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司法行政権（しほうぎょうせいけん）とは、司法権を行使する機関の設営・管理などの行政作用を行う権限である。司法行政権に基づいて行使される行政作用を、司法行政という。

通常、司法権を行使するのは裁判所であるため、裁判所に係る行政作用の行使権限と同じ意味である。
大日本帝国憲法下での司法行政権

大日本帝国憲法下においては、建前上は司法の独立は尊重すべきものとされていたが、大審院およびその下に置かれていた裁判所は司法行政権を有さず、司法行政権はすべて行政官庁である司法省が有していた。

ただし、大日本帝国憲法下の裁判官は定年があったものの任期制ではなく、司法省の人事権は裁判官の出世人事にのみ影響を及ぼすものであった。

太平洋戦争終了後、日本国憲法および裁判所法の施行に伴って、司法行政権を有する行政機関である司法省は廃止された。
日本国憲法下での司法行政権
概要

日本国憲法の下では、司法の独立を保証するため、司法行政権の多くは裁判所が有することになっている。裁判官会議の議に基づいて行われる裁判所の運営を補佐するため、最高裁判所には最高裁判所事務総局（以下「事務総局」）が、下級裁判所には事務局が置かれている。司法行政の最高監督者は最高裁判所である（裁判所法80条）。

最高裁の司法行政の主な内容としては以下の物があり[1]。裁判所運営上の人的物的両側面に及ぶ。
最高裁判所規則の制定

法律の制定と改正
最高裁に法案を提出する権限はなく、必要があれば法務省を経て内閣が提出する。

裁判官や裁判官職員の人事

裁判所の予算
裁判所全体の予算編成は最高裁が行い、財務省と折衝する。

裁判所の問題点を討議する裁判官合同や協議会の主催

また最高裁判所だけではなく、高等裁判所や地方裁判所や家庭裁判所の裁判官に委ねられた司法行政権がある[1]。通常は高裁長官や地裁所長や家裁所長が招集するが、当該裁判官書裁判官3分の1以上の請求があれば開く[1]。

裁判官会議の議決が所属裁判官の半数以上が出席し、過半数で決定される[1]。

裁判所は建前上、司法行政権を行使して個々の裁判官の裁判権行使に影響を与えることはできない。
問題点と課題

裁判所が有する司法行政権は、建前上は裁判官会議の議に基づいて執行されることが定められているものの、日本は人口の多さと比べて裁判官の定員が極端に少なく、裁判官の仕事は非常に多忙で、実際の裁判官たちは裁判官会議に時間をかける余裕がないため、実質的には最高裁判所の内部に存在する事務総局が司法行政権の全てを掌握する形になっている。元裁判官たちの証言によると、日本の裁判官会議は単に事務総局が決めたことを追認するだけの形骸化した会議に過ぎず、現在は下級裁判所事務処理規則の変更などによってその権限も大幅に縮小されてしまっているという[2][3]。

日本国憲法第76条第3項の条文は「すべて裁判官は、その良心に従い独立してその職権を行い、この憲法及び法律にのみ拘束される」であるが、この条文は司法省の後身である最高裁判所事務総局によって完全に死文化された状態となっている。そもそも、前述の通り司法省自体は太平洋戦争終了後に廃止されたものの、それまで司法省から全ての裁判所と裁判官を支配・統制していた官僚たちの多くが事務総局へ移籍し、今度は最高裁判所の内部から全ての裁判所と裁判官を支配・統制する形になってしまった。