この項目では、化学、物理学における分子について説明しています。算数、数学における分子については「分数」をご覧ください。

分子
組成原子
相互作用弱い相互作用
強い相互作用
電磁相互作用
重力相互作用
理論化アメデオ・アヴォガドロ（1811年）
電荷0
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5つの6炭素環を含むPTCDA分子が見える原子間力顕微鏡(AFM)画像[1]。5つの炭素環が直鎖状に連なったペンタセン分子の走査型トンネル顕微鏡(STM)画像[2]。1,5,9-トリオキソ-13-アザトリアンギュレンのAFM画像とその化学構造[3]。

分子（ぶんし、英: molecule）とは、2つ以上の原子から構成される電荷的に中性な物質を指す。厳密には、分子は少なくとも1つ以上の振動エネルギー準位を持つほどに充分に深いエネルギーポテンシャル表面のくぼみを共有する原子の集まりを指す[4]。この基準を満たすイオンは、文脈によって含まれる場合もあれば含まれない場合もある[5][6][7][8][9]。量子物理学、有機化学、生化学の分野では、イオンとの区別をせず、多原子イオンを指して分子が使われることが多い。
概要

分子には、酸素分子（酸素原子2つ、O2）のように1つの化学元素の原子からなる等核分子と、水（水素原子2つと酸素原子1つ、H2O）のように2つ以上の元素からなる異核分子がある。気体分子運動論では、あらゆる気体粒子はその組成にかかわらず分子と呼ばれることが多い。これは、希ガスが単原子で安定な化学種であるため（単原子分子とも呼ばれる）、分子が2つ以上の原子を含むという要件を緩和したことによる[10]。水素結合やイオン結合など非共有結合（英語版）で結合された原子や複合体は、通常、単一分子とはみなされない[11]。

分子のような概念は古くから議論されてきたが、分子とその結合の本質に関する近代的な研究は17世紀に始まった。ロバート・ボイル、アメデオ・アヴォガドロ、ジャン・ペラン、ライナス・ポーリングといった科学者たちによって、時間をかけて洗練された分子の研究は、今日では分子物理学または分子化学として知られている。
語源

メリアム＝ウェブスターやオンライン・エティモロジー・ディクショナリーによると、「分子（molecule）」という言葉は、ラテン語の「moles」すなわち「質量の小さな単位」に由来する。語源はフランス語の molecule（1678）で、ラテン語の moles 「mass, barrier（質量、境界）」の指小辞である新ラテン語の molecula に由来する。18世紀後半までラテン語の形でしか使われなかったこの言葉は、デカルトの哲学書で使われたことで人気を博した[12][13]。
歴史詳細は「分子論の歴史」を参照

分子の構造に関する知識が増えるにつれて、分子の定義も進化してきた。初期の定義では、分子を「その組成と化学的性質を保持する純粋な化学物質の最小の粒子」と定義していたが、あまり正確ではなかった[14]。