この項では、台湾の淡水魚について示す。
カライワシ目
カライワシ科

Elops hawaiensis　カライワシ【日】

イセゴイ科

Megalops cyprinoides　イセゴイ【日】

ウナギ目
ウナギ科

Anguilla bicolor pacifica　ニューギニアウナギ【日】

Anguilla celebesensis　セレベスウナギ

Anguilla japonica　ニホンウナギ【日】

Anguilla luzonensis　ウグマウナギ【日】

Anguilla marmorata　オオウナギ【日】

ウツボ科

Gymnothorax polyuranodon　コクハンカワウツボ【日】

ネズミギス目
サバヒー科

Chanos chanos　サバヒー【日】

コイ目
コイ科
コイ亜科

Cyprinus carpio　コイ【日】

Carassius auratus フナ

Carassius cuvieri　ゲンゴロウブナ【移】

Spinibarbus hollandi　セイバンゴイ[1]

Puntius semifasciolatus　ゴマダラヒメゴイ[2]

Puntius snyderi　ホシタナゴ[1]

Acrossocheilus paradoxus　タイワンハナマガリ[1][3]

Onychostoma barbatulum　クチマガリ[1]

Onychostoma alticorpus　セイタカクチマガリ[1]

Cirrhinus molitorella　ケンヒー

Ptychidio jordani　フサモロコ[4]

タナゴ亜科

Paratanakia himantegus himantegus　タイワンタナゴ

Paratanakia himantegus chii　キビレタナゴ

Rhodeus ocellatus ocellatus　タイリクバラタナゴ【日】

カマツカ亜科

Microphysogobio alticorpus　「セダカコブクロカマツカ」高身小鰾?

Microphysogobio brevirostris　タイワンカマツカ[1]

Gobiobotia cheni　「タイワンドジョウカマツカ」

Gobiobotia kolleri　「コーラードジョウカマツカ」科勒氏鰍?

Hemibarbus labeo　コウライニゴイ【日】

Squalidus argentatus　ギンモロコ[1][2]

Squalidus banarescui　「バナレスクモロコ」巴氏銀?

Squalidus iijimae　イイジマモロコ[1]

クセノキプリス亜科

Aphyocypris amnis　「タニガワヒナモロコ」溪流細?

Aphyocypris kikuchii　キクチヒナモロコ

Aphyocypris moltrechti　スイシャモロコ[1][5]

Candidia barbata　タイワンアカハラ[1][6]

Candidia pingtungensis　「ヘイトウアカハラ」屏東鬚?

Chanodichthys erythropterus　カワヒラ

Ctenopharyngodon idella　ソウギョ【移】【日】

Culter alburnus　ツマリカワヒラ

Distoechodon tumirostris　ゴンヒー[1][4]

Hemiculter leucisculus　カワイワシ【日】

Hypophthalmichthys molitrix　ハクレン【移】【日】

Hypophthalmichthys nobilis　コクレン【移】【日】

Megalobrama amblycephala　ダントウボウ【移】【日】

Metzia formosae　ヒメワタカ[2]

Metzia mesembrinum　タカギタナゴ[1]

Mylopharyngodon piceus　アオウオ【移】【日】

Sinibrama macrops　メダマ[2][7](セマガリ[4][8])

Opsariichthys evolans　ヒレナガオイカワ

Opsariichthys kaopingensis　「コウヘイオイカワ」

Opsariichthys pachycephalus　タカサゴオイカワ

Opsariichthys platypus　オイカワ【移】【日】

ドジョウ科

Cobitis sinensis　カラシマドジョウ[9]

Misgurnus anguillicaudatus　ドジョウ【日】

Misgurnus dabryanus　カラドジョウ【日】

タニノボリ科
タニノボリ亜科

Formosania lacustre　オオタニノボリ[1][4]

Hemimyzon formosanus　タニノボリ[1][4][7]

Hemimyzon taitungensis　「タイトウタニノボリ」臺東間爬岩鰍

Sinogastromyzon nantaiensis　「タイナンタニノボリ」南臺中華爬岩鰍

Sinogastromyzon puliensis　「ホリシャタニノボリ」埔里中華爬岩鰍

ナマズ目
ナマズ科

Silurus asotus　ナマズ【日】

ギギ科

Tachysurus adiposalis　ヒレナガギギ[1]

Tachysurus brevianalis　スイシャギギ[1]

アカザ科

Liobagrus formosanus　タイワンナマズ[1]

ヒレナマズ科

Clarias fuscus　ヒレナマズ【日】

Clarias batrachus　ウォーキングキャットフィシュ【日】

サケ目
サケ科

Oncorhynchus masou formosanus　タイワンマス

キュウリウオ目
アユ科

Plecoglossus altivelis　アユ【日】

タウナギ目
タウナギ科

Monopterus albus　タウナギ【日】

トゲウナギ科