院、および軍事保護院は、連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）に接収された。これらの病院は、同年11月19日付文書「陸海軍病院に関する覚書」によって連合国軍占領下の日本に返還され、厚生省に移管されることとなった。

ただし、そのときGHQから占領下の日本政府に対して、次のような覚書がつけられていた。それはすなわち、「日本政府は、日本陸海軍の全病院・療養施設の監督権を占領軍司令官より内務省が受領した際には、ただちに一般市民の医療に責任を有する厚生省に移管すること、及びこれらの諸施設において行う入院医療は、傷痍軍人及びその家族に限定しないこと」、というものであった。この文書は、全国の国立病院ならびに国立療養所発足の基礎となった[1]。

覚書の原文は以下の通り。
General Headquarters supreme commander for the allied powers: AG 632(17 Nov 45) 19 NovemberMemorandum to: The imperial Japanese government.
Through: Central Liaison Office, Tokyo
Subject: Imperial Japanese Army and Navy Hospital

The Imperial Japanese Government is directed to transfer supervisory authority of all hospitals, sanatoria, and other hospital facilities of the former Imperial Japanese Army and Navy when received by the Home Ministry from Occupational Force Commanders to that agency of the Ministry of Health and Social Affairs responsible for the hospitalization of civilians. Reconstruction of hospital care and medical treatment to veterans and their families in these institutions is prohibited.

For the supreme commander:
H.W.Allen,
Colonel A.G.D.
Asst. Adjutant General

これに基いて、同年12月1日に陸軍省・海軍省（医務局所属）が廃止され、旧軍病院は国立病院として再発足した。軍病院に所属していた軍医その他の武官についても、同日付で厚生省の文官に任命する手続きがとられた。軍事保護院については同13日の「軍事保護院に関する覚書」により、同日付で国立療養所へ移行した。
施設一覧詳細は「国立病院・国立療養所の一覧」を参照
予算・財政根拠の変遷

1949年（昭和24年）になると国立病院特別会計法が成立、国立病院については一般会計から特別会計に移行した。さらに1968年（昭和43年）4月27日、国立病院特別会計法の一部改正が行なわれ、国立ハンセン病療養所を除く国立療養所が一般会計から特別会計に移行した。2004年（平成16年）、国立病院・療養所の独立行政法人国立病院機構への移行に伴い、法律は国立高度専門医療センター特別会計法と改称された。

国立高度専門医療研究センターについては同法勘定、国立精神・神経センター及び国立長寿医療センターは療養所勘定、その他のセンターは病院勘定で運営していた。2004年（平成16年）の法改正によりこの勘定は撤廃された。
統廃合

国立病院・療養所の施設は、1986年（昭和61年）の「国立病院・療養所の再編成計画」の策定から約20年で、およそ4割が削減された。

また、2000年（平成12年）12月1日の行政改革大綱発表までに、74施設中、37施設[2]、さらに2002年（平成14年）までに66病院の再編成が完了した。また1992年（平成4年）度から2001年（平成13年）までに、経常収支率が83.9%から102.8%、一般会計繰入率も26.4%から11.5%と改善した[3]。
独立行政法人への移行

2004年（平成16年）、それまでの国立病院の多くは、独立行政法人国立病院機構に引き継がれた。一方、採算性の低い病院などを中心に閉鎖・売却された施設も多く、その割合は最終的に4割に達したが、経営移譲対象施設の多くは医療過疎地域に集中していたとも言われる[4]。譲渡における売却価格は、地方公共団体の場合は無償、学校法人、社会福祉法人、医師会などでも時価の7割引（離島、特別豪雪地帯、辺地、山村、過疎地など特例地域では無償）、と国有財産の格安での譲渡が定められた特別措置法が定められた[4]。

国立病院機構では、地域医療からは撤退し、高度先駆的医療に国立病院が特化する方向で計画が進められた[4]。機構への移行に際しては、1985年（昭和60年）から翌年にかけて厚生省から基本方針、全体計画が発表された後、全国の地方自治体（都道府県市町村）3,324のうち、88%の2,935自治体で反対決議がされ、全国知事会や全国市長会でも反対決議、要望が出された[4]。