シオンは霊子演算装置「トリスメギストスII」で、特異点「ツングースカ・サンクチュアリ」の発生を知る。1908年を起点とするこの特異点は、数日の間に異聞帯並みの規模に拡大した。このままでは、人類が下等動物に成り下がってしまうおそれがあることから、シオンはコヤンスカヤが黒幕であると判断し、カルデアに討伐を依頼する[4]。ところが、現地ではヒト科のサーヴァントの召喚が困難であり、伊吹童子。そこで、一行は妲己を追ってやってきたサーヴァントの太公望と出会い[5]、次いでドブルイニャ・ニキチッチという別のサーヴァントと出会う。一行は生存領域から殺戮領域へと移動する。その中で、コヤンスカヤは妲己とは別人であることが判明する[5]。その後、一行はNFF（ナイン・フォックス・ファウンデーション）サービス本社ビルに到着し、人工生命体・PBに案内される形でコヤンスカヤと対面する。彼女の正体は、ツングースカ大爆発によってえぐり取られた土地の痛みと、爆発に巻き込まれた動物たちの断末魔の集合体にして、特異点収束体と呼ばれる異聞帯並みの存在だった。そのことを太公望に暴露された彼女は、この土地ごと自爆を試みるが、太公望の説得により、最終的には宇宙に打ち上げられた。
エピローグ
主人公たちが元の時代に戻ってきたのもつかの間、彷徨海に「U-オルガマリー」が出現する[5][注 1]。主人公らは命からがら彷徨海から脱出した[5]のち、シオンと合流する。
関係者による言及
太公望の設定には『ロード・エルメロイII世の冒険』に関連する部分があったため、あらかじめ同作とのすり合わせが行われた[6]。エピローグに彷徨海の魔術師フォアブロ・ロワインを登場させた理由について、奈須はファンサービスと声だけの出演を続けるわけにはいかないと思ったと2022年のファミ通とのインタビューの中で説明している[7]。このキャラクターは『月姫』のネロ・カオスに相当する人物であり、同作のデザインでは『Fate/Grand Order』と釣り合わないため、SF寄りのデザインに変更された[7]。また、エピローグで彼がシオンのことを「冥界の鳥」と呼んだ理由について、奈須はどのような信念で死ぬかということを表現したのだと説明しチエル。
第2部6.5章“死想顕現界域 トラオム”
本シナリオは2022年6月1日にメインストーリーとして実装された[8]。クリアするとメイン・インタールードにフリークエストが解放される。コヤンスカヤとの和解後、アメリカのとある地点にて大規模特異点が発見される[8]。この地は、復権界域・復讐界域・王道界域の3つの界域に分かれていた。また、この地では大勢のサーヴァントが召喚され続けており、彼らはこの3つの界域のいずれかの一員として大規模な戦闘に加わっていた[8]。オルテナウスのメンテナンス中のマシュを残し、主人公、カドック、ホームズ、そしてヴラド三世が現地へと赴く。そこへ異星の神の使徒のひとり・モリアーティ（若）[注 2]が現れ、ヴラド三世に叛逆心を起こさせようとするが、誰かに強制されることはヴラド三世本人が最も嫌がることであり、宝具を発動して自らを封印する。徐福の分析をもとに、一行は砦に侵入し、中にいた張角を暗殺し、復権界域側にも伝わった。ところが、暗殺されたはずの張角はクリームヒルトのそばいにいた。さらに、ゴルドルフの口から、ドン・キホーテがすべてを白状したうえで、コンスタンティヌスに一騎打ちを挑んだことが明かされる。[注 3]その後、復讐界域は、アーチャー・鎮西八郎為朝の宝具「轟沈・弓張月」（月光大砲）をヨハンナに向けて放つ。張角が放った黄巾傀儡兵に囲まれたコンスタンティヌスは、彼女を守るべく、防御型の宝具「祈誓たりは三重の貴壁」を発動させる。聡明な彼女はこの防御の「穴」を通じて自分が狙われていることにすぐに気づき、運命を受け入れようとするが、コンスタンティヌスにかばわれる。この一撃で重傷を負ったコンスタンティヌスは、ヨハンナらとともに自らの拠点に戻り、自勢力全体に向けた演説を行う。彼は張角の生存を明言したうえで、復讐界域か、王道界域のいずれかにつくよう命じる。そして、汎人類史側の存在であるヨハンナの復権のためにサーヴァントたちをまとめたことを明かし、この界域の崩壊を宣言する。コンスタンティヌスはブラダマンテに頼み、ヨハンナを王道界域へ連れて行く。そして、コンスタンティヌスの死とともに復権界域は消滅し、聖杯はクリームヒルトの手に渡った一方、この勢力に所属していた一部のサーヴァントが王道界域に移った。さらにそのころ復讐界域に入ったカドックは、モリアーティと対面する。モリアーティから張角の砦の攻略の協力を頼まれたカドックは二つ返事で引き受ける。そして、砦の地下にて捕縛されていた、クリームヒルトの夫・ジークフリートを救出する。その後、モリアーティと別れたカドックはジークフリートを連れて王道界域に帰還し、ヨハンナたちとも合流する。一方、ホームズはカドックから伝えられたジークフリートの救出劇をもとに推理できなかったほか、モリアーティがカドックと行動を共にする間にマシュが記録していたはずの映像・音声データも破壊されていた。その夜、シャルルマーニュはヨハンナを呼び出し、自分は後世に伝わるカール大帝の物語をまとめる形で生み出された存在であり、史実で功績を挙げたカール大帝がいる限り、本来ならば汎人類史で召喚されるはずがないことを明かす。翌日、復讐界域に向けて主人公一行が進軍する中、復讐界域は為朝を用いてカール大帝を狙うが、ジークフリートによって阻まれる。落胆のあまり、為朝は操作手らを殺害してまで自ら反撃に乗り出すが、ジークフリートを仕留め損ねる。今度はヒポグリフに乗ったアストルフォを狙うが、本人の接近を招き、相打ちの末に両脚の魔力供給を絶たれてしまう。そのすきに主人公一行は復讐界域の拠点まで近づき、ローランが自らのすべてをささげて門を開く。モリアーティはライヘンバッハの滝を用意していた。ジークフリートとクリームヒルトを撃破し、協力したサーヴァントたちが次々と退場する中、モリアーティから通信が入る。ホームズは、モリアーティと対決する中で、自分が最初の異星の使徒として召喚されたことを明かし、モリアーティを構成する神性として、「運命の三女神」のウルズ、ヴェルザンディ、スクルドのモリアーティは、3人をネバダ州エリア51の地下に案内し、張角の「本体」を見つける。実は彼は尸解仙であり、死体であるが故にマスターからの魔力供給がなされず、自分の分身をこしらえ、かつその分身に「自分が分身である」という自覚を忘れさせていた。そして、召喚されたサーヴァントたちを呼び込み、対立をあおって戦争を継続させていた。だが、分身を生み出す代償としてその本体はすでに物言わぬ屍と化していた。張角の遺体を後にした4人は、宇宙のような場所を目にし、手術室のような場所へと到着する。モリアーティが消滅する中、3人は張角のマスターにして、この特異点を作り出した異星人「被検体：E」と対面する。
関係者による言及
同シナリオの担当ライターは、もともとはホームズに関するエピソードのみとなる予定だったが、7章までの間でクローズアップしたい要素があったので、発注元にお願いしてそちらも組み込んだ結果、派手な戦争になったと「週間ファミ通」2022年8月18・25日合併号に掲載された記事の中で振り返っている[10]。また、初期案ではモリアーティ（若）の登場はなかったものの、武内の要望によって実現した[7]。