National Center for Biotechnology Information
NCBIのロゴ
正式名称National Center for Biotechnology Information
所在地 アメリカ合衆国
メリーランド州ベセスダ
設立年月日1988年11月4日
ウェブサイト ⇒http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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アメリカ国立生物工学情報センター(あめりかこくりつ せいぶつこうがくじょうほうセンター、英: National Center for Biotechnology Information、NCBI)は、アメリカ合衆国の国立衛生研究所 (NIH) の下の国立医学図書館 (National Library of Medicine; NLM) の一部門として 1988年11月4日に設立された機関。本部はワシントンD.C.近郊のメリーランド州ベセスダ。 NCBIは、バイオテクノロジーや分子生物学に関連する一連のデータベースの構築及び運営、そして研究に用いられるソフトウェアの開発を行っており、バイオインフォマティクスにおける重要なリソースとなっている。主要なデータベースには、DNA配列データベースであるGenBankや、生物医学文献の書誌データベースであるPubMed、一塩基多型 (SNP) のデータベースである dbSNP、ESTのデータベースである dbEST、文献データベース MEDLINE、そしてNCBI Epigenomics
概要
NCBIは、BLAST配列アラインメントプログラムの作者の一人でもあるデヴィッド・リップマン(David Lipman)によって率いられていた[1][2]。彼はまた、Stephen Altschul (別のBLAST共著者)、David Landsman、Eugene Koonin、John Wilbur、Teresa Przytycka、およびZhiyong Luが率いるグループを含む、学内研究プログラムも率いていた。リップマンは2017年5月にポストから身を引いた[3]。 NCBIは1992年以来、GenBank DNA配列データベース
GenBank
1992年以来、NCBIはGenBankに加えて、他のデータベースも提供しており、Gene、Online Mendelian Inheritance in Man、分子モデリングデータベース(the Molecular Modeling Database)(3Dタンパク質構造)、dbSNP(一塩基多型のデータベース)、リファレンス配列コレクション(the Reference Sequence Collection)、ヒトゲノムマップ、分類ブラウザー、アメリカ国立癌研究所による癌ゲノム解剖プロジェクト( the Cancer Genome Anatomy Project)、などを提供している。NCBIでは、生物の各系統に一意の識別子(分類ID番号)を割り当てている[5]。
NCBIには、WWWやFTPで使用できるソフトウェアツールがある。たとえば、配列類似性検索プログラムであるBLASTは、GenBank DNAデータベースに対する配列比較を15秒未満で行うことができる。 NCBI Bookshelfは、生物医学の書籍に自由にオンライン上からアクセスとダウンロードができる書籍コレクションである[6]。書籍コレクションには、分子生物学、生化学、細胞生物学、遺伝学、微生物学、分子および細胞の視点から見た病状、研究方法、ウイルス学、などの幅広いトピックをカバーしている。一部の書籍については、以前に発行された書籍のオンライン版を収納しているが、Coffee Break BLASTは、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列について、配列間の類似性を計算するために使用されるアルゴリズムである[7]。同じ生物内または異なる生物内のクエリシーケンスに類似したシーケンスを見つける際に、BLASTは強力なツールである。NCBIではブラウザー上で実行できるBLASTサービスを展開しており、サーバー上でNCBIデータベースからクエリシーケンスを検索することで、任意のフォーマットで検索結果を取得することができる。BLASTへの入力シーケンスは、ほとんどがFASTAまたはGenbank形式であるが、出力はHTML(デフォルト)、XML、プレーンテキストなどのさまざまな形式で配信できる。NCBI BLASTの結果は、検出されたすべてのヒット、スコアリング関連データを持つヒットのシーケンスIDのテーブル、対象のシーケンスのアラインメント、およびこれらの類似のBLASTスコアで受信したヒットとともにグラフ形式で表示される[8]。 Entrez
NCBI Bookshelf
ローカルアライメント検索ツール(BLAST)
Entrez